Het Meersche Verlaat is, evenals het verlaat aan de Noord-Aase Vliet en de Elleboogse en Stompwijkse Verlaten, waarschijnlijk gebouwd tussen de jaren 1615 en 1630. In 1615 was namelijk de droogmaking van het Zoetermeerse Meer voltooid en omstreeks 1630 werd de Generale Bepoldering van de landen onder Stompwijk, Zoetermeer en Zegwaart begonnen. De vier verlaten dienden voor de verbinding van de binnen de inpoldering en droogmakerijen gelegen vaarten en wateren met het boezemwater van Rijnland. Deze verbinding en de vier verlaten hadden drie doelen:

- een goede afwatering van overtollig (regen)water uit de polders;

- het in stand houden van een lagere waterstand in de binnenwateren dan in het boezemwater;

- de scheepvaartverbinding van het polderland met de dorpen en van de dorpen met elkaar in stand houden (voorheen hadden de vele meren in dit gebied deze functie).

De geschiedenis van het verlaat wordt gekenmerkt door veel onderhoud en conflicten tussen de verschillende belanghebbende partijen over het onderhoud. In 1760 werd er een akkoord gesloten tussen dijkgraaf en hoofdingelanden van de Zoetermeerse Meerpolder en de beide ambachten. Hierin werd bepaald dat het Meersche Verlaat en het verlaat aan de Noord-Aasche Vliet op kosten van de ambachten zouden worden vernieuwd. In 1786 volgde weer een vernieuwing. Bij deze gelegenheid werd de jaarlijkse bijdrage van de Zoetermeerse Meerpolder verhoogd tot f 40,-.
In 1806/1807 verkeerde het verlaat in zo'n staat van verval dat het tijdelijk buiten gebruik werd gesteld. De ambachten stelden voor het verlaat te verplaatsen of te slopen, maar het hoogheemraadschap van Rijnland en de Zoetermeerse Meerpolder besloten tot herstel.
In 1837 was alweer een grote restauratie nodig.

In de 19e eeuw veranderde er het een en ander. Door de invoering van de gemeenten werden de ambachten opgeheven. Ambachten hadden vanouds een stuk waterstaatkundige zorg (zo kwam het beheer en onderhoud van het verlaat voor rekening van de ambachten Zoetermeer en Stompwijk met Wilsveen). Deze waterstaatkundige zorg werd door de nieuwe gemeenten niet overgenomen, zodat de zorg voor beheer en onderhoud van het Meersche Verlaat dus ergens anders moest worden ondergebracht. Onderbrengen bij een bepaalde polder was geen optie, omdat het verlaat het belang van meerdere polders diende. Daarom werd besloten tot oprichting van een apart waterschap dat de belangen van het verlaat zou behartigen. In 1869 werd het reglement van het nieuwe waterschap vastgesteld. Bij dit reglement werd bepaald dat de kosten van beheer en onderhoud voor rekening zouden komen van de Zoetermeerse of Nieuw Drooggemaakte Polder en de Drooggemaakte Grote Polder. Verder droegen de Zoetermeerse Meerpolder en de Driemanspolder bij in de onderhoudskosten; jaarlijks betaalden ze een vast bedrag van respectievelijk fl. 20,- en fl. 15,-. * 
De naam van het waterschap is afgeleid van de Zoetermeerse Meerpolder. Het verlaat lag aan de Kees-Jan-Koenensloot op de plaats waar deze uitmondt in de ringsloot van de polder.

Tijdens de vergadering van het bestuur van 30 april 1948 kwam voor het eerst de vervanging van het verlaat door een dam met duiker ter sprake. De ingelanden besloten hierna tot demping van het verlaat, vervanging daarvan door een dam met duiker en opheffing van het waterschap. De twee redenen hiervoor waren de geringe betekenis van de ringsloot voor de scheepvaart en de hoge onderhoudskosten van het verlaat. Als het verlaat in stand gehouden zou moeten worden, was vernieuwing noodzakelijk. Het opheffingsbesluit van 1949 bepaalde dat het Meersche Verlaat en de bestaande dam met duiker (die het verlaat aan de Noord-Aasche Vliet verving) ten laste van de Zoetermeerse Meerpolder zouden komen, met de verplichting het verlaat binnen een door GS van Zuid-Holland te stellen termijn te vervangen door een duiker.