De inventarisatie van de archieven en de verzamelingen heeft plaatsgevonden in twee fasen. In de eerste fase, die de periode 2002-2004 omvat, werd begonnen met de inventarisatie door Philips, in samenwerking met A.M.T. Peeters, archivaris van het SHCL. In de afgelopen drie jaren werd geregeld tijd besteed aan het selecteren, het bewerken van bestaande beschrijvingen en de ordening.
De indeling van de archiefinventaris kon worden gebaseerd op al bestaande beschrijvingen. Bij de overdracht waren de bescheiden voorzien van een datering en de onderwerpen waren veelal summier aangeduid.

In de inventaris komen eerst aan bod de stukken ontvangen en/of opgemaakt als voorzitter van de Raad van Commissarissen van de Bierbrouwerij De Leeuw BV te Valkenburg en stukken ontvangen en/of opgemaakt als aandeelhouder van het voornoemde bedrijf. Vervolgens komen aan bod de bescheiden die betrekking hebben op zijn wetenschappelijke werkzaamheden in de vorm van studies, publicaties en voordrachten, gevolgd door zijn lidmaatschappen en tenslotte materiaal, bestaande uit voornamelijk knipsels, die in strikte zin niet als archiefstukken beschouwd kunnen worden en als documentatie zijn toegevoegd.
Binnen de rubrieken is meestal voor een chronologische ordening gekozen. Bij grotere rubrieken werd echter de voorkeur gegeven aan een alfabetische volgorde of aan een ordening op onderwerp of formele kenmerken.

De tijdschriften en brochures werden ook beschreven en als Bijlage I achter de inventaris geplaatst, omdat hiermee inzicht geboden wordt in de interessesfeer van Philips. Deze bestanddelen zijn inmiddels aan de bibliotheek van het SHCL overgedragen, en via de on-line bibliotheekcatalogus toegankelijk.
Verder werden afgedwaalde stukken in overeenstemming met het bestemmingsbeginsel teruggebracht naar de oorspronkelijke archiefvormers zoals het Dienstarchief van het SHCL (EAN 1167) te Maastricht.

Tenslotte werden in het archief bescheiden aangetroffen, die beschouwd kunnen worden als gedeponeerde archieven. Deze werden als zodanig beschreven en ingedeeld. Een uitzondering vormen de stukken, ontvangen en/of opgemaakt, door drs J.J.J. van de Venne, in het kader van het sociografisch onderzoek van de gemeente Valkenburg-Houthem. Deze stukken werden apart geregistreerd onder een nummer (DOC 75) en vervolgens door Philips beschreven en door Peeters bewerkt.
Alle dubbele exemplaren werden uit het archief verwijderd en vernietigd.
Eind 2004 was de concept-inventaris gereed.

De tweede fase van de inventarisatie begon begin 2005. Philips had aan het SHCL materiaal over specifieke onderwerpen overgedragen, die hij zelf in mappen en omslagen in zijn werkkamer bij het SHCL bewaarde. Het in ontvangst genomen materiaal was zeer divers. Het bestond slechts uit enkele archiefstukken in de eigenlijke zin en bevatte voornamelijk stukken die in strikte zin niet als archiefstukken beschouwd kunnen worden. Het betrof niet alleen knipsels, tijdschriften, boeken en brochures, maar ook foto's en prenten. Op al deze deelcollecties bestonden adequate door Philips vervaardigde toegangen. Derhalve werd in overleg met drs J.H.M.M. van Hall, hoofd van de afdeling archief, besloten de bestaande eenheden, afwijkend van het eerder geordende gedeelte, te handhaven en apart te registreren onder een DOC-nummer.
Thans zijn deze op zich zelf staande onderdelen te raadplegen onder de nummers DOC 68-DOC 74 en DOC 76-DOC 79.

De collecties dr J.F.R. Philips bestaan uit:
- Onderdeel Venlo Enveloppenstad (DOC 68).
- Onderdeel Beoefening Industriële Archeologie (DOC 69).
- Onderdeel Onderzoek naar de geschiedenis van de landbouw in Limburg in de twintigste eeuw (DOC 70).
- Onderdeel Historiografie van het Burgerlijk Armbestuur (BA) te Maastricht (DOC 71).
- Onderdeel Geschiedenis Beek (L) (DOC 72).
- Onderdeel Historische Demografie (DOC 73).
- Onderdeel Diverse onderwerpen (DOC 74).
- Onderdeel Werkgemeenschappen van de Stichting voor Historisch Onderzoek (DOC 76).
- Onderdeel Kamer van Koophandel en Fabrieken Noord-Limburg te Venlo (DOC 77).
- Onderdeel Momus Oude Mannenhuis (Stichting Momus) te Maastricht (DOC 78).
- Onderdeel Limburgse Identiteit (DOC 79).

In 2005 kreeg Peeters de opdracht de bestaande beschrijvingen te bewerken en in te delen op basis van het indelingsschema van de hoofdinventaris (EAN 128). In de inhoudsopgave van deze inventaris wordt telkens naar de relevante deelcollecties oftewel DOC-inventarissen verwezen, wanneer daar meer over het betreffende onderwerp te vinden is.
In grote lijnen werd de structuur of opbouw van het archief, zoals door Philips zelf aangebracht, gerespecteerd. Wel werd zijn systeem van ordening op onderwerp hier en daar verder uitgewerkt en verfijnd.
Het in de documentaire collecties aangetroffen bibliotheekmateriaal is via de on-line bibliotheekcatalogus toegankelijk gemaakt.

Het komt maar weinig voor dat wetenschappelijke onderzoekers hun materiaal degelijk geordend en beschreven deponeren ten behoeve van toekomstige nieuwe generaties onderzoekers. Dat Philips dat wel deed vormde een belangrijke steun bij de totstandkoming van deze inventaris en de deelcollecties, waarin hij overigens zelf het belangrijkste aandeel leverde.
Ik wil de heer Philips hartelijk danken voor de samenwerking bij de totstandkoming van deze inventaris.

Aanvankelijk omvatte het archief circa 7 meter. In de loop van de jaren werd het archief meerdere keren aangevuld, zodat het totale archief vóór de tweede fase van de inventarisatie een omvang van ongeveer 15 meter had. Na de bewerking, vernietiging, materiële verzorging en ompak, bestaat het archief uit 10 meter.
Op deze archieven zijn geen beperkende bepalingen gesteld ten aanzien van de openbaarheid.