Gedurende de geschiedenis van het hoogheemraadschap is een aantal keren wijziging aangebracht in de manier van archiveren.

Vanouds behoorde het tot de taak van de secretaris van het hoogheemraadschap zorg te dragen voor het archief. De functie van penningmeester en secretaris lijkt in het begin niet gescheiden te zijn geweest.

In de 16e eeuw tekent men alles op wat van belang is. In één register worden inkomsten, uitgaven, keuren en resoluties opgenomen. Van deze seriegewijze archiefvorming splitst zich na 1675 de financiële administratie af.

De archiefstukken bewaarde men in de sacristie van de kerk van Weesp. De charters werden daar in een aparte kist geplaatst en voorzien van een letter. Over het algemeen was de ordening willekeurig en niet systematisch. Vanaf 1798 werden de ingekomen stukken geagendeerd en van een doorlopende nummering voorzien. Op welke wijze zij in het archief zijn geborgen is niet bekend. Immers, na 1905 werd het archief opnieuw ingedeeld met als uitgangspunt een zaaksgewijze ordening. Dossiers werden gevormd en van inventarisnummers voorzien. Bij deze nieuwe indeling werden stukken uit gemeentelijke archieven van Weesp en Diemen die betrekking hebben op bepaalde waterstaatkundige zaken overgedragen aan het hoogheemraadschap en vervolgens met het eigen archief vermengd. Op deze nieuwe ordening vervaardigde men als toegang een alfabetische neveningang. Bij bezoeken van de provinciaal inspecteur voor de gemeente-en waterschapsarchieven in 1923 en 1939 werd deze toegang op het archief als 'zeer primitief' omschreven. Men adviseerde om het hele archief opnieuw te ordenen. Door het uitbreken van de oorlog konden deze adviezen niet worden uitgevoerd.

In 1949 gaat men over op een rubriekgewijze ordening van de binnengekomen stukken. Deze wijze van ordening bleef gehandhaafd tot 1965. Vanaf dat jaar gebruikte men voor de ordening van het dynamische archief de waterschapscode samengesteld door de Unie van Waterschappen.

In de jaren zeventig, na de samenvoeging van het hoogheemraadschap met het hoogheemraadschap Amstelland is er, met onderbrekingen, aan de inventarisatie van het archiefgedeelte tot het jaar 1965 gewerkt. In 1986 is de inventarisatie weer ter hand genomen en deze kon vervolgens in 1987 worden afgerond.

Voor de inventarisatie is gebruik gemaakt van het basisschema voor de inventarisatie van waterschapsarchieven. Vernietiging vond plaats op grond van de lijst van voor vernietiging in aanmerking komende bescheiden van de organen van waterschappen dagtekenende van na 1850, behorende bij de beschikking van de minister van Welzijn, Volksgezondheid en Cultuur en de minister van Verkeer en Waterstaat van 16 juni 1984.

De archiefstukken die in 1905 door de gemeenten aan het hoogheemraadschap zijn overgedragen, werden conform het herkomstbeginsel weer teruggegeven.