In 1827 kreeg de heer C.L. baron van Tuyll van Serooskerken van IJzendoorn het recht tot het maken en houden van een doorvaart van de Oude naar de Nieuwe Hillegommerbeek, door een strook grond die toebehoorde aan het Rooms-Katholiek Armbestuur. Deze doorvaart werd gebruikt voor de afvoer van zand, dat vrijkwam bij de afzanding van de geestgronden die tot zijn landgoed 'Elsbroek' behoorden.

Het gebied werd in 1891 openbaar verkocht. Het recht van vrije doorvaart ging over op de nieuwe eigenaren van de geestgronden. Deze eigenaren, meest bollenkwekers, troffen bij de koop in 1891 een regeling die voorzag in het recht om gebruik te maken van de vaarsloten die tussen elkaars percelen door liepen en het recht die te onderhouden. Deze regeling was echter van privaatrechtelijke aard en kon voor het algemene belang niet voldoende continuïteit waarborgen. *  Om die reden werd besloten tot oprichting van het waterschap Hillegom. Het bijzonder reglement is door de Staten van Zuid-Holland vastgesteld op 21 juli 1914. Binnen het waterschap kwamen alle gronden te liggen met vaarsloten waarop het recht van doorvaart berustte. Het onderhoud van deze vaarsloten werd overgenomen van het Rooms-katholiek Armbestuur.
In het noorden werd de grens van het waterschap bepaald door de loop van de Oude Hillegommerbeek. Ten oosten en ten zuiden lag de Veenenburgerlaan, terwijl de westelijke grens voor een groot deel werd gevormd door de Loosterweg III. Enkele gronden ten zuidwesten van deze weg behoorden eveneens tot het waterschap.
Op 1 maart 1960 werd het waterschap opgeheven en ging de taak over op het hoogheemraadschap van Rijnland.