De abdij ging vervolgens een nieuw tijdperk in. De abt had voortaan ook trouw te zweren aan de unie van Bursfeld en de eed af te leggen de observantie van Bursfeld in zijn abdij te volgen. Het "Ceremoniale" van Bursfeld *  , dat de organisatie van de congregatie en de dagorde van alle aangesloten kloosters vaststelde en de "Ordinarius divinus", die het officie regelde, waren voortaan haar wetten en regels; de besluiten (recessen) die alleen de levenswandel, de observantie en de tucht in de kloosters betroffen en slechts na rijp beraad tot stand kwamen - de besluiten moesten op drie achtereenvolgende bijeenkomsten genomen zijn om geldigheid te krijgen - golden voortaan ook voor haar.

In de Unie is Egmond in de 16e eeuw actief lid geweest; de abten, die wegens de grote afstand slechts om de drie jaar behoefden op te komen, zijn vrij regelmatig aanwezig: proost Dirk Buschman in 1492 en 1493, abt Hendrik van Wittenhorst in 1495 1498, 1503, 1505, abt Meinard Man in 1511, 1513, 1516, 1519, 1524, abt Willem van der Goes bijna op alle kapittels tussen 1529 en 1558, soms als co-president, soms als diffinitor.

De abdij wordt belast met reformaties van kloosters als die van Rijnsburg (1500), Winoxbergen (1510), Cortenberg (1510, 1529), Gembloux (1541) en is in 1512 aangewezen de prior van Gembloux de regels en het ceremonieel van de Bursfelder unie te onderwijzen. In 1546 behoort Willem van der Goes onder de afgevaardigden, die gekozen werden om de Unie op het concilie van Trente te vertegenwoordigen *  . In 1519 is de abdij zelfs de plaats, waar het generaal-kapittel samenkomt, een eer die gewoonlijk slechts aan Bursfeld, Erfurt, Mainz, Keulen of Trier te beurt viel *  . Uit haar middelen werden arme kloosters volgens Bursfelder gewoonte ondersteund.

De hervorming heeft aanvankelijk nieuwe krachten aangetrokken; volgens Buschman was het getal conventualen spoedig van 21 tot 40 gestegen, waaronder aanvankelijk een aantal Duitse monniken *  . Namen van de conventualen worden vóór 1559 zelden genoemd, maar het is wel zeker, dat de adel geen belangrijk contingent meer heeft gevormd; deze was niet meer bevoorrecht en de grote attractie was voor de jonge edelen verdwenen.

Het leven binnen het klooster was zeer versoberd, maar daarmee niet tot austeriteit vervallen; de vijandigheid aan cultuur, die bij reacties op een uiterlijk glanzend kloosterleven dikwijls opgemerkt kan worden, bijvoorbeeld in de begintijd bij de Cisterciënzers, heeft bij Bursfeld niet bestaan; men hechtte hier grote waarde aan een waardig en kunstzinnig uiterlijk van de abdij en aan de wetenschap *  .

In Egmond heeft vooral Meinard Man (1509/1526) zich in dit opzicht bij de verbouwing en versiering van de abdij verdienstelijk gemaakt *  . Hoewel hij zelf geen bijzondere geleerde was - Maarten van Dorp noemt hem in een brief aan Erasmus "vir doctus, sed religiosior quam doctior, tametsi doctor omnes non mediocriter amat" *  - verkeert hij in een kring van humanisten, waarin alle bekende Hollandse namen van die dagen voorkomen; Alardus van Amsterdam, Opmeer (Quirinius Falesius) vriend van Erasmus (beide verwanten van Meinard Man), Cornelius Gerard Aurelius, Murmelius, rector van de Latijnse school te Alkmaar, Maarten van Dorp, professor in Leuven *  , vriend en later bestrijder van Erasmus *  zij allen corresponderen met hem of dragen hem werken op *  .

Na het midden van de 16e eeuw komt de grote verandering. De kloosters beginnen hun aantrekkingskracht te verliezen. Ook in Egmond. Het aantal monniken in Egmond, dat in 1541 nog - buiten de abt - 32 bedroeg, liep terug tot 20 in 1559, (van wie twee boven de 50, twee boven de 40 en 9 beneden de 24 waren) tot 18 in 1561 *  .

Het opmerkelijke is vooral het snelle verval van het leven in de abdij na 1559. Het onderzoek, dat in 1561 door Cornelis Suys en Jacob de Jonge, president en secretaris van het Hof van Holland, op last van de regering gedaan werd, laat dienaangaande geen twijfel. De schuld van het verval gaf men gedeeltelijk aan Van der Goes, gedeeltelijk aan de regering. De abt was zeer autoritair geweest en had het gehele beheer in handen genomen door de verschillende functies in de abdij aan zich te trekken; aan de andere kant had de regering in 1559 op Van der Goes verzoek om met het oog op zijn leeftijd en zijn opvolging een coadjutor aan te wijzen, nagelaten dit te doen, zulks in verband met haar plannen tot oprichting van de bisdommen; na Van der Goes dood (10 maart 1560) had zij ook de abtsplaats niet vervuld, doch de prior Johannis Campensis het beheer laten voeren. De prior was een oud en zwak man en niet in staat de monniken te leiden; hij gaf in het begin veel toe, zei een der monniken in 1561, en kon het later niet weer herstellen.

De jonge monniken gingen spoedig over de schreef en deden voor Van Adrichem en Van Driel in hun ergste tijd niet onder, de ouderen werden nalatig, het uitgebreide dienstpersoneel (timmerlieden, metselaar, enz.) in totaal ca. 21-22 personen, bedronk zich en voerde weinig uit. De genoemde commissarissen Cornelis Suys en Jacob de Jonge vonden in september 1561 een prior, die ten volle erkende, dat de staat van de abdij achteruit was gegaan sedert de dood van Van der Goes; hij had geen obedientie, enkele van de jongere monniken voerden een ongebonden leven, enkele van de oudere celebreerden niet en kwamen niet ter metten, zoals zij vroeger gewoon geweest waren. Hij erkende zijn onmacht en verzocht dringend, dat een nieuwe abt benoemd zou worden; "elcke dach - verklaarde hij - schijnt (ons) een jaar te wesen". Ook de zeven andere capitularen, Jacob Starck, pastoor van Noordwijk en monnik van Egmond, de secretaris van de vroegere abt en de rentmeester - beide leken - en de gastwaarder en poortier - beide lekebroeders - gaven getuigenissen, die met de verklaring van Johannis Campensis overeenstemden en deze alleen op enkele punten iets aanvulden.

In het rapport van Cornelis Suys van 15 september aan de landvoogdes verklaarde hij, dat hem uit de verhoren gebleken was, dat "les affaires tant de la religion que de la police dicelle abbaye ne sont portés si bien ny de si bon ordre comme du vivant dudict abbé trépassé, mesmes entre les jeunes religieux, qui 'ne sont que dix en nombre et les vieux capitulaires huict. Et que des jeusnes il y a troys ou quatre, qui ont jusques á ores mené une vie assez dissolute, soy absentans des services de l'esglise et aussy du chapitre, qui se tient illecq deux foys á la sepmaine et ceci á leur plaisir sans congé du prieur, voires partans parfois hors du cloistre ou par la porte, quant ils I'ont trouvé ouverte ou par dessus les murailles pour non faillir en villaige d'Egmont-binnen, qui est tout joignant ledict cloistre, et illecq beuvans et jeuans avecques compaigne peu honneste, tant d'hommes que des filles, dont aussy s'est faict et chanté par les rues quelque chanson non sans scandale des religieux et de la religion"; de prior had "sede vacante" geen gezag; het dienstpersoneel dronk en was lui. Er was echter enige hoop op verbetering, daar de schuldigen beloften tot beterschap hadden gedaan.

Het was wel duidelijk, dat slechts een krachtige abt, die door de regering gesteund werd, in staat zou zijn de abdij te herstellen.

Hiervan is niets gekomen. Regering en kerk hebben de abdij zelf de zwaarste slag toegebracht door de abdij te bestemmen tot tafelgoed voor het nieuwe bisdom Haarlem en de bisschop tot abt van Egmond aan te stellen. Op zichzelf was het rationeel de grote inkomsten van een abdij, die geen kracht tot expansie vertoonde, voor een deel voor de nieuwe bisdommen te bestemmen. De inkomsten van Egmond waren in de beden van de geestelijkheid in 1534 en 1537 op ruim 8000 gulden geschat, wat reeds een groot overschot gaf op de uitgaven, die bij de hervorming in 1490 voor de behoeften van de abdij op 2200 gulden waren geschat *  . In 1559 werden de inkomsten van de abdij zelfs op 30.000 ponden van Artois berekend *  , wat vermoedelijk een te hoog cijfer is.

Het bezwaar van de maatregel was echter vooral in de incorporatie van de abdij bij het bisdom gelegen; de abt zou voortdurend afwezig zijn en de hervorming, die men in de Bursfelder unie tot stand had gebracht, zou aldus grotendeels te niet gaan. De conventualen hebben tegen de voorgestelde maatregelen geprotesteerd, maar zonder succes. De regering trok er zich weinig van aan; de president van het Hof van Holland merkte bovendien op, dat de monniken sedert de dood van Willem van der Goes slecht leefden en dat een reformatie nodig was.

De bul van paus Pius IV *  , waarbij de grenzen van het bisdom Haarlem omschreven werden en de abdij als "tafelgoed" en "bruidschat" onafscheidelijk met het bisdom verenigd werden, kwam 11 maart 1561 af; enige maanden later (26 mei) volgde de officiële aanstelling van Nicolaas van Nieuwland tot bisschop van Haarlem en de machtiging om het bestuur van de kerk in Haarlem en van de abdij over te nemen. In de bul van 10 maart, bestemd voor de abdij, was de incorporatie gelast en waren de bepalingen bekend gemaakt, waaronder deze geschieden zou, o.a. dat de prior een Benedictijn zou zijn, die bij besluit van den bisschop zou aangewezen worden. De 8e november 1561 werd de gemachtigde van de bisschop, Jacobus Uyten Eng, deken van S. Pieter in Utrecht, plechtig in het bezit van de abdij gesteld.

Het beheer van Nicolaas van Nieuwland is berucht geweest; het geld vloot deze prelaat door de vingers *  . Hensen heeft de gelden, die van Nieuwland uit de abdij getrokken heeft op ± 12.000 á 13.000 gulden berekend; de kellenaar was echter telkens zonder het nodige geld en leveranciers werden zo slecht betaald, dat zij weigerden langer te leveren. In 1569 kwam aan dit wanbeheer een einde. Van Nieuwland werd 28 november 1569 tot resignatie van zijn ambt gedwongen. Het 8-jarig bestuur, vatte Sasbout Vosmeer later samen, was een schijnregering geweest, de bisschop zelf was een man van weinig gezag en nagenoeg geen nut geweest. Nieuwlands opvolger Godfried van Mierlo (10 december 1570) heeft geen gelegenheid meer gehad verbeteringen in te voeren.

De eerste stormen braken in 1567 over de abdij los, toen troepen van Hendrik van Brederode de abdij overvielen. De gebouwen zijn toenmaals nog gespaard gebleven. Kort daarop moeten verscheiden monniken uitgeweken zijn. Een inventaris van de abdijgoederen, die op 26 januari 1570 voor Godfried van Mierlo - toen nog vicaris-generaal - Johan Huesden, prior, en Jacob Blondeel, keldermeester (later prior), opgemaakt werd, vermeldt nog kostbare paramenten, evangelieboeken, schilderijen enz., maar uit het aantal bedden, kroezen, borden, schotels enz. kan men moeilijk een grotere kloosterbevolking dan 10-12 monniken en enige dienstlieden aannemen. Uit het request, dat de voormalige prior Jacob Blondeel en 7 conventualen in 1577 tot de Staten van Holland richtten om alimentatie, moet men ook concluderen, dat slechts enkele monniken in deze jaren achtergebleven zijn. Deze hebben zich in 1572, terwijl de Geuzentroepen om de abdij gelegerd waren en het Noorderkwartier bezet hielden, verdienstelijk gemaakt om vele waardevolle voorwerpen, handschriften en misschien enige archivalia in veiligheid te brengen. In 1573 was echter ook voor hen de toestand onhoudbaar geworden en zijn ook zij vertrokken. Spoedig daarop is de abdij ondergegaan.