De scheiding tussen de Groote en de Kleine Heilige-Geestpolder leidde er toe dat laatstgenoemde polder een eigen bemaling kreeg. De Groote Heilige-Geestpolder financierde de stichting van een molentje en het onderhoud daarvan gedurende de eerste twee jaar. Het molentje zal in 1707 tot stand gekomen zijn. Vanaf 15 oktober van dat jaar betaalde de polder maalloon uit aan de molenaar. * 

Op 1 januari 1828 nam de Groote Heilige-Geestpolder de bemaling van de kleine polder op zich. Door de Heilige Geestlaan werd een duiker gelegd, waardoor de kleine polder op de grote polder kon afwateren. Hierdoor werd feitelijk de toestand uit de jaren 1632-1707 hersteld, toen het zuidelijk gedeelte van de Heilige-Geestpolder door een duiker met het noordelijk gedeelte verbonden was. Ook tijdens de vervening zorgde de grote polder voor de bemaling van de kleine polder. Toen de vervening bijna voltooid was en de droogmaking naderbij kwam, vonden moeizame onderhandelingen plaats tussen de beide polders over de droogmaking en voortdurende bemaling van de Kleine Heilige-Geestpolder. In 1856 werd een plan opgemaakt voor de stichting van een eigen molen, maar uiteindelijk sloten beide polders in 1858 een overeenkomst. Hierbij werd bepaald dat de Groote Heilige-Geestpolder tegen een éénmalige betaling van f. 2500,- de kleine polder zou droogmalen en tegen een jaarlijkse betaling van f. 150,- ook na de droogmaking zou zorgen voor de bemaling van de Kleine Heilige-Geestpolder. *