Het archief van de administratie der Domeinen in het Tweede Ressort bevat vele duizenden door de administratie zelf gevormde dossiers, die in de hierna volgende inventaris niet inhoudelijk zijn omschreven. Aangegeven is alleen welke dossiernummers zich in een bepaald inventarisnummer bevinden. De in 1841 vervaardigde lijsten (zie p. 9 en 10) geven achter elk dossiernummer wel een korte omschrijving van de inhoud. Om te vermijden dat de onderzoeker/ster steeds deze lijsten zelf zou moeten raadplegen, is een uitvoerige alfabetische index samengesteld die aan de inventaris is toegevoegd.

Deze index heeft betrekking op de gehele inventaris. Bij de inventarisnummers die dossiers bevatten (nrs. 22-384) zijn de trefwoorden ontleend aan de opschriften op de dossieromslagen, die identiek zijn aan de omschrijvingen in de lijsten van 1841. Bij de overige inventarisnummers zijn de trefwoorden ontleend aan de beschrijvingen in de inventaris zelf.

De meeste dossiers betreffen een zaak: het geheel van handelingen binnen een bepaalde termijn ten aanzien van een bijzonder geval (bijvoorbeeld: de verpachting van landerijen te A aan persoon X). Daarnaast zijn er bij elk kantoor/agentschap dossiers gevormd die onderwerpen in ruimere zin betreffen, zoals personeelszaken, verpachtingen e.d., met name onderwerpen die verband houden met taken en organisatie van de dienst der Domeinen.

Bij de vorming van de dossiers is overigens niet altijd even systematisch te werk gegaan. Waarom men voor bepaalde verpachtingen een apart dossier aanlegde en andere verpachtingszaken bijeen hield in een dossier "Verpachtingen" is niet duidelijk. Ook is onduidelijk waarom men sommige dossiers in de serie dossiers "Algemeen" onderbracht en niet bij een bepaald kantoor/agentschap.

De opschriften op de dossiers zijn de basis geweest voor het samenstellen van de trefwoordenlijst in deze inventaris. Slechts bij onleesbaarheid of twijfel aan de juistheid van deze opschriften (waarbij vooral gedacht moet worden aan de spellingswijze van persoonsnamen) is het dossier zelf geraadpleegd. De index is dus mede afhankelijk van de subjectiviteit van degene die destijds de opschriften heeft vervaardigd.

In de index is gebruik gemaakt van primaire en secundaire trefwoorden. De primaire trefwoorden geven de zaak, de persoonsnaam of de geografische plaats aan. Het primaire trefwoord is vaak in het meervoud gesteld. De meervoudsvorm veronderstelt dan een verzamelnaam voor een zaak of handeling.

De secundaire trefwoorden worden voorafgegaan door de primaire en een komma. Zij geven de handeling van Domeinen in de betreffende zaak aan of een specificatie van een zaak bij een geografisch trefwoord. Als voorbeeld van de toekenning van trefwoorden aan een dossier nemen wij hier dossier 239 van het agentschap Amsterdam waarvan het opschrift te zien is in illustratie I. Het betreft hier een zaak waarin de belanghebbende een sluiswachter is. Over deze sluiswachter, L. van Dam te Purmerend, zijn een aantal klachten ontvangen. Het eerste trefwoord dan, dat aan dit dossier werd toegekend, is de naam van deze belanghebbende. Daarna werd een trefwoord gemaakt op de zaak (in dit geval een functionaris), met een nadere specificatie over wat er aan de hand is. Ten derde werd een trefwoord gemaakt dat uitdrukt waar de zaak zich afspeelt, met als specificatie welke zaak het is. Bij al deze trefwoorden werd een verwijzing opgenomen bestaande uit twee nummers. Het eerste nummer verwijst naar het inventarisnummer, het tweede naar het dossiernummer dat door de archiefvormer werd toegekend.

Voor dit dossier werden als trefwoorden dan in de index opgenomen:
- Dam, L. van 143-239
- Sluiswachters, klachten over- 143-239
- Purmerend, sluiswachter 143-239

Bij het samenstellen van de index bleek dat er enige trefwoorden waren die zo vaak toegekend moesten worden dat het niet nuttig leek om alle verwijzingen voor dat woord naar inventaris- en dossiernummers in de index op te nemen. Meestal gaat het om trefwoorden die verwijzen naar vaste taken of de organisatie van Domeinen, waarover ieder kantoor of agentschap dossiers bijhield. De trefwoorden zijn in de index wel opgenomen maar in plaats van een inventaris-/dossiernummer staat het woord "passim" vermeld. (Bij deze passimtrefwoorden is indien nodig vermeld welke begrippen onder de betreffende term vallen.)

De volgende trefwoorden zijn met de passimverwijzing in de index opgenomen:
- Aanbestedingen
- Kwijtscheldingen
- Bezoldigingen
- Leggers
- Bouwland
- Pachten
- Comptabiliteit
- Pensioenen
- Dijk- en polderlasten
- Personeelszaken
- Erfpachten
- Recognities Gerechtelijke procedures
- Reparaties
- Goederen
- Schadeloosstellingen
- Gratificaties
- Traktementen Gronden
- Verhuur
- Huizen
- Verpachtingen
- Hypothecaire inschrijvingen

Inhoudelijk kunnen de trefwoorden in de alfabetische index in drie soorten verdeeld worden.

Ten eerste zijn er trefwoorden die verwijzen naar een geografische eenheid. De index kent hoofdzakelijk verwijzingen naar gemeenten en dorpen/steden waarbij uitgegaan is van de gemeentelijke indeling in de jaren 1828-1841. De spelling is waar nodig omgezet in de hedendaagse. Ook namen van polders zijn als zelfstandig trefwoord opgenomen, bijv.:
- Plaspoelpolder, waterlozing 195-110

Dit is echter niet gebeurd als het dossier en het opschrift duidelijk een plaatsnaam daarbij vermelden. In dat geval namelijk is de naam van de polder achter de naam van die plaats vermeld, bijv.:
- Brielle, Polder De Struiten, Maritiem Hospitaal 217-416

Namen van rivieren, kanalen, meren e.d. zijn als primair trefwoord opgenomen. Onder de plaatsnamen worden ook wegen en veerdiensten genoemd, waarbij is uitgegaan van het gegeven dat de betreffende plaats begin-/eindpunt is van die weg of veerdienst.

Namen van plaatsen op eilanden zijn gerangschikt onder de namen van die eilanden. Voorbeelden van dergelijke trefwoorden zijn:
- Noord-Hollands Kanaal, afkoop erfpachten 142-226
- Vianen, weg naar Vreeswijk 267-393
- Texel, Oudeschild, haven 162-133

Het tweede soort trefwoorden dat in deze alfabetische index wordt aangetroffen, zijn namen van personen. Bij een aantal namen die meer dan éénmaal voorkomen, is de spelling verschillend. In deze gevallen is gekozen voor de meest gebruikte spelling. Termen als weduwe en erven zijn in de index opgenomen. De academische titulatuur van personen is weggelaten, adellijke titels zijn echter wel bij de persoonsnamen opgenomen, bijv.:
- Persijn, wed. C. van 195-102
- Tuyll van Serooskerken, C.E. baron van 105-023

Het derde soort trefwoorden dat in de lijst verwerkt is, betreft onderwerpsaanduidingen. Meestal zijn dit verwijzingen naar zaken, goederen, instanties waarmee Domeinen in verband met haar taakuitvoering te maken kreeg en naar categorieën functionarissen van Domeinen. De meeste passimtrefwoorden vallen onder deze soort. In het secundaire trefwoord is doorgaans de aard van bemoeienis van Domeinen aangeduid, bijv.:
- Kloostergoederen, overname 248-094
- Ziekenhuizen, inrichting cholera- 206-280
- Onkruid, bestrijding 072-121
- Ontvangers der Registratie, nalatigheid 169-226

Vooral bij deze derde soort trefwoorden zal men in de index een groot aantal interne verwijzingen aantreffen, bijv.:
- Gronden passim
N.B. Zie ook Heidegronden.

Bij raadpleging van de index op persoonsnamen en zaakaanduidingen wordt aangeraden om de inventaris te raadplegen omtrent de herkomst van het dossier naar kantoor/agentschap.

De alfabetisering van de index is geschied met behulp van een databaseprogramma. Dit had tot gevolg dat de alfabetisering in sommige gevallen naar de inhoud van de trefwoorden niet verantwoord was, bijv.:
- Bruggen, herstelwerkzaamheden 256-241
- Bruggen, J. van 157-061
- Bruggen, Noord-Hollands Kanaal 376-005

In deze gevallen is de volgorde van de trefwoorden in de index later handmatig bijgesteld. De naam J. van Bruggen uit dit voorbeeld werd voor het trefwoord Bruggen gezet:
- Bruggen, J. van 157-061
- Bruggen, aanleg 164-154