Reeds in het jaar 1603 liet men door de Haagse notaris P. van Groenewegen een uitgebreid cartularium vervaardigen, terwijl hiernaast de rentmeester der grondheerlijkheid Willem van der Duyn Joostzoon het archief inventariseerde, en bovendien de door hem geredigeerde beschrijvingen -samen met verwijzingstekens- in dorso van de betreffende stukken plaatste. Dit inventarisje *  leert ons de indeling van het archief in het begin van de 17e eeuw: er was één serie, nl. die der rekeningen, en voor het overige beperkte Van der Duyn zich tot de grote en belangrijke stukken, die hij ieder een eigen kenteken gaf. Hiernaast noemt Van der Duyn enkele landkaarten, terwijl hij tot slot enige "bundelkens" vermeldt. Ook uit de volgende jaren hebben wij enkele lijsten die het opschrift "Inventaris" dragen *  . Toch leren wij hieruit niets omtrent de indeling van het grondheerlijkheidsarchief; de betreffende lijsten blijken nl. niets méér te bevatten dan een opgave van zekere bescheiden, bij bepaalde gelegenheden overgedragen. Uit de overgeleverde stukken zelf echter blijkt dat men in de 17e eeuw hoe langer hoe meer, naast het vormen van series, zoals b.v. van rekeningen en van resolutiën, tot het onderbrengen van stukken in rubriekjes overging, waar de bescheiden, die door Van der Duyn nog individueel beschreven waren, bijgevoegd werden *  .

Naar uit het archief blijkt heeft men in deze jaren bijzondere zorg gedragen voor het behoud van de stukken. Zowel in de 17e als in de 18e eeuw zien wij het nl. één of tweemaal gebeuren dat een ijverig rentmeester van alle stukken die hem belangrijk toeschenen afschriften vervaardigde. In de 17e eeuw geschiedde dit waarschijnlijk om in geval van verlies van het origineel een copie te hebben *  , terwijl men in de 18e eeuw op deze wijze wellicht paleografische moeilijkheden wilde ontgaan. In ieder geval heeft deze handelwijze het gunstig resultaat gehad dat wij van bepaalde stukken, die in originali verloren zijn gegaan, thans nog afschriften *  bezitten, al hebben deze anonyme bescheiden, waarbij men de schrijver uitsluitend aan zijn handschrift herkennen kan, natuurlijk niet de juridische waarde van een authentieke copie *  .

Onder dergelijke copieën moet ook het afschrift *  gerekend worden dat meergenoemde C. Westduel ca. 1738 van het cartularium van Van Groenewegen vervaardigde, en waarbij hij Van Groenewegens transsumpten deed voorafgaan door een aantal afschriften van stukken, betrekking hebbend op de polder Meester Arend van der Woudensland *  .

Eerst Van Peski, de laatste rentmeester, heeft getracht het archief van de grondheerlijkheid een systematische indeling te geven, zoals uit de in zijn hand geschreven nummers, die op vele stukken voorkomen, duidelijk blijkt *  . Het valt niet na te gaan of Van Peski zich er toe beperkte om met zijn nummering de door zijn voorgangers aangenomen orde vast te leggen, of dat hij -zoals gevreesd moet worden- zelf een nieuwe volgorde creëerde, maar duidelijk is dat zijn ordening naar moderne archivistische opvattingen niet juist was. Uit de verschillende dossiers (of bundels) werden de redactioneel gelijke stukken gelicht (zo b.v. de missiven, afkomstig van de grafelijkheidsrekenkamer) en tot series bijeengebracht, terwijl de betreffende dossiers verminkt achter bleven. Iets dergelijks geschiedde eveneens met de charters, ook in dit geval werden dossiers en bundels verminkt, en de uitgeschifte stukken met andere charters samengevoegd. Dat het juist begrip omtrent het nut van de oude bundels, die bepaalde rubriekjes omvatten *  , verloren was gegaan, kan samenhangen met de veranderende registratuur van de grondheerlijkheid. Sinds 1810 werden er nl. geen bundels meer samengesteld, maar vormde men het archief uit een serie notulen met bijlagen.

In de 2e helft van de 19e eeuw kwam, zoals boven uiteengezet is, het grondheerlijkheidsarchief bij stukjes en beetjes terecht in het Rotterdams gemeentearchief, waar het door J.W. de Bruyn op n.b. ongenummerde fiches gecatalogiseerd werd *  . Overeenkomstig de toenmalige opvattingen nam hij alle dossiers en bundels uit elkaar, en gaf hij van ieder stuk een aparte beschrijving. Wat er nog aan oude orde in het archief aangetroffen werd zal daarmede wel verloren zijn gegaan, want uit niets blijkt dat De Bruyn het geheel weer tot bepaalde hoofdafdelingen heeft samengevoegd. Integendeel, zijn catalogus raakte al spoedig verloren *  , en kwam eerst in 1962 weer aan het licht * 

In 1901 werd een nieuwe inventarisatiepoging gedaan *  . Het was Mr. A. S. de Blécourt *  die dit werk onder handen nam, zonder het evenwel te voltooien. Zulks leert ons een anonyme inventaris uit het jaar 1908, die, door b.v. de stereotiepe verschrijvingen van bepaalde eigennamen, verraadt niet naar de originele stukken, maar naar in één hand gestelde fiches of aantekeningen gemaakt te zijn. Uit het feit dat in deze anonyme inventaris enkele malen vermeld wordt dat Mr. De Blécourt met dit archief aan het werk is geweest *  , mag men afleiden dat het zijn aantekeningen waren waarnaar de samensteller heeft gewerkt.

De voornaamste verdiensten van de anonyme inventaris liggen in de twee inleidingen die een duidelijk historisch overzicht bieden, benevens in het feit dat men een gedeelte van de bij het archief behorende kaarten terug gevonden en beschreven heeft. Hiernaast valt echter op te merken dat men in het archief een op vrijwel niets berustende caesuur voor het jaar 1797 aangenomen heeft. Weliswaar verloren de grondheren in dit jaar hun waterschapsrechten, maar dit toont zich in hun administratie alleen in het beëindigen van de splitsing der serien resolutiën van resp. dijkgraaf en hoogheemraden en van grondheren. De anonyme inventarisator bouwde echter zijn hele werk op dit verdelingsbeginsel, en kwam zodoende tot b.v. twee series van rekeningen, de eerste van 1794-1796 (anon. inv. no. 27), de tweede van 1797-1887 (anon. inv. nos. 46-49), zodat nu een in feite doorlopende serie plotseling door achttien nummers onderbroken werd *  .

Dit zelfde geldt voor de serie van resolutiën en notulen van de grondheren over de jaren 1647-1840, waarin eveneens een niet te verdedigen splitsing werd aangebracht. Een ander bezwaar tegen de anonyme inventaris is dat de nieuwvormingen van de hand van Van Peski -wat ongetwijfeld juist was- werden uiteengenomen, en de stukken voor zover mogelijk terug werden gebracht naar de rubrieken waaruit zij afkomstig waren, maar dat men deze handelswijze niet consequent heeft doorgevoerd, zodat de oude rubrieken niet zoveel als wel mogelijk was gecompleteerd werden. Vervolgens moet tegen de anonyme inventarisatie aangevoerd worden dat zij vele slordigheden vertoont, zowel waar het de omschrijving der stukken betreft, als vooral ook op het gebied van de datering. Tenslotte kan de anonyme inventarisator verweten worden dat hij zich ten aanzien van het terugbrengen van afgedwaalde kaarten niet voldoende, en ten aanzien van naar andere archieven verdwenen grondheerlijkheidsbescheiden zich in het geheel geen moeite getroost schijnt te hebben.