In de eerste helft van de negentiende eeuw ontstonden er conflicten in de Nederlandse Hervormde Kerk. Deze Kerk beoogde de kerk voor alle Nederlanders te zijn en zwakte daarom dogmatische verschillen zoveel mogelijk af. Dit stuitte op verzet van orthodox calvinistische zijde, waar men deze geloofsopvatting te vrijblijvend vond. Men wenste vast te houden aan de ten tijde van de Nederlandse Opstand geformuleerde geloofsbeginselen. Daarom scheidden zich in 1834 een groot aantal kerkelijke gemeenten af van de Nederlands Hervormde Kerk. Ook in Steenwijk had de Afscheiding een nieuwe gemeente tot gevolg. Deze gemeente zou vanaf 1869 de naam Christelijke Gereformeerde Kerk dragen.
In 1886 brak nog een groep met de Nederlands Hervormde Gemeente, die bekend zou worden als de Doleantie. Deze groep werd ook wel Kerk B genoemd, ter onderscheiding van de Christelijke Gereformeerde Kerk ofwel Kerk A. Er wordt meteen in het hele land gespeculeerd over een mogelijke fusie tussen Kerk A en Kerk B. Deze fusie vond plaats in 1892. De synodale beslissing hiertoe stuitte op verzet onder een deel van de leden van de Christelijke Gereformeerde Kerk. In Steenwijk leidde dit in april 1893 tot enkele vergaderingen bij broeder E. Last thuis. 63 Mannen en vrouwen besloten dat zij geen deel uit wilden maken van de fusie en zetten de Christelijke Gereformeerde Kerk in Steenwijk voort.
De eerste jaren had de gemeente geen succes met het beroepen van een predikant. Het gemeenschapsleven stond echter niet stil. Zo werden verschillende jeugdverenigingen die hun oorsprong onder de Christelijke Gereformeerde Kerk hadden (deels) voortgezet, werd er een zondagsschool gesticht en er werd de kerk Eben-Haezer gebouwd aan de Oostwijkstraat. In 1898 deed ds. Sluiter als eerste predikant zijn intrede. Er zouden nog verscheidene periodes voorkomen waarin de gemeente geen geestelijk herder had.

Het verenigingsleven nam een grote plaats in het kerkelijk leven in. Het archief weerspiegelt dit, hoewel niet elke vereniging even veel aan bod komt. Verder ging er veel aandacht, tijd en geld naar bouw- en moderniseringsprojecten. Op verschillende momenten werd contact gelegd met de Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt, met wisselend succes. In de jaren 1970 leidde dit tot gezamenlijke kerkdiensten op bepaalde feestdagen.