Vanaf 1430 bestond het bestuur van de Krimpenerwaard uit een dijkgraaf en zeven (later zes) hoogheemraden. Zij hadden een klerk, een bode en schutters tot hun beschikking. De laatsten moesten zorg dragen voor het op de dijken loslopend vee. * 

De dijkgraaf werd door het grafelijk gezag benoemd. Hij was geen voorzitter van het college van hoogheemraden maar vorderde recht bij de schouw. Hij stelde aan het college de strafmaatregel tegen de nalatige onderhoudsplichtige voor waarna de hoogheemraden vonnis wezen. De inkomsten van de dijkgraaf bestonden uit de door hem geïnde boetes, wat het dijkgraafschap tot een inkomstenbron maakte: het ambt moest van de graaf gepacht worden en was voor het grafelijk gezag dus op zijn beurt een inkomstenbron. De dijkgraven werden gerekruteerd uit adel of hoge ambtenaren van het grafelijk hof, en het ambt ging vaak over van vader op zoon, of bleef lange tijd binnen een bepaalde familie. De dijkgraaf moest verplicht bezittingen hebben ('gegoed zijn') in de waard, dit, om zijn betrokkenheid bij de veiligheid van de waard veilig te stellen. *  Na het wegvallen van het grafelijk gezag tijdens de Opstand kwam het benoemingsrecht van de dijkgraaf in de Republiek aan het bestuur van het gewest Holland: de stadhouder of de Staten (in de stadhouderloze tijdperken). De steden Dordrecht, Gouda en Schoonhoven kregen een nog steviger vinger in de pap in het bestuur omdat de dijkgraaf voortaan zou worden benoemd op aanbeveling van de steden.

Behalve gegoed moest de dijkgraaf nu ook binnen de Krimpenerwaard wonen, of in Gouda of Schoonhoven. Meestal was de dijkgraaf dan ook afkomstig uit de Goudse regentenstand. * 

De zes hoogheemraden werden aangewezen door de stadsbesturen van de genoemde drie steden. Door middel van gedeputeerden oefenden de steden ook toezicht op het Hoogheemraadschap uit, min of meer namens de Staten van Holland. Zij controleerden onder andere het financieel beheer van Dijkgraaf en Hoogheemraden en na 1762 kwam aan hen de uiteindelijke beslissing of kostbare werken als een dijkverzwaring uitgevoerd moesten worden. Ook bereidden zij de reglementen voor, die formeel door de Staten van Holland werden uitgevaardigd. Tenslotte moest een nieuwe dijkgraaf in hun handen de eed afleggen. * 

Behalve de graaf en de drie steden kregen ook de ambachten (dorpen) via de Kavels veel invloed op het bestuur. Groepen van ambachten kozen een vertegenwoordiger (Kavel), die ervoor zorg droegen dat goed met de geldelijke middelen werd omgegaan en de rechten van de ambachten niet door het Hoogheemraadschap werden geschonden. Tevens zorgden de Kavels voor de uitvoering van de werkzaamheden van het buitengewoon dijkonderhoud. Er waren vier Kavels. * 

In het herziene reglement van 1762, opgesteld naar aanleiding van de overstromingen van 1760, werd in het belang van het dijkbeheer de macht van het college van hoogheemraden en de dijkgraaf ten opzichte van de ambachten vergroot. Dit geschiedde onder druk van het Hollandse landsbestuur, wiens invloed binnen het waterstaatsbestuur steeds meer toenam. Wanneer de veiligheid van het land bedreigd werd, werd er krachtig ingegrepen. In die jaren verplichtte het landsbestuur de Krimpenerwaard ook om de dijken van de waard volgens bepaalde normen te versterken. * 

Tevens werden in het reglement van 1762 bepalingen opgenomen ten aanzien van de secretaris en de penningmeester. De secretaris moest door de drie steden en de dijkgraaf worden aangesteld, terwijl de penningmeester door de ambachten zou worden benoemd. * 

Na de eenwording van Nederland na 1795 werden de dijkgraven benoemd door de koning, wat voor het eerst werd vastgelegd in 1808 door koning Lodewijk Napoleon. De directeur-generaal van de Waterstaat zou, op advies van het hoogheemraadschap een lijst van drie of meer personen opstellen en deze aan de koning voorleggen, die zijn keuze zou maken. Willem I legde in 1822 nogmaals vast dat dijkgraven door de koning benoemd moesten worden. * 

Door de hervorming van het staatsbestel na 1795, met name door de invoering van de scheiding tussen wetgevende, rechtssprekende en uitvoerende macht, kon steeds moeilijker de hand gehouden worden aan het reglement van 1762, dat na 1795 formeel van kracht was gebleven. Het hoogheemraadschap kon niet meer zelf keuren uitvaardigen waarin bepaald werd hoe de dijken moesten worden onderhouden en niet meer zelfstandig rechtspreken tijdens de schouw. In de eerste helft van de negentiende eeuw werden wel een soort noodwetten uitgevaardigd om de waterschappen wat betreft keur en schouw te laten functioneren.

Voor Dijkgraaf en Hoogheemraden betekende dit dat nadruk meer kwam te liggen op dijkbeheer door uitvoering van verbeteringswerken aan de dijken, dan op onderhoud door keur en schouw. * 

Met de uitvaardiging van de grondwet van 1848 kon definitief begonnen worden met de modernisering van het waterschapsbestel. In de grondwet was gesteld dat waterschappen overheidslichamen waren die onder toezicht stonden van de provincies. De provincies kregen de opdracht om reglementen voor de waterschappen binnen hun grenzen op te stellen.

In 1855 kwam het nieuwe reglement gereed. Het algemeen bestuur werd opgedragen aan de Verenigde Vergadering, bestaande uit dijkgraaf, zes hoogheemraden, twaalf hoofdingelanden en twaalf hoofdingelanden-plaatsvervangers. De Dijkgraaf en Hoogheemraden werden voor zes jaar door de Koning benoemd, op voordracht van de vergadering van hoofdingelanden, bestaande uit de hoofdingelanden en de hoofdingelanden-plaatsvervangers. Dijkgraaf en Hoogheemraden werden gekozen uit de hoofdingelanden. De hoofdingelanden en plaatsvervangers werden eveneens voor zes jaar gekozen door de stemgerechtigde ingelanden en wel vier hoofdingelanden en -plaatvervangers voor elk van de drie districten waarin het hoogheemraadschap was verdeeld. Alle burgers die waterschapslasten betaalden, dat wil zeggen de bezitters van grond, kregen stemrecht.

Dijkgraaf en Hoogheemraden vormden een college dat belast was met het dagelijks bestuur, dat werd bijgestaan door een secretaris-penningmeester, een fabriek-landmeter (hoofdtechnische dienst) en andere beambten en bedienden. De zetel van het bestuur was Stolwijk. * 

Het toezicht dat voorheen bij de drie steden Gouda, Schoonhoven en Dordrecht had gelegen, kwam nu in handen van de Staten van Holland en het dagelijks bestuur van de Staten, de Gedeputeerde Staten. De provincie werd daarmee het hoogste gezagsorgaan op het gebied van de waterstaat.

De provincie diende zorg te dragen voor de reglementering van het waterschap en het opstellen van de keur, een verordening waarin ter bescherming en onderhoud van waterstaatswerken verplichtingen en verboden zijn opgenomen, waaraan alle bewoners van het beheersgebied zich moeten houden. Ook hield de provincie toezicht op de uitvoering van de taken en de financiën van het Hoogheemraadschap. Zij had het toezicht op de waterschappen, en stelde de reglementen vast, hield toezicht op de waterstaatwerken die door de waterschappen onderhouden werden en kon bepalingen opvoeren over de hoogte en sterkte van dijken. De staten konden subsidie verlenen, hadden het gezag over de grote rivieren en voerden steeds meer werken in eigen beheer uit, met name kustverdediging en werken in de rivieren. * 

De dijk werd van oudsher in natura door de grondbezitters onderhouden. Bezitters van een bepaald perceel hadden een hoefslag in de dijk, oftewel een stukje dijk dat bij dat perceel hoorde en door de eigenaar ervan onderhouden diende te worden. Meerdere malen per jaar werd door Dijkgraaf en Hoogheemraden tijdens de schouw gecontroleerd of een hoefslag goed onderhouden was. Op bepaalde dagen van het jaar hielden Dijkgraaf en Hoogheemraden zitting als rechtssprekend college om nalatige onderhoudsplichtigen te berechten. Het onderhoud moest geschieden naar bepalingen die waren vastgelegd in de keur, opgesteld door Dijkgraaf en Hoogheemraden. Herstel na een doorbraak geschiedde op kosten van alle grondbezitters in de Krimpenerwaard. De bestuurskosten werden door alle ingelanden gedragen in de vorm van het dijkgeld.

Ook grondbezitters van de binnenwaarts gelegen ambachten hadden hoefslagen in de rivierdijk van een aan de IJssel of Lek liggende ambachten. * 

Na 1855 was het hoogheemraadschap een vertegenwoordigend lichaam geworden van de belanghebbenden binnen zijn dijken, die als hoofdingelanden zitting hadden in het algemeen bestuur. Ook dienden de belanghebbenden financieel bij te dragen aan de bekostiging van de taken van het waterschap. De bestuurders werden gekozen werden door de betalende ingelanden uit de drie districten Ammerstol, Bergambacht, Haastrecht, Schoonhoven en Vlist (1); Berkenwoude, Gouderak en Stolwijk (2) en Krimpen aan de Lek, Krimpen aan den IJssel (behalve Stormpolder), Lekkerkerk en Ouderkerk aan den IJssel (3). *  In de twintigste eeuw zette deze democratisering zich nog voort. Van oudsher werden onder de belanghebbenden alleen de eigenaars van agrarische gronden beschouwd (het 'ongebouwd'). Sinds 1954 werden ook de eigenaars van gebouwen (opstallen) gezien als belanghebbenden bij een goede dijkzorg (het 'gebouwd'). Er werd een vierde district voor het gebouwd toegevoegd, waarvoor de gemeentebesturen in de Krimpenerwaard zeven hoofdingelanden en -plaatsvervangers zouden benoemen. Het aantal hoofdingelanden werd van 12 naar 19 uitgebreid. De vergadering van hoofdingelanden werd in dat jaar tevens bestuursorgaan. Deze wijziging was een rechtstreeks gevolg van de watersnoodramp van 1953; de noodzakelijke verhoging van een groot deel van de dijken van de Krimpenerwaard stelde het hoogheemraadschap voor hoge lasten; deze konden nu ook omgeslagen worden over gebouwde eigendommen, die ook belang hadden bij de waterkering. *  Vanaf 1977 zijn ook die bedrijven die de in dat jaar ingestelde verontreinigingsheffing betalen, stemgerechtigd. * 

Vanaf 1992 gelden de kiesrechten en belastingplichten dan ook voor alle inwoners van het waterschap, de zogenaamde ingezetenen. Een nieuwe ingezetenenomslag en een nieuw kiesreglement werden ingesteld.

Voor een overzicht van de dijkgraven van 1430 tot 2004, zie F.H.J. van Aesch, 'De dijkgraven van de Krimpenerwaard' in G.P. van de Ven (red.), Mensen in een waard vol wind en water. De geschiedenis van de waterhuishouding in de Krimpenerwaard (Hilversum 2004) 11-35 en van alle bestuurders uit de periode 1937-1974 zie F. van der Hart, Inventaris van het archief van het Hoogheemraadschap van de Krimpenerwaard (1858) 1937-1974 (1993) (Schoonhoven 1997), 31-36.