Het archief van de marinewerf valt in drie gedeelten uiteen. De archieven van de onderdirecteur (1813-1843), de commandant-directeur (1843-1913) en de directeur van Willemsoord (1913-1945). Het archief van de onderdirecteur van de werf berust in het Noord-Hollands Archief. Het archief van de commandant-directeur berust in het Nationaal Archief. Het archief van de directeur = het archief van de Directie der Marine rijkswerf Willemsoord 1913-1945, is in 1982 aan het toenmalige Rijksarchief in Noord-Holland overgedragen.

Het archief van de directeur berustte voordien bij het Algemeen Rijksarchief te Den Haag. Het archief was tijdelijk ondergebracht in het hulpdepôt te Schaarsbergen. Hier werd het archief van een plaatsingslijst voorzien. Deze raakte in Den Haag evenwel zoek en werd pas gedurende de inventarisatie teruggevonden.

De meeste series die in dit archief werden aangetroffen vangen aan in 1913, het jaar waarin de functies van commandant en directeur ontkoppeld werden. De meeste series lopen door tot en met 1942.

Over de jaren 1943-1945 zijn weinig archiefstukken, waaronder grootboeken, aangetroffen. Of het hiaat in de periode 1943-1945 veroorzaakt is door de Duitse bezetting of door verwoesting ten gevolge van bombardementen is niet duidelijk. In de datering van het archief is 1945 als eindjaar aangehouden. * 

Het archief bestaat hoofdzakelijk uit series correspondentie die evenwel in de verschillende perioden verschillend geordend zijn. De volgende perioden zijn hierin te onderscheiden: 1913-1930, 1931-1933 en 1934-1942. In de perioden 1913-1930 en 1934-1942 werden de ingekomen stukken geordend op correspondent. Toch is er bij dit archief geen sprake van een correspondentenstelsel aangezien de minuten van uitgaande stukken niet op correspondent maar in chronologische volgorde zijn opgeborgen. In het archief is sprake van een aantal ordeningen. De dossiers en series uit de perioden 1913-1930 en 1934-1942 waren bijeengevoegd alsof er sprake was van één doorlopend chronologisch geheel. De stukken over de jaren 1931-1933 waren apart geordend en wel volgens het agendastelsel. Nagenoeg alle ingekomen en minuten van uitgaande stukken zijn puur chronologisch geordend in één aparte serie aangetroffen. Naast de chronologische serie werden echter ook enkele series gevormd op correspondent.

Het archief was bij de overdracht niet volledig. Enerzijds heeft een grote incidentele vernietiging in 1976 te Schaarsbergen plaatsgevonden, waarbij ca. 73 meter archiefstukken zijn vernietigd. Na de vernietiging bleef er 30 meter archief over. Anderzijds berusten archiefbescheiden van de werf bij andere instellingen. Tekeningen van schepen en vaartuigen die vóór 1929/30 niet meer in de vaart waren, zijn op last van de minister van Marine geschonken aan het Rijksmuseum Scheepvaartmuseum te Amsterdam. *  Aldaar zijn de tekeningen geborgen en geïnventariseerd. De afdeling Maritieme Historie van de Marinestaf te Den Haag beheert eveneens tekeningen van schepen. Tekeningen van schepen zijn ook op de werf zelf nog te vinden. Er zijn beduidend minder bestekken in het archief aangetroffen dan verwacht kon worden. Gedurende de inventarisatie zijn tijdens een bezoek aan de rijkswerf op een van de zolders aldaar bestekken aangetroffen en over overbrenging naar Noord-Hollands Archief is inmiddels correspondentie gestart.