Het oostelijk deel van de Gelderse Achterhoek maakte in de achtste eeuw deel uit van West-Saksen. De kerstening van de toenmalige bewoners kwam op gang, nadat de Frankische vorst Karel de Grote in 785 de Saksen versloeg en het veroverde gebied in 792 toewees aan de prediker Liudger tot missiegebied. *  Zelhem behoorde tot de eerste kernen van het Christendom in deze streken. Bij oorkonde van 8 mei 801 ontving een zekere Helmbald een ontginning, gelegen te "Widapa in villa Salehem", die hij eerder ten behoeve van de relikwieën van Sint Salvator aan Liudger had geschonken, op verzoek voor de helft in leen terug, op de voorwaarde, dat hij jaarlijks met Pasen een halve schilling zou geven voor het branden van kaarsen voor de genoemde relikwieën, die ter plaatse zouden worden opgesteld. *  In 804 werd Liudger tot bisschop gewijd. Zijn missiegebied werd tot bisdom verheven. Dit zou in later tijd bekend worden als het bisdom Munster. *  Liudger schonk zijn bezittingen te Zelhem aan de abdij te Werden aan de Ruhr, die ook het collatierecht, het recht om de pastoor te benoemen, verwierf. *  Op grond van haar grootte, haar relatie met de abdij te Werden en haar patroonheilige Liudger wordt de parochie Zelhem tot de oudste parochie in het bisdom gerekend. *  In een vroeg stadium zouden de parochies Hengelo(G) en Varsseveld, dat aanvankelijk ook Silvolde omvatte, van haar zijn afgesplitst. * 

De oudst bekende vermelding van Zelhem, Hengelo (G) en Varsseveld als zelfstandige parochies komt voor op een lijst van parochies, waarover de bisschop van Munster en de graaf van Lohn elkaar de rechtsmacht betwistten, daterend van 1152. *  Het bisdom werd in 1193 ingedeeld in kerkelijke districten, aartsdiaconaten genaamd. *  Zelhem behoorde nadien tot het aartsdiaconaat Vreden, waarover de Domthesaurier te Munster de rechtsmacht uitoefende namens de bisschop. *  In 1376 gaf de bisschop verlof tot het stichten van een kapel in de buurtschap Zodderloe, later Oosterwijk genoemd, ten noordwesten van Zelhem. * 
Philips II, koning van Spanje en heer der Nederlanden, bewerkstelligde in 1559 een kerkelijke herindeling van zijn gebiedsdelen in de lage landen. Zelhem maakte reeds geen deel meer uit van het wereldlijk machtsgebied van de bisschop van Munster en werd vervolgens in 1561 bij pauselijke bul ook aan diens geestelijke invloedssfeer onttrokken om te worden ingedeeld bij het nieuwe bisdom Deventer. *  Deze situatie was van korte duur. In de Nederlanden brak de opstand uit, die later de Tachtigjarige Oorlog zou worden genoemd, tijdens welke een kloof groeide tussen de R.K.- kerk en nieuwe, hervormingsgezinde, religieuze bewegingen. De Zelhemse kerk werd tijden deze opstand in 1572 geplunderd en in brand gestoken door Staatse troepen. *  In 1580 werden door de Staten van Gelre maatregelen genomen betreffende de opheffing van de geestelijke rechtsmacht en de bestemming en administratie van geestelijke goederen, maar de R.K.- godsdienst werd nog niet verboden. * 

Het verbod op de uitoefening van enige andere dan de ware Gereformeerde religie volgde op 29 januari 1582. *  . De komst van Spaanse troepen en de val van Groenlo en Zutphen, respectievelijk in 1580 en 1583, betekenden voorlopig het einde van het doordringen van de Hervorming. *  Nadat de Spaanse troepen verdreven waren en Bredevoort en Groenlo in 1597 heroverd, werd in mei 1598 een vergadering van de classis gehouden te Zutphen. Men had, om de Hervorming te kunnen doorvoeren op het platteland, de medewerking van de roomse geestelijken daar nodig en deze opgeroepen ter vergadering te verschijnen. De aanwezigen moesten beloven het Roomse geloof te verzaken, belijdenis van de gereformeerde religie af te leggen, zich aan een geloofsonderzoek te onderwerpen en hun concubines te huwen. Zij, die niet waren verschenen, zouden worden ontzet uit hun ambt. Uit Zelhem was Rotgerus Henskerus verschenen, terwijl de geestelijke van Hengelo (G) wegbleef. *  Na deze bijeenkomst raakten deze beide gemeenten noodgedwongen nauw verbonden voor langere tijd. De predikant te Zelhem werd in juli 1598 gelast de dienst te Hengelo (G) waar te nemen, omdat de geestelijke aldaar zich aan een geloofsonderzoek onttrok. *  Dit was van korte duur.

Uit een request van Zelhems toenmalige predikant, zich hier Rutgerus Hensbergh noemend, d.d. 16 juli 1600, ingediend bij het Hof van Gelre, om bemiddeling bij de inning van achterstallig traktement voor anderhalf jaar dienst, blijkt, dat deze vanwege oorlogsdreiging in 1598 zijn toevlucht had moeten nemen binnen de muren van Doetinchem en, toen deze stad in het najaar van 1598 in Spaanse handen raakte, vervolgens binnen Doesburg en Zutphen en tenslotte naar Holland vertrok. *  In 1603 werd ter classicale vergadering gemeld, dat de predikantsplaats te Zelhem nog steeds vacant was. *  Er stond inmiddels weer een predikant te Hengelo (G), maar deze werd ditzelfde jaar wegens het zich onttrekken aan een geloofsonderzoek ontzet. *  De ingezetenen van Zelhem verzochten de classis in 1604 om een predikant en kregen de belofte, dat in hun behoefte zou worden voorzien. *  Zelhems zorgen waren echter nog niet geweken in 1609. De classis besloot in december van dat jaar een gedeputeerde te zenden naar de eerstkomende Landdag te Nijmegen, met het verzoek, "dat gagye geordineert werde voor eenen predicant te Sellum, ...", *  waarna eindelijk in 1611 Theodorus Rumpius zijn intrede deed te Zelhem. *  Uit het bovenstaande blijkt, dat de Hervorming in Hengelo (G) en Zelhem slechts moeizaam vaste voet kreeg. Een vergelijking van predikantenlijsten doet vermoeden, dat na de waarneming van de dienst te Hengelo (G) in 1598 door de predikant te Zelhem de predikanten te Hengelo (G) op hun beurt de dienst te Zelhem waarnamen in de periode van 1602 tot de komst van ds. Rumpius. Sedertdien is Zelhem nooit meer zo lang zonder eigen predikant geweest.

Bewegingen binnen de kerk in de 18e en 19e eeuw brachten geen opschudding teweeg in het kerkelijk leven in Zelhem. De algemene opleving binnen de kerk begin 19e eeuw bracht een grote toename van het aantal catechisanten. Rond 1840 waren er in de circa 2300 zielen tellende gemeente jaarlijks bijna 500 leerlingen, die in acht groepen maandelijks les kregen van de predikant, na 1843 geassisteerd door een catechiseermeester, voornamelijk aangesteld voor de bediening van de buurtschap Halle, *  tot deze in juli 1858 een zelfstandige kerkelijke gemeente werd. *  Beroering binnen de kerk was van weinig invloed plaatselijk, maar men voelde zich bij gebeurtenissen elders wel betrokken. De kerkenraad besloot in 1886 ten tijde van de Doleantie om brieven te verzenden aan de Algemene Synodale Commissie en aan de kerkenraad van Amsterdam, in een poging om een scheuring te voorkomen. *  Plaatselijk ging een groep van 26 vrijzinnige lidmaten haar eigen weg en richtte in 1892 een afdeling van de Nederlandse Protestanten Bond op. Men stelde zich tot doel het bevorderen van de vrije ontwikkeling van het godsdienstig leven in de gemeente en kwam bijeen in een eigen gebouw. Thans telt deze afdeling 122 plaatselijke leden.
De kerk van Zelhem werd tijdens de Tweede Wereldoorlog bij twee bombardementen in maart 1945 tot een ruïne. Mede dankzij steun van Monumentenzorg en hulp van adopterende gemeenten kon de kerk worden herbouwd en op 16 december 1950 in gebruik genomen.
De Hervormde Gemeente Zelhem, aangesloten bij de ring Doetinchem, behoorde tot 1951 tot de classis Zutphen en nadien tot de classis Doetinchem. Men heeft sinds 1947 een vaste tweede predikant. In 1981 werd opgericht de Federatie Hervormd Gereformeerd Zelhem, waarna de predikanten assistentie kregen van een gereformeerd predikant uit Doetinchem.