Het NBI zag zich bij de uitvoering van de werkzaamheden gesteld voor enkele bijzondere moeilijkheden. In een in november 1948 door het instituut vervaardigd overzicht van de taak en werkwijze van het NBI worden deze moeilijkheden als volgt omschreven:

A. De erfenis van het MCRH, met name met betrekking tot het destijds inbeslaggenomen meubilair van politieke delinquenten. Het militair gezag heeft dit meubilair deels in opslagplaatsen ondergebracht en deels in bruikleen uitgegeven aan oorlogsslachtoffers.
Het NBI kon eerst na enkele maanden het beheer van deze opslagplaatsen en bruikleencontracten (ruim 52.000) overnemen en tot inventarisatie overgaan. In samenwerking met de Stichting Toezicht Politieke Delinquenten werd het meubilair na de oorlog geretourneerd aan de voormalige eigenaars (eerst nadat het beheer over hun vermogen was geëindigd) of op openbare verkopingen verkocht. Dat hierbij niet altijd even gelukkig werd gehandeld blijkt uit onderstaand citaat van het Tweede Kamerlid mevrouw mr Tendeloo, die hierover het volgende opmerkte:
In een rechtsstaat heeft ook de verdachte recht op bescherming van zijn persoon en goed, en zelfs de politieke verdachte. ... Zij, die ten onrechte, geen oorlogsslachtoffer zijnde, in het onrechtmatig bezit zijn van andermans auto's, Perzische kleden, antieke meubelen, tafelzilver en kostbaarheden, zullen moeten worden gedwongen deze af te geven, en ik ben bang dat men dezulken vinden zal van hoog tot laag. Degenen, aan wie meubilair ontnomen is, zullen zoveel mogelijk weer in het bezit daarvan moeten worden gesteld en de oorlogsslachtoffers zullen op kosten van het NBI in het bezit van nieuwe meubelen moeten worden gesteld. Het is toch al te dwaas, dat momenteel uit de kampen terugkerende politieke delinquenten, wier huisraad aan anderen is weggegeven, verkocht of verhuurd, thans nieuwe huisraad krijgen, waarvan de gemeenten via Armenzorg 75 procent betalen.

B. Het NBI zou in vele gevallen niet of pas te laat door de Procureurs-fiscaal, tribunalen en bijzondere gerechtshoven op de hoogte zijn gesteld van door hen genomen beslissingen met betrekking tot opheffing van beheren.

C. Het heeft - aldus het NBI - te lang geduurd eer de wet op het vaststellen van overlijden (hoofdzakelijk van in Duitsland omgekomen Joodse landgenoten) in het Staatsblad verscheen.
Weliswaar werd incidenteel door de Arrondissementsrechtbanken en gerechtshoven, op grond van verklaringen van het Rode Kruis, toestemming gegeven tot het inschrijven van overlijden, maar van dit unieke verschijnsel (namelijk geheel tegen de leer van de Hoge Raad) werd lang niet door alle belanghebbenden (erfgenamen, bewindvoerders) gebruik gemaakt. Zolang deze inschrijving nog niet had plaatsgevonden, kon van beëindiging van het beheer geen sprake zijn.

D. Eerst geruime tijd na de oorlog konden voor sommige omvangrijke vermogensbeheren de nodige administratieve gegevens verkregen worden.

E. Het NBI moest ook medewerking verlenen aan het beoordelen van bij de Raad voor het Rechtsherstel binnengekomen verzoeken om rechtsherstel (veelal verzoeken tot ontvijanding). Het moest hierbij het midden zoeken tussen de belangen van de onder beheer gestelde vermogens en de eisen van redelijkheid en rechtvaardigheid. Talloze diepgaande onderzoeken vroegen van het NBI veel kostbare tijd. Daar kwam bovendien nog bij dat men moest uitzoeken of in een voorliggend geval een reëel rechtsherstel wordt verzocht, dan wel een profiteur of chicaneur aan het woord is.

F. Ook de algemene eis tot bezuiniging heeft op de dagelijkse gang van zaken bij het NBI haar stempel gedrukt.
Het oorspronkelijk aantal buiten-kantoren (64) werd na enige tijd met ruim tweederde teruggebracht naar 20.
Door een strakke centrale organisatie slaagde het NBI er evenwel in de afwikkeling van beheren over vermogens te blijven effectueren.