De Reformatie betekende het eind van de katholieke kloosters en van de parochiekerk als katholieke instelling. De goederen van deze instellingen konden voor andere doeleinden worden bestemd, maar soepel ging dit niet, althans niet in het geval van Beverwijk. Aan de uiteindelijke regeling ging een langdurig en ingewikkeld proces vooraf.

Op 24 september 1577 besloten de Staten van Holland dat de stad de inkomsten van de kerk, het gasthuis en het leprooshuis mocht gebruiken voor de wederopbouw van deze instellingen en ook van het stadhuis en de school. Dit op voorwaarde dat de stad uit deze inkomsten ook de predikant en de schoolmeester zou betalen.

Nu behoorde de kerk van Beverwijk met bijbehorende goederen sinds 1447 tot de bezittingen van de Haarlemse commanderij van Sint Jan. En deze Jansheren verzetten zich in 1577 hevig tegen de in bezit name van de kerk en haar inkomsten door Beverwijk. Merkwaardig genoeg waren die zelfs in augustus al door diezelfde Staten van Holland aan de Jansheren teruggegeven. Na de Jansheren liet ook de stad Haarlem haar ogen op de Beverwijkse kerkgoederen vallen.

Ook Haarlem was door de oorlogshandelingen zeer zwaar getroffen en wist compensatie bij de Staten van Holland te bedingen. Op 24 april 1581 kwam er een akkoord tussen Haarlem en de Staten van Holland tot stand, waarbij alle Haarlemse kerkelijke en kloostergoederen, dus ook die van de Jansheren, aan Haarlem zouden komen, en bovendien de helft van de goederen van de twee kloosters die in Beverwijk stonden. De andere helft hiervan zou in handen van de Staten komen om tot stichtelijk gebruik te dienen ('ad pios usus'). Het levensonderhoud van de voormalige Beverwijkse kloosterlingen en de kosten van predikant en schoolmeester van Beverwijk zouden beide steden nu gezamenlijk moeten betalen. Niettemin kwam het nog niet tot in bezit name van de Jansgoederen door Haarlem, en op 23 oktober 1589 werden de Jansheren zelfs in het gelijk gesteld in hun verzet tegen de stad. Pas na het overlijden van de laatste commandeur, Andries van Souwen (9 januari 1625), zou de stad in bezit van de commanderijgoederen komen. Maar de kerk van Beverwijk en bijbehorende goederen raakte de commandeur al eerder kwijt.

In 1615 moest Beverwijk erkennen dat Haarlem goedkeuring moest verlenen aan de predikantskeuze. Daar stond tegenover dat Beverwijk wel een deel van de kerkelijke goederen, ook van de Jansheren, in handen kreeg. In oktober 1584 verzocht Beverwijk aan de Staten om de 'Staatse' helft van de ontvangsten van de Beverwijkse kloostergoederen te mogen ontvangen. Hier kwam geen reactie op, maar op een tweede verzoek in 1593 wel. Beverwijk mocht kerk- en memoriegoederen verkopen. Dit betekende in de praktijk ook dat Beverwijk het aandeel van de Staten van de goederen van de Beverwijkse kloosters kreeg. Deze werden voortaan door Haarlem en Beverwijk gezamenlijk beheerd. In de achttiende en begin negentiende eeuw werden deze goederen gestaag verkocht, zodat er steeds minder te beheren over was. Wel moest nog rond 1920 Haarlem de helft van het traktement van de schoolmeester in Beverwijk voor zijn rekening nemen, nog steeds ten gevolge van het akkoord van 1581.