Haarlem kent een bloeiende orgelcultuur met internationale bekendheid. Dit is mede te danken aan het feit dat zich in de Grote- of Sint Bavokerk een beroemd orgel bevindt, in 1783 gebouwd door Christiaan Müller.
Waar het Müller-orgel tot 1800 eigendom van de Hervormde Gemeente Haarlem was, werd het vanaf dit jaar eigendom van de Gemeente Haarlem. Er werden stadsorganisten aangesteld die belast waren voor het geven van concerten. In eerste instantie bleven optredens door gastorganisten zeer beperkt. Dit veranderde na 1880, hoewel vrijwel geen internationale organisten te gast waren. Tussen 1913 en de jaren '30 van de vorige eeuw waren er geen bespelingen door gastorganisten, wat veranderde met de komst van gastorganisten als Albert Schweitzer, Jeanne Demessieurs, Jean Langlais en Flor Peeters.
In 1950 ging Wethouder van onderwijs en kunstzaken te Haarlem, D.J.A. Geluk, aan de slag om Haarlem in het Holland Festival een rol te laten spelen. Naast mogelijkheden voor een openluchtspel op de Grote Markt of in de Haarlemmer Hout, werd door Jos de Klerk het idee geopperd de jarenlange orgeltraditie een vervolg te geven. Door een commissie werden de mogelijkheden onderzocht om Haarlem als orgelstad op de kaart te zetten. In eerste instantie zouden er jaarlijks improvisatieconcerten worden georganiseerd, wat later is gewijzigd in de opzet als concours. Het concours werd voor het eerst in juli 1951 georganiseerd, bestaande uit een concert door juryleden en het eigenlijke concours. De wisselprijs werd het eerste jaar door de Algemeene Vereeniging voor Bloembollencultuur beschikbaar gesteld, in later jaren door de Gemeente Haarlem en diverse orgelbouwers, te weten de firma Marcussen & Søn te Abenraa (Denemarken), de firma D.A. Flentrop te Zaandam en G.C. Klop te Garderen. Nadat de winnaars drie achtereenvolgende jaren deze wisselbeker wisten te bemachtigen, konden zij deze prijs definitief houden.

In 1964 werd besloten een stichting in het leven te roepen zodat de Stichting Internationaal Orgelconcours ontstond. Het bestuur van deze stichting bestaat uit maximaal twintig leden, die door het College van Burgemeester en Wethouders worden benoemd, waarbij als voorzitter bij voorkeur een lid van het genoemde college wordt aangewezen.