De convooien, een belasting wegens het verzekeren van de veiligheid ter zee, zijn Hollands van oorsprong. Deze bescherming kon effectief zijn door het varen onder convooi of door documenten, die door de vijand werden gerespecteerd (het papieren convooi). De licenten zijn Zeeuws van oorsprong. Het was een belasting om handel te mogen drijven met de vijand. De convooien en licenten zijn door de Staten-Generaal in de jaren 1577-1582 tot ordinaris generaliteitsbelasting verklaard. Ze waren een bestemmingsheffing, uitsluitend bestemd voor de zeezaken. *  Na de vrede van Munster (1648) zijn de convooien en licenten tot één belasting samengesmolten. We kunnen ze dan beschouwen als in- en uitvoerrechten. De licenten verloren toen hun zelfstandig karakter.

De vijf Admiraliteitscolleges in de zeeprovincies van de Republiek waren colleges van bestuur en rechtsprekende colleges. Zij waren belast met de invordering en besteding en de fiscale zaken met betrekking tot de convooien en licenten. De Admiraliteitscolleges waren gevestigd te Amsterdam, Rotterdam, Hoorn / Enkhuizen, Middelburg en Dokkum (na 1645 Harlingen). De voorzitter van de onderscheiden Admiraliteitscolleges was de Admiraal-generaal, die zich liet vertegenwoordigen door luitenants.

De Admiraliteit van West-Friesland, ook wel genoemd Hollands Noorderkwartier, werd in 1586 opgericht. Zij zetelde afwisselend om de drie maanden in de Zuiderzeesteden Hoorn en Enkhuizen. Het college was samengesteld uit elf raden, waarvan er zes werden voorgedragen door de Staten van Holland en West-Friesland. Het ambtsgebied besloeg globaal Kennemerland, Hollands Noorderkwartier, Waterland, de noordelijke Waddeneilanden, de zeegaten Marsdiep en Vlie, Drenthe (gedeeltelijk) en Overijssel.

De Admiraliteit van Amsterdam, opgericht in 1588, was veruit het belangrijkst en het machtigst, omdat het dikwijls invloedrijke besturen en magistraten achter zich had. *  Het college was samengesteld uit twaalf raden, waarvan er vier door de Staten van Holland en West-Friesland werden voorgedragen. Het ressort van de Admiraliteit van Amsterdam besloeg globaal de stad Amsterdam met omgeving, het Gooi, het Sticht, de Arnhemse kwartieren van Gelderland en het graafschap Zutphen.

In 1795, het jaar van de Omwenteling, werden de Admiraliteitscolleges opgeheven en vervangen door het Comité tot de Zaken van de Marine, met als plaats van vestiging 's-Gravenhage. Het Comité was onderverdeeld in drie departementen, te weten het Departement van Financiën, het Departement der Convooien en Licenten en het Departement van Equipage. Het Uitvoerend Bewind richtte in 1798 een Departement van Marine op en maakte een einde aan het kortstondige bestaan van het Comité tot de Zaken van de Marine. Verder werd bepaald dat 'het Bureau der Convoyen en Licenten voor als nog zal worden gelaten worden op den ouden voet, doch in deszelfs werkzaamheden afgescheiden zijn van het Departement der Marine'. *  De Staatsregeling van 1798 betekende een definitieve breuk met het oude systeem: 'De afzonderlijke administratie over de Middelen te Water, of inkomende en uitgaande Regten, zal daadlijk ophouden, en begrepen worden onder het algemeen zamestel van Financie'. *  Van dat ogenblik werden alle beschikkingen genomen door de Agent van Financiën.

De centrale controle kwam bij de Commissarissen der Nationale Rekening. *  Het Bureau der Convooien en Licenten, later het Bureau ter Judicature van de Convooien en Licenten werd een onderdeel van het Agentschap van Financiën. Voordat de Staatsregeling van 1801 in werking trad, werd tijdelijk het beheer van de convooien en licenten opgedragen aan Thesaurier-generaal en Raden van Financiën. De Zeeraad, ingesteld bij art. 44 der Staatsregeling van 1801, begon zijn werkzaamheden op 1 april 1802. Het was een administratief en rechtsprekend college inzake de convooien en licenten. De Zeeraad werd in 1805 opgeheven. *  Splitsing had toen plaats. De administratie kwam opnieuw onder de Agent van Financiën, de rechtspraak aan de Raad ter Judicature, die zowel de civiele als de strafzaken met betrekking tot de middelen te water en te lande zou berechten en wetsvoorstellen zou doen. Koning Lodewijk Napoleon scheidde in 1809 de administratie der convooien en licenten van het Departement van Financiën af en plaatste dat onder een zelfstandige directeur van de Middelen te Water. *  De toestand wijzigde zich volkomen na de inlijving van het Koninkrijk Holland bij Frankrijk. Het Franse douanestelsel werd in 1811 ingevoerd, wat (tijdelijk) het einde betekende van de convooien en licenten. De Raad ter Judicature werd opgeheven. Na de bevrijding in 1813 werden de convooien en licenten hersteld. *  De administratie van de convooien en licenten werd opgedragen aan een commissaris-generaal der financiën. De jurisdictie kwam in handen van het Hooggerechtshof voor de Financiën en Zeezaken. Het definitieve einde van de convooien en licenten kwam bij de wet van 3 oktober 1816 (Stbl. 53).

In de ressorten van de voormalige Admiraliteitscolleges werden commissarissen uit het Comité tot de Zaken van de Marine aangesteld. De oude Admiraliteitscolleges kregen de naam van departementen; ze waren gevestigd te Amsterdam, Rotterdam, Vlissingen, Hoorn en Harlingen. In het departement te Hoorn gebeurde de aanstelling van commissarissen bij besluit van 24 maart 1795: 'geproponeerd zijnde om twee leden van het Committé met een substituut-secretaris (?) of amanuensis te committeeren naar Noordholland en Vriesland om aldaar insgelijks van de zaken der Marine behoorlijk inspectie te neemen en op alles aldaar onderzoek te doen. Is goedgevonden daartoe te committeeren de burgers Van der Ramhorst en Blok en aan dezelve als amanuensis toe te voegen den clercq Cramer'. *  De burgers Van Haersma en Vaillant, commissarissen uit het Comité werden in het departement te Amsterdam aangesteld. Zij begonnen hun werkzaamheden op 15 maart 1795. *  Het werkterrein van de commissarissen was niet bij instructie geregeld. * 

In hoofdzaak waren zij districtsdirecteuren van het Comité. Processen over ontduiking en aanhaling betreffende de convooien en licenten werden voor het geïnstrueerd door de substituten-fiscaal, waarna de processtukken met de eis aan het Comité werden gezonden, op daarop vonnis te vellen. De substituut-fiscaal, die vóór 1795 de titel advocaat-fiscaal droeg, werd ambtenaar, die onder de commissaris en onder het Comité zijn werk deed. Hij voerde de instructie en de vervolging van alle fraudes of nalatigheden tegen de voorschriften der convooien en licenten. Zijn taak was vastgesteld bij instructie d.d. 26 oktober 1796 van het Comité tot de Zaken der Marine. *  In het jaar 1798 werd aan de substituut-fiscaal mr. G. Pan de waarneming van het commissariaat van de Convooien en Licenten te Hoorn opgedragen, met uitzondering van de justitiële zaken. Daarmee werd de commissaris H.H. van Haarsma te Amsterdam belast. * 

De commissarissen in de departementen kregen in 1802 een instructie. *  Tot hun taak behoorde o.a. de verlenging van vrij- en jaarbrieven van markt- en veerschippers, de uitvoering van het Generaal-Plakkaat van 31 juli 1725 op de Convooien en Licenten, met wijzigingen en aanvullingen, het houden van gerechtszittingen en de schikking inzake de boeten wegens frauduleus vervoer van goederen. Het departement van de Convooien en Licenten te Hoorn werd in 1805 opgeheven. De kantoren en posten in Noord-Holland werden bij het departement te Amsterdam gevoegd, die in Overijssel en Drenthe, inclusief de inspecteur, bij het departement te Harlingen. *  Deze kantoren en posten waren o.a. gevestigd in de steden Almelo, Enschede, Hardenberg en Zwolle in Overijssel, en Medemblik en Zaandam in Noord-Holland. Onder het bewind van koning Lodewijk Napoleon kregen de commissarissen de titel van commissaris-generaal des koning voor de Middelen te Water.

Het Franse douanestelsel werd uitgevoerd door vier onderdirecties, die gezeteld waren in de steden Rotterdam, Amsterdam, Dokkum en Emden. Het ambtsgebied van de onderdirectie te Amsterdam strekte zich uit over de Noordzeekust, vanaf Haarlem tot de Zuiderzee, de eilanden Texel en Vlieland, de kust van de Zuiderzee tot en met Elburg. De directeuren in de genoemde plaatsen stonden onder het toezicht van de prefect comte De Celles, die Amsterdam als standplaats had. *  De instructie van de civiele processen met betrekking tot de convooien en licenten zou na de bevrijding op de vanouds gebruikelijke wijze geschieden voor commissarissen de Middelen te Water in de departementen Amsterdam, Rotterdam, Harlingen en Middelburg. Een advocaat-fiscaal werd aan deze commissarissen verbonden. * 

De archieven die hierna beschreven zijn, werden in 1949 door de Algemene Rijksarchivaris overgedragen. De materiële toestand van de archiefstukken is redelijk te noemen. De omvang van de archieven bedraagt circa 2 meter.