Tot 1925 waren de archieven van de polder onderbracht in een pand aan de Prinsengracht te Amsterdam. In genoemd jaar bracht de toenmalige provinciaal archiefinspecteur van Noord-Holland, de heer de Jonge van Ellemeet, een bezoek aan het kantoor van de secretaris-penningmeester van de Middelpolder. Hij constateerde dat de archieven van de lopende administratie zich in goede staat bevonden, maar de oudere archieven waren echter minder goed verzorgd.

In 1938 werden de archieven onderbracht in een pand aan de Keizersgracht te Amsterdam, zijnde het kantoor van de secretaris-penningmeester, de heer S.J. van den Berg.
Bij een inspectiebezoek aan de archieven van de polder constateerde de toenmalige provinciaal archief inspecteur, dat de oudere stukken waren onderbracht in een alcoof van het voorkamertje van voornoemd pand, zonder inventarislijst, terwijl de financiële stukken waren opgeborgen in een privé brandkast.
De dynamische stukken waren opgeborgen in een stalen archiefkast.
De inspecteur stelde voor de oudere archieven van de polder door een hoofdarbeider op het Rijksarchief te laten ordenen.
Genoemd voorstel werd door het bestuur van de polder aanvaard. Zo werden in 1938 de oude archieven van de Middelpolder (1768-1934) door de heer I. Waaker geordend.
De opgemaakte plaatsingslijst is opgenomen in de inventaris (inventarisnummer 94).

Waaker heeft in genoemde plaatsingslijst, die loopt van 1768 tot 1934, de volgende indeling gebruikt:
- Algemene Zaken.
- Financiën.
- Waterstaat.
- Veenderij, Zuidelijk gedeelte.
- Veenderij, Noordelijk gedeelte.

De oudste stukken, namelijk de registers van de stuivergelden van de verveende turf (1769-1881) zijn overgedragen aan de gemeente Amstelveen, omdat genoemde stuivergelden werden geïnd door de schout van Nieuwer-Amstel.
Hoewel in de plaatsingslijst gesproken wordt over de beide veenderijen, is door Waaker geen melding gemaakt van aparte archieven.
Nadat het oudere archief van de polder was geordend, werd het overgebracht naar een kluis in het gemaal in Ouderkerk.

Na opheffing van de polder in 1979 werden de archieven opgeslagen in het woonhuis nabij het gemaal aan de Amstel (de stukken na 1934) en in de kelder van het gemaal in Ouderkerk (de stukken voor 1934).
Omdat de taken van de polder in dat jaar waren overgegaan naar het waterschap Drecht en Vecht, had genoemd waterschap het beheer over de archieven van de polder gekregen. Er is hier sprake van archieven, omdat er naast het archief van het bestuur van de Middelpolder, ook nog de archieven van de besturen van de beide veenderijen waren.

De archieven van de polder werden in de volgende toestand aangetroffen.
De stukken van het archief van de Middelpolder waren tot 1934 volgens de plaatsingslijst nummeriek opgeborgen. Ze bestonden uit mappen en delen (notulen, registers).
Na 1934 werden de stukken (bekendmakingen, begrotingen, rekeningen, bevelschriften tot betaling, verkiezingslijsten, polderomslagen, ingekomen- en uitgaande stukken) chronologisch per jaar opgeborgen in mappen. Belangrijke stukken echter, zoals overeenkomsten, besluiten van de stemgerechtigde ingelanden, polissen werden apart gehouden door de administratie van de Middelpolder.
De stukken van het archief van de Zuidelijke Veenderij waren volgens de plaatsingslijst nummeriek opgeborgen. Ze bestonden uit mappen en delen (notulen, registers).

Men kan van een apart archief spreken omdat de veenderij een eigen bestuur had, eigen correspondentie voerde en een eigen financiële administratie had. Regels omtrent de bevoegdheden van het bestuur vindt men in de concessie en het reglement van de vervening.
Evenals bij de Zuidelijke Veenderijen waren de stukken het archief van de Noordelijke Veenderij volgens de plaatsingslijst nummeriek opgeborgen.
Ook voerde het bestuur van deze veenderij een eigen correspondentie en een eigen financiële administratie. De bevoegdheden van het bestuur zijn te vinden in de concessie en het reglement van de veenderij.

In juli 1993 zijn door het provinciaal bestuur van Noord -Holland, waarbij de heer dr. A.J. Kölker, provinciaal archief inspecteur bemiddeld heeft, de archieven van de commissies van toezicht Zuidelijke- en Noordelijke Veenderij overgedragen aan het hoogheemraadschap Amstel en Vecht. Deze archieven waren respectievelijk in 1884 en 1892 overgedragen aan het provinciaal bestuur van Noord-Holland en later overgebracht naar het Rijksarchief te Haarlem en zijn nu in de inventaris opgenomen.