Door de interne conflicten was de groep om het blad aanzienlijk geslonken, zowel de redactie als de verspreiders in de provincie. De scheiding met de groep rondom Speelman betekende een verlies van een groot aantal verspreidingscontacten, die met hem 'overliepen' naar Trouw. Wél ontstond nu de mogelijkheid om een nieuwe organisatie op te bouwen naar de inzichten van Van Randwijk. Er kwam een Centrale Leiding [CL], aanvankelijk ook wel 'kernvergadering' genoemd. Ze bestond uit Arie van Namen, alias Dolf de Bruin; Jo Pellicaan (directeur van een christelijke patroonsbond), alias Bob van der Woude; Jaap Cramer, alias Jan Vos, en Hebe Kohlbrugge, alias Hans, alias Coby, alias Doortje. De kernvergadering was opgesplitst in deelterreinen. Van Randwijk en Van Namen vormden de redactie en de politieke leiding, Jaap Cramer ging zich toeleggen op de organisatie en coördinatie van het verspreidingsapparaat, dat na het wegvallen van Speelman c.s. aanzienlijke schade had geleden, en Jo Pellicaan zorgde voor de drukkers en voor de papierverschaffing.

Landelijk werd een netwerk van Provinciale Vertegenwoordigers [PV's] en Stedelijke Vertegenwoordigers [SV's] gevormd. De PV's en SV's waren verantwoordelijk voor de regionale verspreiding. De landelijke organisatie was, uit oogpunt van veiligheid, sterk hiërarchisch opgebouwd: de verspreiders kenden alleen hun PV en alleen de PV's hadden contact met Cramer en daarmee met de CL van VN. De strakke centrale organisatie die Van Randwijk had gemaakt was een uitvloeisel van zijn fixatie op veiligheid. Van Randwijk wenste in laatste instantie de supervisie over het drukken en verspreiden in eigen hand houden. Getuige de grote stroom van instructies en memo's van de CL werd niets aan het toeval overgelaten.

De crisis binnen de kerngroep van Vrij Nederland was nog maar nauwelijks voorbij of er deed zich een nieuw probleem voor. Ditmaal stond het voortbestaan van VN op het spel. Oorzaak was de nasleep van de overval op het distributiekantoor te Joure, waarbij enkele VN-contacten waren betrokken. Met deze arrestanten in hun macht wilden de Duitsers proberen de VN-groep tot een bepaalde 'ruilhandel' te verleiden, zo lieten ze de leiding van het blad weten. De CL besloot met de Duitsers te onderhandelen. Kernlid Jo Pellicaan voerde de besprekingen. * 

In die gesprekken werd duidelijk hoeveel de Duitsers was gelegen aan het verdwijnen van VN. Het leek er op dat ze bereid waren de gevangenen die ze de laatste maanden in de VN-gelederen hadden gemaakt, vrij te laten in ruil voor opheffing van VN. De onderhandelingen leidde niet tot het door de Duitsers gewenste resultaat. VN ging onverminderd en onvermoeibaar door, daartoe geprikkeld door de omstandigheid dat de Duitsers alle radiotoestellen in Nederland hadden gevorderd. Meer dan ooit zouden de Nederlanders, die niet langer naar de BBC of Radio Oranje konden luisteren, op de illegale pers zijn aangewezen voor ongecensureerd nieuws, waarschuwingen en opmonterende commentaren. In het voorjaar van 1944 werd door het strak georganiseerde VN een oplage bereikt van circa 44.000 exemplaren.

In oktober 1944 besloot Van Randwijk tot reorganisatie van het verspreidingsapparaat van VN. De kerngroep, die veel tijd investeerde aan de technische organisatie en verspreiding van VN, was aanzienlijk uitgedund. Jo Pellicaan vertrok in augustus 1944 en richtte samen met Dick van Veen De Algemeene Vrije Illegale Drukkerij [DAVID] op en het illegale blad Metro. * 

Jaap Cramer besteedde door zijn benoeming in het College van Vertrouwensmannen in oktober 1944 minder tijd aan VN. *  Er kwam een aparte Technische Dienst [kortweg TD] onder leiding van nieuwkomers Hidde Jongstra, alias Otto van Os en Andries Sneep, alias Adriaan Bakker. De TD nam alle facetten die voor het maken en het verspreiden van een krant nodig zijn, voor zijn rekening: de papierverschaffing, het onderhouden van contacten met stencilstations, zetters, drukkers en verspreiders. Het bureau van de TD vond een onderkomen in het gebouw van de Eerste Hollandsche Levensverzekering te Amsterdam. In november 1944 werd de TD uitgebreid met Fré Bauer, oud-hoofdverspreider Limburg en Brabant. Bauer, alias Bob Verhagen, nam de leiding van de TD over van Hidde Jongstra, die zich allengs meer ging toeleggen op de voedselvoorziening van de W-groep. De werkzaamheden van de TD werden door Van Randwijk nauwlettend gevolgd. De leiding van de TD kreeg als opdracht elke avond een schriftelijk verslag te maken van de dagelijkse werkzaamheden ten behoeve van de CL. *  Van Randwijk wilde alles van minuut tot minuut weten en onder controle houden. Protesten van de TD tegen het herhaald ingrijpen vonden geen gehoor. Van Randwijk klaagde op zijn beurt over het "tijdroovend donderen" in zijn brieven aan Jan Vos [Jaap Cramer]:

Het werk wordt er niet gemakkelijker op en we kunnen niet zeggen dat we al maar successen boeken. Met de groep is het nog steeds tijdroovend donderen en trouwens het heele apparaat tobt met geprikkelde menschen, waaronder ik zelf blijkbaar de ergste. Het vervelende is echter dat Rob [Bauer], noch Ad [Sneep] noch Egbert [Van Schagen] ietwat scheppend werk kunnen doen en eigenlijk alleen maar ietwat intelligente loopjongens zijn. * 

Het nieuws van de arrestaties van de Amsterdamse drukker S.J.R Bakker en oud-kernlid Speelman in januari 1945 gaven Van Randwijk opnieuw de overtuiging dat zijn strakke centralistische leiding en de eisen die hij aan de organisatie stelde, noodzakelijk waren. De teugels werden dienovereenkomstig nog strakker aangehaald. De directe binding tussen de TD en de VN-koeriers werd verbroken. Er kwam een aparte koeriersterscentrale Het Nest onder leiding van koerierster Lies Bloem, de schuilnaam van Aa van der Meer. Alle koeriersters waren verplicht in Het Nest hun aanwijzingen te komen halen. Ook deze oekaze stuitte op verzet. "Moet er niet boven Erlasz", schreef Otto [Hidde Jongstra] van het foeragebureau aan de CL. *