In 1631 brak de Vechtdijk door, en raakte de polder geheel geïnundeerd. Hierna werd de dijk weer hersteld. Dit bracht uiteraard grote kosten met zich mee. Ook in 1651 was opnieuw gevaar voor inundatie, na het doorbreken van de zeedijk bij Houtewael. Alles werd in het werk gesteld om te voorkomen dat de Bijlmermeer, evenals de Diemermeer onder zou lopen. De dijken werden opnieuw verzwaard. *  De steden Amsterdam en Weesp kregen in 1637 octrooi tot het aanleggen van het Weesperzandpad, de verkeersweg tussen Amsterdam en Weesp. Een jaar later werd door de beheerders van dit zandpad, het 'college van commissarissen van het zandpad tussen Amsterdam en Weesp', een overeenkomst met de ingelanden van de Bijlmermeer aangegaan. Het zandpad liep namelijk over een gedeelte van de ringdijk. De overeenkomst hield een kostenverdeling in. In 1656 kregen de ingelanden vrijdom van de tol aan het Weesperzandpad. Over het zandpad en de tolheffing zou nog vaak geschil ontstaan. *  Bij de inval van de Franse troepen in 1672 werd op voorstel van de burgemeesteren van Amsterdam besloten de dijken van de Bijlmermeer en de Diemermeer door te steken ter beveiliging van Amsterdam. *  De polder werd onder water gezet. Blijkens een rekest aan de staten van 1678 waren vele huizen en molens omgespoeld, geruïneerd en weggedreven. Van de huizen die nog bleven staan, was de helft ingestort en beschadigd. *  Toen daarna de polder weer moest worden drooggemaakt, was het nodig dat de ringdijk verlegd werd, met name bij de boerderij van Hooft. Bij het herstellen van de dijk werd zand en klei uit Amsterdam gebruikt. * 

In deze periode, waarin de polder nog onder water stond, begonnen de eerste inwoners de landen te verlaten (abandonneren). Dit maakte de situatie voor de polder uiteraard alleen maar moeilijker. Een belangrijke kwestie werd vanaf toen dan ook wie er verantwoordelijk was voor het betalen van de resterende omslagen van de geabandonneerde landen. *  In 1678 waren ruim 136 van de 594 morgens land geabandonneerd. Meer dan de helft van de ingelanden hadden toen hun land verlaten. De rampen bleven de Bijlmermeer niet gespaard, want ook in 1675 werd er door het doorbreken van de zeedijken weer een groot gat in de dijk geslagen. *  In 1677 werd een akkoord gesloten tussen de Bijlmermeer en de steden Amsterdam en Weesp, die alle belang hadden bij een goede dijk, waarover immers het Zandpad liep. De steden zouden zorgen voor het op hoogte brengen van de Stamdijk. In ruil hiervoor moesten de ingelanden van de Bijlmermeer echter tol op het Weesperzandpad gaan betalen. *  In 1702, in de nacht van 5 op 6 april, brak door een noordwesterstorm de zeedijk bij Muiden door en raakte de polder opnieuw geïnundeerd. Hierna was het polderbestuur niet meer bij machte het meer opnieuw droog te maken Op 23 augustus 1703 werd een overeenkomst gesloten tussen de ingelanden van de meer en de steden Amsterdam en Weesp, die inhield dat de steden het recht kregen om de dijk te herstellen en modder in de polder te brengen tot behoud van de dijk.

De modder mocht op de oude en de nieuwe landen worden geworpen. Amsterdam kocht de twee bovenstrijkmolens van de ooster- en westergang van de Bijlmermeer: de stad kreeg ten aanzien van de dijken en molens een plicht tot onderhoud. De meer stond in deze tijd in het midden (het lage deel) geheel onder water. Alleen aan de buitenrand (het hoge deel) was een strook land droog. Steden en ingelanden kregen ieder voor de helft het genot van het gewas op de dijk, mits ze er geen beesten over lieten lopen, en van het riet- en grasgewas over de hele meer. De ingelanden mochten ieder hun huis en getimmerten behouden en behielden het recht in de meer te vissen. Op 7 september 1703 kwamen Amsterdam en Weesp nader overeen, dat Weesp alleen dat stuk dijk zou onderhouden, waarover het zandpad liep, en dus ook alleen de opbrengsten van dat deel zou genieten. De polder heeft tussen 1702 en 1826 onder water gestaan. Opnieuw droogmaken werd door de gemeente Amsterdam in 1745 wel ter sprake gebracht, maar het bestuur durfde het niet aan. In de droogliggende strook hebben gedurende de 18e eeuw warmoesiers en daghuurders gewoond en gewerkt, die kleine huisjes of schuurtjes hadden gebouwd, "die de naam huis niet meriteren". Er waren ook enkele personen die "kommenijs" (kruidenierswaren) verkochten. Verder was er één tapper en één boer.

Deze personen worden altijd omschreven als "seer geringe luyden die ternauwernood het brood konnen winnen". *  Van Ollefen, die in deze "natte" periode de meer beschreef, vond, vergeleken met de Diemer- of Watergraafsmeer, een wandeling rond de Bijlmermeer zeer onaangenaam. *  Weesp trok zich in 1710 terug van het onderhoudscontract, zodat vanaf die tijd Amsterdam alleen verantwoordelijk was voor het onderhoud van de dijken en molens. Amsterdam hield zich niet aan het contract. Vanaf 1752 besloot Amsterdam minder modder in de polder te brengen. Vanaf deze tijd ontstonden meningsverschilen met de commissarissen van het zandpad over het eigendom van de weg tussen het tolhek en de Diemerbrug en over de tolheffing. *