De Overdiemerpolder is ontstaan uit een samenvoeging van de School- en Hopmanspolder en de Diemerdammerpolder. De School- en Hopmanspolder werd ook al wel Overdiemerpolder genoemd. De polder lag tussen de Diemerdammerpolder, de Muidertrekvaart en de Diem. De Schoolpolder en de Hopmanspolder waren oorspronkelijk twee afzonderlijke polders, maar werden al vroeg samengevoegd: de eerste regeling over het onderhoud van de School- en Hopmanspolder dateert van 1693. In een geschil met Diemen over het onderhoud van de Overdiemerweg wordt in 1793 vermeld dat de twee polders al lang geleden waren samengevoegd, door een zelfde molen werden bemalen en onder één beheer stonden, zonder dat iemand exact wist wanneer. De regeling van 1693 betreft een overeenkomst van ingelanden, die werd opgetekend bij het gerecht van Diemen. In de overeenkomst wordt gesproken dat de ingelanden "opnieuw in der minne met den anderen overeengekomen en verdragen" zijn. Er bestond dus al eerder een dergelijke overeenkomst. In de overeenkomst is bepaald dat er twee polder- of molenmeesters werden gekozen door de ingelanden. Er werd twee maal per jaar schouw gevoerd. Indien men bij de schouw in gebreke bleef, moest men 12 stuivers betalen, bij de naschouw betrof de boete 24 stuivers. De poldermeesters werden ieder jaar gekozen. De overeenkomst werd getekend door 12 ingelanden. In de achttiende eeuw ontstond een geschil tussen poldermeesters en tussen poldermeesters en ingelanden, omdat de polder niet naar behoren werd beheerd.

Hierbij werd gesteld dat de overeenkomst van 1693 geen rechtskracht had, omdat deze niet met een octrooi was bekrachtigd. Uiteindelijk werd het geschil in der minne geschikt en werd in 1783 opnieuw een overeenkomst tussen ingelanden opgesteld, die in 1787 door de Staten van Holland en West-Friesland werd bekrachtigd met een octrooi. *  Ingevolge dit octrooi had de polder een bestuur van drie poldermeesters, en daarnaast was er de mogelijkheid een penningmeester aan te stellen. In de negentiende eeuw waren er vier poldermeesters, door en uit de ingelanden gekozen. De polder werd bemalen door een schepradmolen, staande aan de Diem. De naam "Hopman" is mogelijk ontleend aan de naam van een ingeland van de polder. De "Schoolpolder" ontleende zijn naam aan een huisje te Overdiemen dat in 1608 tot schoolgebouwtje werd bestemd. Dit huisje stond bij een poldermolen, die daarom "schoolmolen" werd genoemd. De naam "Schoolmolenpolder" komt op een kaart van omstreeks 1700 voor. De Diemerdammerpolder, gelegen tussen de Zeedijk en de Overdiemerpolder, werd bemalen door een vijzelmolen, uitslaande op de Kleisloot. Deze polder was in handen van één eigenaar. Het gebied van dit poldertje werd vaak 'het Uilenbosch' genoemd. Ook de benaming "Uillanden" komt voor. In 1867 sloot de School- en Hopmanspolder een overeenkomst met C. Stam, toenmalige eigenaar van de Diemerdammerpolder, die al in de richting ging van een samenvoeging van de twee polders.

In 1880 werden de twee polders samengevoegd: er werd een overeenkomst aangegaan tussen de School- en Hopmanspolder en de eigenaar van de Diemerdammerpolder, waarbij de Diemerdammerpolder opgenomen werd in de Overdiemerpolder. De eigenaar van de Diemerdammerpolder verkreeg voor twintig jaar het recht op een afzonderlijke bemaling. Deze overeenkomsten zijn met latere eigenaren verlengd met steeds 10 jaar. Een belangrijke verandering in de polder was de aanleg van het Merwedekanaal, dat de polder doorsneed. Bij de verbreding van dit kanaal tot het Amsterdam-Rijnkanaal in 1933 werd de watergemeenschap tussen de polderdelen ten oosten en ten westen van het kanaal opgeheven, doordat de duikers onder het kanaal bij de verbreding werden verwijderd. Hierdoor was het noodzakelijk dat er twee nieuwe gemalen werden gebouwd. Het onderhoud van de polderkade gebeurde tot 1880 bij verhoefslaging: iedere onderhoudsplichtige moest zijn deel-slag- onderhouden. Deze hoefslagplicht werd in 1880 afgeschaft: het onderhoud van de polderkade, met uitzondering van het deel dat bij Defensie in onderhoud was, kwam toen aan de polder. De Overdiemerpolder heeft als zelfstandige polder bestaan tot 1 januari 1979. Toen ging de polder samen met 28 andere polders op in het waterschap Drecht en Vecht, dat in 1991 weer opging in het hoogheemraadschap Amstel en Vecht. Per 1 januari 1997 werd ook dit hoogheemraadschap opgeheven, toen het hoogheemraadschap Amstel, Gooi en Vecht werd opgericht. Dit laatste hoogheemraadschap is een all-in waterschap: het is in dit gebied verantwoordelijk voor zowel de waterkwaliteit als de waterkwantiteit.