Reeds werd melding gemaakt van de schade, die gedurende de Staatse overheersing van Gemert aan het archief van de kommanderij van Gemert is toegebracht. Het is aan geen twijfel onderhevig, dat er toen charters en delen van dit archief verloren zijn gegaan, want juist van de middeleeuwse goederenadministratie treffen we in het huidige archiefbestand geen restanten meer aan. Dat er zulk een goederenadministratie geweest moet zijn, kan worden afgeleid uit de gang van zaken bij andere kommanderijen van de balije Oudenbiezen. Het oudste pacht- en cijnsregister uit het archief van de kommanderij Bernissem dateert van 1240. *  In de tweede helft van de 13e eeuw is er, aldus Paquay, een geregelde administratie in de kommanderij van de Biezen te onderkennen. *  Sedert het midden van de 14e eeuw mag ook te Gemert het bestaan van een administratie worden verondersteld, alhoewel geen cartularia of pacht- en cijnsregisters resteren en de uiterlijke kenmerken van de Gemertse charters nauwelijks sporen daarvan bloot geven.

Veel stukken van het onderhavige archiefbestand hebben zich bovendien nooit te Gemert bevonden. Ze zijn gevormd in de kanselarij van de balije Oudenbiezen, die zich waarschijnlijk reeds in de 16e of 17e eeuw, maar zeker in de 18e eeuw in Nieuwebiezen, het ordeshuis in Maastricht, bevond. *  Welk gedeelte van dit archief te Gemert is gevormd en derhalve in strikte zin tot het archief van de kommanderij van Gemert behoort, is moeilijk exact aan te geven. Voor het oudste deel van dit archief, tot in de 16e eeuw, is dit aantoonbaar. Problematisch is het 17e en 18e eeuwse gedeelte van het archief. Het is mogelijk dat in de loop van de 18e eeuw reeds een deel van het archiefmateriaal, dat zich te Gemert bevond, naar de balijekanselarij te Maastricht is overgebracht. In 1794 werd de rest naar Maastricht overgebracht, maar het is ook mogelijk, dat dit reeds eerder gebeurde.

In 1794 werd, bij de komst van de Fransen, een groot gedeelte van de in Maastricht aanwezige archiefstukken door de balijesecretaris en ordes-priester Conrad Joseph Bachem meegenomen naar Duitsland. Het achtergebleven deel werd door de Fransen in beslag genomen en door de préposés au triage des titres verwerkt. Het werd deels als oud papier verkocht. Restanten hiervan zijn eerst in het provinciaal en later in het Rijksarchief in Limburg terecht gekomen. Dit restant bestond, volgens Paquay, *  uit 36 charters, 49 bundels en 404 registers.

In verband met deze inventaris is het niet zonder belang de lotgevallen te verhalen van het deel van het archief van de balije Oudenbiezen, dat door Bachem naar Duitsland werd overgebracht. Van Munster kwam het, via Bremen, tenslotte in 1805 in het ordeshuis te Sachsenhausen terecht. Vandaar ging in 1854 weer een deel van het archief naar het centrale archiefdepot van de Duitse Orde te Mergentheim. Na de nodige verwikkelingen werd tenslotte het grootste deel van het archief van de balije Oudenbiezen gedeponeerd in het Staatsarchief in Düsseldorf van waaruit het fonds in 1926 aan de Rijksarchivaris in Limburg werd overgedragen. Het fonds bestond toen volgens Paquay uit 2598 charters en 295 registers en bundels. Ook de archieven van de kommanderijen Gemert en Vught maakten deel uit van dit fonds, want naar de mededeling van Paquay behoorden van 2598 charters er 582 charters tot het archief van de kommanderij Gemert en 103 charters tot het archief van de kommanderij Vught, in totaal dus 685 charters.

Bij de grote ruil van archieven tussen België en Nederland in 1953 zijn door de rijksarchivaris in Limburg de archieven van de kommanderijen der Duitse Orde, die op het tegenwoordige Belgische en Nederlandse grondgebied gevestigd waren geweest, aan het Rijksarchief te Hasselt overgedragen, met uitzondering echter van de stukken betrekking hebbende op Gemert en Vught, alsmede op andere plaatsen in het huidige Noord-Brabant. Deze laatste overdracht heeft de geur van het pertinentiebeginsel. Inmiddels heeft een werkgroep onder leiding van J. Grauwels, conservator van het Rijksarchief in Hasselt, een regestenlijst van oorkonden, afkomstig van de archieven van de balije Oudenbiezen en in het huidige België gelegen kommanderijen, vervaardigd en gepubliceerd. *  Het ware beter geweest, wanneer het gehele fonds Oudenbiezen vóór de feitelijke overdracht was beschreven. Een zuiverder bepaling van de herkomst van "de Gemertse stukken" was dan mogelijk geweest.

In 1953 werden ook door de Algemene Rijksarchivaris in Brussel stukken betreffende Gemert overgedragen aan de Rijksarchivaris in Noord-Brabant. Hoe deze in het Algemeen Rijksarchief te Brussel zijn terecht gekomen, is niet geheel duidelijk. Wellicht is een aanwijzing te vinden in hetgeen J. Grauwels in zijn inleiding op de regestenlijst van oorkonden van de landkommanderij Oudenbiezen opmerkt. In 1908 werd een deel van het archief, dat zich te Mergentheim bevond, uit Stuttgart naar het Staatsarchief in Düsseldorf gezonden. De Algemene Rijksarchivaris Dr. E. Sabbe wist in 1947 te bereiken, dat daaruit 87 charters naar Hasselt en een aantal Kopialbücher naar het Algemeen Rijksarchief in Brussel werden overgebracht. Mogelijk hebben de stukken, die in 1953 van Brussel naar 's-Hertogenbosch werden gezonden hier ook bij gezeten, alhoewel Grauwels alleen over charters en Kopialbücher spreekt.

Vóór 1953 was het Rijksarchief in Noord-Brabant alreeds in bezit gekomen van stukken (charters, losse stukken, delen) betreffende Gemert en Vught. De losse stukken hadden merendeels betrekking op het proces tussen de Duitse Orde en de Staten-Generaal over de soevereiniteit van Gemert. Deze verzameling werd door M.A. van der Wijst in 1959 geïnventariseerd. Tenslotte werden in 1974 nog oorkonden door de Rijksarchivaris van Limburg nagezonden; men mag hierin niet meer zien dan een aanvulling op hetgeen reeds in 1953 werd overgedragen. De oorkonden hadden voornamelijk betrekking op Vught, maar gelukkig behoorde ook het origineel van de voor Gemert zo belangrijke oorkonde van 25 maart 1271 ertoe. Het archief van de kommanderij van de Duitse Orde te Vught werd in 1976 geïnventariseerd door Drs. A. Kappelhof.

Om echter een duidelijker beeld te geven van de samenstelling van het fonds "Gemert", moge hier een globaal overzicht van de aanwinsten volgen:

A. Het "archief" van de kommanderij te Gemert, 1288 - 1787.
ca. 600 charters, ca. 40 pakken en delen.
N.B. In 1953 verkregen van de Rijksarchivaris in Limburg (Aanw. RANB 1953: III), tevoren afkomstig uit het Staatsarchief te Düsseldorf. Van dit archiefbestand is eep beknopt, in Düsseldorf vervaardigd repertorium in handschrift aanwezig.

B. Stukken behorende tot het archief van de kommanderij te Gemert, 1404 - 1794.
13 charters, 22 delen, 4 pakken en 5 omslagen.
N.B. In 1953 verkregen van de Alg. Rijksarchivaris te Brussel (Aanw. RANB 1953: XVIII nr. 4). De stukken zijn gevoegd achter I-A en in het Repertorium beschreven onder de nrs. 295 - 307 en onder B. nrs. 196 - 230.

C. Stukken, behorende tot het archief van de kommanderij te Gemert en betrekking hebbend op de kerken te Gemert, Bakel, Deurne en Nistelrode.
45 charters.
N.B. Aanw. RANB 1884 nr. 5. Deze charters zijn groepsgewijs door mej. drs. E. Korvezee als "C" achterin de inventaris van Van der Wijst (zie onder D) gevoegd, met daaraan voorafgaand als "B" twee losse charters.

D. Het "Archief van de kommanderij van Gemert" (ook wel "Heerlijkheidsarchief" genoemd)
1 charter, 38 omslagen, 1 lias, 127 losse stukken.
N.B. Geïnventariseerd door M.A. van der Wijst in 1959 (inventaris in handschrift; 155 nummers).

E. Diverse charters nagezonden door de Rijksarchivaris in Limburg (Aanw. RANB 1974, nr. XXXVII).
9 charters