Zoals gebruikelijk bestaat de inventaris van het archief van de gemeente Wanneperveen uit stukken van algemene aard en stukken betreffende afzonderlijke onderwerpen. Onder de stukken van algemene aard zijn alle stukken gerangschikt die op meer dan één van de afzonderlijke onderwerpen betrekking hebben, zoals de notulen en de gemeenteverslagen. Onder het hoofdstuk "stukken betreffende afzonderlijke onderwerpen" vindt men de archivalia die buiten de algemene categorieën vallen. Ook het archief van de Gemeentelijk Elektriciteitsbedrijf is volgens deze hoofdindeling geordend. De archieven van het Crisiscomité B en de Vereniging Het Schultehuis bevatten echter veel minder documenten. De onderverdeling ervan volgt weliswaar hetzelfde schema, maar dit is niet meer met titels aangegeven.

Het archief van de gemeente Wanneperveen wijkt enigszins af van wat gebruikelijk is in de negentiende eeuwse archieven. Weliswaar is er een reeks ingekomen stukken, maar deze bevat niet (vrijwel) alle ingekomen stukken: de meeste zijn aan het begin van de twintigste eeuw herordend naar onderwerpen. *  Dit systeem heeft men volgehouden tot het jaar 1915. Vanaf dat jaar is er weer een reguliere reeks ingekomen stukken. Onder de ingekomen stukken werden ook de Gedeputeerde Staten van Overijssel goedgekeurde verordeningen, jaarverslagen van de Commissie tot wering van het schoolverzuim en dergelijke opgeborgen. In de periode 1915-1918 is een rubriekenstelsel toegepast voor de ordening van de reeks, maar daarna werden de stukken weer op volgorde van inschrijving in de agenda geordend. *  De toegang op deze reeksen wordt gevormd door de agenda's van ingekomen stukken. Deze agenda's van ingekomen stukken nummeren per deel. Elk deel, ongeacht of het per 1 januari of later in het jaar start, begint met nummer 1 en de nummering loopt door tot de laatste inschrijving. Ook uitgaande brieven als reactie op een ingekomen stuk zijn vermeld. Het deel 1860-1867 begint per 30 mei 1864 opnieuw met nummer 1. Het deel 1867-1876 begint op 10 augustus 1870 opnieuw te nummeren. Vanaf 1877 werden de ingekomen stukken per jaar genummerd.

Uitgaande stukken werden afgeschreven (gekopieerd) in registers. Uiteraard heeft men die niet kunnen onderverdelen naar onderwerpen. In deze reeks vindt men dus de andere helft van de correspondentie van de gemeente. In de jaren 1861-1871 kende men echter wel rubrieken toe aan de stukken. * 

Een kort overzicht van de belangrijkste onderwerpen die de gemeenteraad in behandeling had is veelal te vinden in het Gemeenteverslag.

Een enkele keer staat onder de omschrijving de opmerking "plaatsingsnummer', met een volgnummer. Dit heeft betrekking op stukken, die in verband met hun formaat niet in de normale archiefdozen passen. Zij zijn, horizontaal geborgen, geplaatst achter de reeks archiefdozen.

De indices op persoonsnamen en op zaken verwijzen naar het inventarisnummer. Zij zijn ook beperkt tot de eigenlijke inventaris. De inleiding, naamlijsten en dergelijke zijn niet geïndiceerd.

Men dient er bij het raadplegen van deze inventaris rekening meer te houden dat de registers van de burgerlijke stand en de bevolkingsregisters niet zijn opgenomen. Deze zijn afzonderlijk in de archiefbewaarplaats opgesteld, samen met die van de overige voormalige gemeenten, die nu de gemeente Brederwiede vormen.