Prosper (Antoine Ferdinand Gaspar Prosper) Cuypers werd op 6 februari 1803 te 's-Gravenhage geboren, als zoon van Petrus Josephus Cuypers en Maria Theresia Elisabeth van Mattemburgh. Zijn vader was respectievelijk drossaard van het Oost-kwartier van het markiezaat van Bergen op Zoom, burgemeester van Oudenbosch, lid van het Vertegenwoordigend Lichaam der Bataafsche Republiek, staatsraad onder Lodewijk Napoleon en lid van de Staten van Brabant, lid der tweede kamer en burgemeester van Bergen op Zoom onder koning Willem I. * 
Prosper Cuypers huwde te Eindhoven op 30 augustus 1830 met Anna Maria Carolina van Velthoven, wier naam hij later aan de zijne toevoegde. Uit dit huwelijk werden zeven kinderen geboren. Hij overleed te Brussel op 5 december 1882 en werd te Etterbeek begraven.

Een vaste functie heeft Cuypers nooit vervuld. Hij is slechts een korte periode werkzaam geweest als belastingambtenaar. Bij K.B. van 26 december 1826 was hij benoemd tot surnumerair bij de direkte belastingen in de provincie Noord-Brabant. In 1831 nam hij de kantoren van Valkenswaard en Bergeyk waar. *  Wel was hij lid van talloze binnen- en buitenlandse verenigingen op oudheidkundig gebied o.a. in België, Duitsland, Denemarken en Frankrijk. * 
Ook op maatschappelijk gebied was Cuypers actief. Hij was stichter en geruime tijd ondervoorzitter van de Nederlandsche Vereeniging van Weldadigheid te Brussel. * 

Cuypers woonde aanvankelijk te Ginneken bij Breda, waar hij later in het kerkdorp Ulvenhout het nog bestaande Anneville liet bouwen. Hij woonde echter meestal te Brussel en was daar vaste bezoeker van het Algemeen Rijksarchief.
Onafhankelijk door zijn goede financiële positie, was hij in staat al zijn tijd te besteden aan de geschiedenisstudie. Met waarschijnlijk de bedoeling een standaardwerk over de geschiedenis van Brabant te schrijven en wel hoofdzakelijk de geschiedenis van Noord-Brabant, had hij in de loop der jaren een groot aantal archivalia en afschriften van archivalia bij elkaar weten te brengen. Tot zo'n werk is het echter niet gekomen; wel zijn er enkele geschriften van zijn hand verschenen, hoofdzakelijk over munten en penningen, o.a. 'Notice historique sur les monnaies obsidionales frappees a Breda pendant le siège de 1577, Brussel 1849'.

Voor zijn 'Documents pour servir à l'histoire des troubles religieux du XVIme siècle dans le Brabant septentrional (1566-1570); Bois-leDuc, I, Brussel 1858' verleende het gemeentebestuur van 's-Hertogenbosch hem op 29 oktober 1858 de zilveren stedelijke medaille. *  Door zijn goede relaties, met name met Bakhuizen van den Brink, welke hij financiële bijstand verleende en door wie hij op zijn beurt geholpen werd met navorsingen op geschiedkundig gebied, *  wist hij toegang te krijgen tot de archieven in Nederland en België.