Toen in de loop van het jaar 1963 de stopzetting van het bedrijf een feit werd, heeft de leiding er zorg voor gedragen dat het archief, of wat daarvan restte, min of meer veilig werd gesteld. Omdat het bedrijf vanouds gericht was op constructies van louter technische aard (rijtuigen) en daarom belang had bij het bewaren van bescheiden die informeerden hoe bijvoorbeeld in het verleden bepaalde constructies uitgevoerd werden, kan men stellen dat er veel ontwerptekeningen en foto's van eindproducten in het archief aanwezig geweest moeten zijn. Voor andere zaken zal het, zoals uit de inventaris blijkt, weinig oog gehad hebben. Of bij de stopzetting reeds vele bescheiden zijn vernietigd, of anderszins verdwenen waren in de loop der tijd, of dat er inde laatste fase op grote schaal opruiming is gehouden, valt niet meer te achterhalen. Dat er op het laatste moment stukken vernietigd zijn, is zeker. Zo heeft het Gemeentearchief van Haarlem door bemiddeling van de heer A.M. Hulkenberg uit Lisse enige stukken verkregen, afkomstig uit een container waarvan de inhoud op last van Beijnes vernietigd moest worden.

In een memorandum houdende een verslag over de periode 1 januari 1962 - 15 juni 1963, gedateerd 1 november 1963, vermeldt de directie hoe de overdracht van de delen van het archief die naar haar oordeel bewaard dienen te blijven, ten uitvoer werd gebracht.
De Stichting Nederlands Spoorweg Museum te Utrecht ontving de tekeningen en foto's van spoor- en tramwegmaterieel uit de 19de en de eerste helft van de 20ste eeuw. Verder de bronzen plaquettes van de oprichters en de oude directeuren, het grote tegeltableau van de oude fabriek aan het Stationsplein te Haarlem en andere zaken onder voorwaarde dat in het museum een aparte ruimte ter herinnering aan Beijnes zou worden ingericht. Een volledige systematische inventaris van alle overgedragen bescheiden werd met de stukken meegegeven.
Aan de Stichting Nederlands Economisch-Historisch Archief (afgekort N.E.H.A.), destijds te Den Haag, werd het statische archief overgedragen.
Aan Werkspoor N.V. werd het semi-statisch archief over de periode 1954-1961 in gesloten kisten overgedragen. Eveneens het dynamische archief over de jaren 1962-1963, alsmede enkele oudere bescheiden, zoals ongevalsaangiften en de personeelsgegevens. Een andere specificatie van het naar Werkspoor Utrecht en Amsterdam verzonden archief is als bijlage bij inventarisnummer 25 gevoegd.
Het museum van Werkspoor Amsterdam, alsmede enkele verengingen van spoor- en tramwegbelangstellenden werden door hen gevraagde gegevens en/of duplicaten geschonken ten dienste van hun verzamelingen.

Los van het in het memorandum van Beijnes genoemde, bleek bij telefonische navraag dat:
Alpha Engineering, het bedrijf dat de in 1970 gesloten vestiging van Werkspoor Utrecht heeft voortgezet, enkele werktekeningen van Beijnes in zijn bezit heeft van tramstellen voor het GVBA, waarvan Beijnes bij de stopzetting van het bedrijf de productie heeft overgedragen aan Werkspoor;
het Gemeentearchief van Haarlem stukken bezit afkomstig van Beijnes, verkregen door bemiddeling van de heer A.M. Hulkenberg.

Het Rijksarchief in Noord-Holland was reeds in 1971 in het bezit gekomen van het archief van Beijnes. In dat jaar had het N.E.H.A. besloten zijn bedrijfsarchieven, in de loop der tijd verzameld, van de hand te doen. De opslag van de bedrijfsarchieven in het gebouw van het N.E.H.A. was verre van optimaal. Zo was de bewaring gebrekkig en schortte het aan deskundig personeel, geschikte opslagruimte en financiële middelen om doeltreffend in een goede bewaring te voorzien. Op 16 december 1971 werd het archief samen met enkele andere archieven aan het Rijksarchief aangeboden, waarop laatstgenoemde instelling op 28 december daaropvolgend de bewaring aanvaardde. Wegens plaatsgebrek werd het archief tijdelijk geplaatst in het hulpdepot te Schaarsbergen. Hierdoor kon niet aan de door het N.E.H.A. gestelde voorwaarde, dat het archief binnen 5 jaar geïnventariseerd diende te zijn, worden voldaan. Eerst met de bouw van het nieuwe Rijksarchief aan de Kleine Houtweg zou er voldoende ruimte tot stand komen om het archief een plaats te kunnen geven, zodat met de daarna onmiddellijk volgende inventarisatie, door plaatsgebrek uitgesteld, aan de betreffende bepaling is voldaan

Om het archief te completeren zijn Werkspoor N.V., Alpha Engineering en het Gemeentearchief van Haarlem benaderd om te onderzoeken in hoeverre bij hen bereidheid zou zijn om de onder hen berustende bescheiden afkomstig van Beijnes aan het rijksarchief af te staan. Zowel Alpha Engineering als het Gemeentearchief van Haarlem wensten de stukken in eigen beheer te houden en een verzoek tot Werkspoor N.V. werd ten dele gehonoreerd met stukken betreffende de afwikkeling van zaken als pensionering van directie en personeel en de afvloeiing van het personeel, voornamelijk over de jaren 1961-1963 (1969). Alle overige bescheiden zijn vernietigd, ten dele zeer recentelijk na aanvankelijke toezegging deze op te mogen halen.