In het eerste kwart van de 17de eeuw ontstond in het gebied rondom de Zoetermeersche Meerpolder wateroverlast. Het peil van het boezemwater kwam regelmatig zo hoog dat de onbepolderde hooi-, wei- en turflanden onbruikbaar werden. Zelfs de kaden van bestaande polders liepen over. Het zou komen, zo werd beweerd, door de droogmaking van het Zoetermeerse meer in 1615 en de opzetting van water in de Zuiderzee waardoor Rijnland moeilijker kon uitwateren op het IJ. * 

Op 10 september 1625 hielden 34 landgebruikers uit Stompwijk en Wilsveen, benadeelden in deze situatie, een openbare bijeenkomst. Daaruit kwam een voorstel aan de ambachtsbesturen van Zoeterwoude, Hazerswoude, Benthuizen, Benthorn en Hoogeveen om op gezamenlijke kosten enige watermolens bij de Rijn te zetten om daarmee het water een paar duim lager te kunnen krijgen. Zij kregen niet veel medewerking van de besturen. Op kleinere schaal kwam er wel iets tot stand tussen Stompwijk en Zoetermeer, want op 8 oktober 1625 werd door schout en ambachtsbewaarders van Zoetermeer en Zegwaard en genoemde ingelanden uit Stompwijk en Wilsveen aan Rijnland vergunning gevraagd voor het leggen van een omringdijk. * 

Zo zou een "generale bepoldering" ontstaan tussen de Elleboogsche Watering, de Slootweg, de Zegwaardseweg, de Rokkeveenseweg (de "Achter Polder van Segwaert"), de Landscheiding, de Stompwijkerweg, de kade van de Blankaardpolder en de ringdijk van de Zoetermeersche Meerpolder. Men zou daarbij grotendeels gebruik maken van bestaande kaden en dijken. Er zouden twee achtkante molens worden geplaatst en voor de binnenvaart zou een aantal verlaten worden gelegd. Maar de vergunning liet nog op zich wachten, want er ontstond verzet door ingelanden uit omringende polders die bang waren dat zij hun water dan moeilijker zouden kunnen lozen op de dan overvolle boezem. Zij gingen tegen het plan in beroep bij Rijnland en vervolgens bij het Hof van Holland. Rijnland bemiddelde en liet landmeter Jan Pieterszoon Douw een kaart van het plan vervaardigen. *  Van de zijde van de aanvragers werden twee akten opgemaakt waarbij 59 belangstellenden verklaarden tevreden te zijn met de door Rijnland voorgesteld omringdijk. De zaak bleef lange tijd hangende. Toch werden er al wel voorbereidende werkzaamheden verricht. Pas bij de uitspraak van het Hof van 1 mei 1637 was de "generale bepoldering" eindelijk officieel. * 

De Generale Bepoldering verzorgde de totale uitwatering van het omdijkte gebied in Stompwijk/Wilsveen, Zoetermeer en Zegwaard. Daarnaast was het waterschap belast met het onderhoud van de kleine sluisjes, ter garantie van de binnenvaart. In het onder Stompwijk liggende gedeelte waren nog enige particulieren die hun poldertjes buiten de Generale Bepoldering hadden gehouden. Maar zij konden het op den duur niet volhouden. Op 27 december 1640 kregen acht landgebruikers toestemming om in de bepoldering te worden opgenomen. Zij betaalden voor de helft mee in het verplaatsen van een sluisje in de Ommedijk. Een klein jaar later voegden de Vranck Adraen Vranckenspolder en de Cors Adriaen Corssenpolder, gelegen tussen de Stompwijkseweg en de Ommedijk, zich ook bij de Generale Bepoldering. * 

Er was nu wel een Generale Bepoldering ontstaan om buitenwater af te houden, maar in het gebied werd ondertussen veel veen afgegraven met het gevolg dat er opnieuw wateroverlast ontstond. Dit werd per gebied opgelost. In 1668 werd het gedeelte tussen de Voorweg en de Landscheiding een zelfstandige droogmakerij onder de naam Driemanspolder. In 1672 gebeurde dit met het oostelijk deel. Dat werd de Palensteinse polder. Nu schoot het deel rond de Zoetermeersche Meerpolder nog als Generale Bepoldering over. Het bestond uit de polders De Leijens, de Vier Bonnen, het Lange Land en de Buitenweg en onder Stompwijk de Groote polder. De grens van dit gebied werd gevormd door de kade langs de Kees-Jan-Koenensloot, die langs de Ringsloot van de Zoetermeersche Meerpolder, die langs de Noord-Aase Vliet, die langs de Elleboogsche Watering, die langs de Slootweg, die langs de Wallewatering, de Voorwegs Watering en de Stompwijkse Watering. Voor dit gebied werd in 1767 een octrooi voor droogmaking verkregen. In 1775 volgde een scheiding tussen het Stompwijk/Wilsveense en het Zoetermeerse gedeelte. De delen kregen de naam Grote Drooggemaakte polder (code 2.4.2) en Zoetermeersche- of Nieuw Drooggemaakte polder (code 2.4.9.2). De Generale Bepoldering werd nog tot 1870 in stand gehouden voor de behartiging van scheepvaartbelangen (watergangen en sluizen). In 1870 werden hieruit de twee waterschappen Meersche Verlaat (code 1.3.9) en de Elleboogse- en Stompwijkse Verlaten (code 1.2.6) opgericht.