De inventarisatie van het archief werd ter hand genomen, met daarbij de veronderstelling dat het weliswaar een onvolledig archief betrof, maar dat de omvang van die onvolledigheid dusdanig was, werd pas in de loop van de inventarisatie duidelijk. Reeds in 1938 had de toenmalige directeur van het Spoorwegmuseum in Utrecht, Henri Asselberghs, auteur van het gedenkboek "Beijnes. Een eeuw van arbeid", meermalen moeten constateren dat vele stukken niet (meer) in het archief aanwezig waren. Een reden waarom hij voor de totstandkoming van het boek vooral op andere bronnen moest steunen. Gedurende de inventarisatie bleek dat er in 1983 zelf stukken waarvan Asselberghs gewag maakte, ontbraken. Doch ook over de jaren 1938-1963 bleken vele stukken spoorloos. Dit is te verklaren doordat er stukken in de loop der tijd (zoals ook voor 1938 het geval was) voor vernietiging in aanmerking kwamen, stukken anderszins verloren gingen door omstandigheden die niet meer te achterhalen zijn (oorlogsomstandigheden, verhuizing, onachtzaamheid), stukken bij de opheffing van het bedrijf zijn vernietigd, stukken bij die gelegenheid aan derden zijn geschonken en bij de opheffing stukken zijn overgedragen aan de zusterbedrijven Werkspoor Utrecht en Amsterdam, namens het moederbedrijf VMF als rechthebbenden de belangen van Beijnes behartigend, doch alwaar de stukken in het ongerede zijn geraakt.

Een blik in de inventaris zal duidelijk maken dat er inderdaad sprake is van een onvolledig archief. Zo ontbreken directieverslagen en agenda's, series ingekomen en minuten van uitgaande brieven en facturen, afgezien van enige registers van uitgaande brieven uit de periode 1880-1905. Ook van de stukken betreffende de fabricage en levering (verkoop) is slechts een fractie bewaard. Afgezien van de periodes 1872-1878, 1898-1918 en 1952-1963 zijn met betrekking hiertoe, gegevens alleen van financiële aard, te vinden in de verkoopboeken. In de rubriek fabricage en verkoop is een zie ook verwijzing aangebracht, zodat de ontbrekende, respectievelijk aanvullende gegevens kunnen worden achterhaald. Van de financiële administratie ontbreekt relatief weinig, afgezien van enige lacunes, waarbij vooral de periode van het begin van de 20ste eeuw tot 1918 en die van 1953-1963 opvallen.

Het aantal strekkende meters archief bedraagt ca. 11 meter, hetgeen voor een bedrijf dat 125 jaar heeft bestaan zeer gering genoemd kan worden. Omdat het archief zo incompleet en fragmentarisch bleek, werd besloten geen stukken daaruit te vernietigen, behalve dubbelen en kladberekeningen waarvan oorsprong en doel en daarmee het historisch belang in het geheel niet vastgesteld konden worden. Bij de aanvang werd geen enkele oude, bestaande ordening aangetroffen, afgezien van de ten dele bewaarde serie brievenboeken en series van financieel-administratieve aard, welke een lettercodering en/of nummering bezaten. Van de overige stukken werd een rubrieksgewijze indeling gemaakt, waarbij voor zover mogelijk en doenlijk van algemeen naar bijzonder is gewerkt. Een opzet die in de rubrieken en sub-rubrieken is voortgezet.