De vereniging is een voortzetting van de Vereniging voor Christelijk Nationaal Schoolonderwijs, Velsen, de Vereniging voor Christelijk Kleuterschoolonderwijs, IJmuiden-Oost en de Vereniging voor Christelijk Volksonderwijs, IJmuiden-Oost, welke in 1974 zijn samengegaan.

Daarna worden er al in 1977 de eerste verkennende besprekingen gehouden tussen de besturen van de Vereniging voor Protestants Christelijk Onderwijs IJmuiden-West en de Vereniging voor Protestants Christelijk Onderwijs Velsen (PCOV). De eerst vermelde was ontstaan in 1976, toen er een fusie tot stand kwam tussen de Vereniging voor Christelijk Onderwijs IJmuiden en de Vereniging voor Lager en Uitgebreid Lager Onderwijs op Gereformeerde Grondslag, eveneens te IJmuiden.

Beide verenigingen hebben veel gemeen: ze zijn het resultaat van fusies van enkele, soms al vele jaren bestaande verenigingen, die zijn voortgekomen uit verschillende denominaties, en allebei zetten ze zich in voor het onderwijs van kinderen uit het protestantse volksdeel in Velsen. De besturen zijn van mening dat een bundeling van krachten noodzakelijk is om het voortbestaan van het protestants christelijk onderwijs in Velsen/IJmuiden te waarborgen. In de ledenvergaderingen van 1980 gaan ook de leden ermede akkoord. Tot een uitvoering komt het echter vooreerst niet; de PCOV heeft voorlopig de handen vol aan de fusie met de vereniging welke de Marie Boreel-kleuterschool bestuurt, welke na de nodige strubbelingen, tenslotte in 1983 zijn beslag krijgt. In de loop der jaren wordt echter duidelijk, dat door de voortgaande secularisatie, de individualisering van de samenleving, het kleiner worden van de gezinnen, de verhuizingen naar het gemeentedeel De Velserbroek en het door de overheid vereiste, steeds hoger wordende, minimum aantal leerlingen per onderwijsinstelling, enkele scholen in hun voortbestaan worden bedreigd. De sluimerende contacten tussen de besturen worden geïntensiveerd en in 1992 wordt een intentieverklaring tot onderlinge samenwerking ondertekend. De uiteindelijke fusie vindt plaats per 1 januari 1993.

Een van de eerste maatregelen is het doen opgaan van de Bethlehem-basisschool in de Pieter Vermeulen-basisschool. Beide scholen worden met opheffing bedreigd door een tekort aan leerlingen. Een groot struikelblok wordt gevormd door de belangen van het onderwijzend personeel, in het bijzonder die der directieleden, de vroegere hoofdonderwijzers.

Het samengaan van de Pieter Vermeulen-basisschool met de Marie Boreel-basisschool (gevormd uit de vroegere Marie Boreel-kleuterschool en de lagere Prinses Beatrixschool), die zich ook in de gevarenzone bevindt, blijkt niet mogelijk; een onderzoek leert dat de afstand tussen beide schoolgebouwen te groot is, veel leerlingen in Driehuis zouden afvloeien naar het openbaar onderwijs: de Jan Campert-basisschool. Met het oog op de vergrijzing van dit gemeentedeel en het ontbreken van nieuwbouwplannen, wordt besloten tot het oprichten van de Stichting voor Interconfessioneel Onderwijs, zodat het bijzonder onderwijs in Driehuis in stand zou kunnen blijven. De nieuwe stichting die de Basisschool "De Tourmalijn" exploiteert, wordt door de leerlingen van de P.C. Marie Boreel-basisschool en die van de R.-K. St. Engelmundus-basisschool bezocht. Als huisvesting wordt voor het gebouw van de laatst vermelde school gekozen.

Later wordt in IJmuiden, ondanks de bezwaren van de Oudercommissie / Medezeggenschapsraad en het personeel van de Marnix-basisschool ("Fusie is voor ons niet nodig, onze school zit vol"), uiteindelijk toch gekozen voor een samengaan met de Pieter Vermeulen-basisschool eind 1994. De beide scholen gaan verder als Basisschool "Het Kompas", locatie Oost (Heerenduinweg, de vroegere Pieter Vermeulenschool), locatie Zuid (Gijzenveltplantsoen, de vroegere Bethlehemschool) en locatie West (Stephensonstraat, de vroegere Marnixschool). De Kruisberg-basisschool blijft voorlopig nog boven de opheffingsnorm.

Door de sluiting van de R.-K. Claraschool in Oud-IJmuiden zijn veel katholieke leerlingen op de Comité-basisschool gekomen. Bij deze school wordt daarna onderzoek gedaan naar een mogelijk samengaan met de Openbare Moerberg-basisschool, om in elk geval een basisschool in dit deel van de gemeente te behouden, maar tot een dergelijk besluit komt men echter niet. Hoewel het personeel en de leden van de Oudercommissie/ Medezeggenschapsraad van mening zijn, dat ook na een eventuele fusie met deze openbare onderwijsinstelling, het protestants christelijke karakter van de school gehandhaafd kan blijven, is het bestuur hier huiverig voor. Na de hierop volgende maandenlange discussies, blijkt de tegenstelling in zienswijze over de identiteit van de vereniging tussen het bestuur enerzijds en het personeel en de ouders anderzijds, onoverbrugbaar. Uit een in 1995 gehouden enquête onder de leden van de vereniging wordt duidelijk, dat er een meerderheid is, welke een naams- en statutenwijziging voorstaat, waardoor de nieuwe naam gaat luiden: Vereniging voor Christelijk Onderwijs Velsen. Het zittende bestuur treedt dan en bloc af.

De in 2004 overgedragen archiefstukken beperken zich tot de oude vereniging(en).

N.B. Onder het nieuwe bestuur zouden de Comité-basisschool en de Kruisberg-basisschool later fuseren tot Basisschool "De Klipper", met als locaties 'Sluiswijk', respectievelijk 'Zeewijk'. Hiermede zijn de laatste verwijzingen naar de plaatselijke pioniers op het gebied van het protestants christelijk onderwijs in Velsen-Zuid, Driehuis en IJmuiden (Marie Boreel, Pieter Vermeulen, Comité ter Evangelisatie te IJmuiden) verdwenen.

In oktober 2000 zou deze nieuwe vereniging samengaan met het Rooms-Katholiek Basisonderwijs in de Stichting Bijzonder Basisonderwijs Velsen (SBBV).

Stukken betreffende personeel zijn 75 jaar na dato openbaar. De rechtsopvolger van de Vereniging voor Protestants Christelijk Onderwijs Velsen en de Vereniging voor Christelijk Onderwijs Velsen, de Stichting Bijzonder Basisonderwijs Velsen, kan toestemming geven voor ontheffing op deze beperking van de openbaarheid.