Het plan tot oprichting van een bureau ontstond in het begin van 1982 uit een overleg tussen leden van de Vereniging Kerk & vrede. Deze vereniging zette zich in om in en buiten de kerk het geloof in geweld te weerspreken en de weg naar het geweldloze verzet in dienst van de gerechtigheid te wijzen.Na overleg met Zwolse vredesgroepen werd besloten om een bureau voor begeleiding van gewetensbezwaarden militaire dienst te formeren. Op dat terrein waren in Zwolle al de heren J. Monsma en G. Werner actief. Naast deze mentoren werd een stuurgroep geplaatst, die zich bezighield met publiciteit en geldwerving.

Het jaarverslag 1991/1992 verscheen in april 1993. In dat jaar was een landelijke discussie over de afschaffing van de dienstplicht in volle gang. Zonder dienstplicht, geen gewetensbezwaarden meer. Hiermee verviel geleidelijk het bestaansrecht van het Vredesbureau. Op 4 maart 1996 werd besloten om het Vredesbureau op te heffen.

Het archief van het Vredesbureau Zwolle loopt over de jaren 1982-1996 en kent een omvang van 0,12 m1. Het materiaal werd in januari 2018 door W.L. in den Haak te Zwolle aan het Historisch Centrum Overijssel geschonken. De archiefbescheiden zijn openbaar.