Het archief werd aanvankelijk bewaard op het Muiderslot. In die periode zijn enkele stukken verloren gegaan, zoals blijkt uit een mededeling van dijkgraaf Warin in de vergadering van 15 februari 1788. Hij had geconstateerd dat enkele kisten, waarin papieren van de dijk en de sluis zaten door de troepen die in het najaar het slot bezet hadden, waren opengebroken. De stukken waren vernietigd, uitgezonderd vier kwitanties *  . Het betrof juist de stukken over het recht van de directie op de Grote Zeesluis. Toen het sluishuis gereed was, werd daarin het archief bewaard. In 1932 werden voor 't eerst archiefstukken ter inventarisatie naar het Rijksarchief in Haarlem overgebracht. Het archief omvatte toen ongeveer 4 meter en werd door G. van Es geïnventariseerd. Nadat het werk voltooid was, werden de stukken weer naar het hoogheemraadschap teruggebracht. P.J. Suasso de Lima de Prado inventariseerde in 1940 een aanvulling van ca. 5 m., met name financiële stukken. Ook dit gedeelte werd weer teruggebracht naar het sluishuis te Muiden.

Uit de verslagen van de provinciaal inspecteur in 1970 blijkt dat het archief in het onbewoonde sluishuis in twee in de muur gebouwde vochtige kasten geperst is. De inspecteur gaf het advies om, in afwachting van een wettelijke regeling, het archief tijdelijk in bewaring te geven bij het Rijksarchief. In januari 1971 deelde het hoogheemraadschap de inspecteur mee dat er meer aandacht aan de verwarming van het sluishuis zou worden besteed. Enige tijd later besloot men het archief naar de archiefkluis van de gemeente over te brengen *  . Deze bleek echter niet groot genoeg te zijn en inbewaargeving bij het Rijksarchief volgde. Inmiddels had het archief een omvang van ca. 13 m. bereikt. Bij deze stukken bevonden zich ook een twintigtal kaarten.

In het voorjaar van 1983 is het laatste gedeelte, ruim 1 strekkende meter, bij de stukken in het Rijksarchief gevoegd. Dit gedeelte berustte bij de secretaris-penningmeester, de heer W. Jongeneel, te Driebergen en volgens zijn verklaring zijn nu alle archiefstukken betreffende de Zeedijk en de Grote Zeesluis, vanaf 1678 tot en met 1974/75 naar het Rijksarchief overgebracht. De stukken na 1975 konden nog niet worden overgedragen, omdat het o.a. met name stukken betreft, die voor afwikkeling van het beheer van de Grote Zeesluis en de Zeedijk van belang zijn.