De secretaris van het hoogheemraadschap was tevens de directeur van de uitvoerende organisatie. Deze secretaris was tevens adviseur van alle bestuursorganen. *  Bij de ambtelijke organisatie werkten ongeveer 100 mensen. Enkele stafbureaus ondersteunden de secretaris-directeur. De directeuren van de hoofdafdelingen Bestuurszaken en Technische zaken vormden met de secretaris-directeur het directieteam, ondersteunden hem in de bestuursvergaderingen en waren aangewezen als waarnemend secretaris. De hoofdafdeling Bestuurszaken had juridische en financiële taken, terwijl Technische Zaken zich met het beheer van waterhuishoudkundige werken, opsporing, handhaving en het uitvoeren van projecten ten behoeve van waterhuishouding en waterkering bezighield. * 

Een reorganisatie in 1994 resulteerde in een plattere organisatie, vooral bij de hoofdafdeling Technische Zaken, waarvan het aantal afdelingen van twee naar zeven vermeerderde. Nieuwe afdelingen als Geografisch Informatie Systeem en Cultuurtechniek gaven uitdrukking aan de snelle technologische ontwikkeling op het gebied van waterbeheer en het toegenomen belang van automatisering. * 
Halverwege 1992 stelde het algemeen bestuur het Reglement Medezeggenschap Amstel en Vecht vast. De eerste vergadering van de medezeggenschapscommissie vond plaats op 16 november 1992. *  In het fusieproces stelde de medezeggenschapscommissie, met de evenknieën van de fusiepartners, een bijzondere commissie in, de MZC-REWAB, die deelnam aan de overleggen en een ontwerpreglement voor de Medezeggenschap in de nieuwe organisatie opstelde. *