Volgens een oorkonde uit het jaar 1313 bestond het Kwartier van Vollenhove eertijds uit uit twee moederparochies, Steenwijk en IJsselham, zodat alle kerken die men later in dit gewest aantreft, dochters van een van deze beide kerken moeten zijn geweest. De kerk te Vollenhove moet naar alle waarschijnlijkheid als een dochter van Steenwijk worden beschouwd. Een direct bewijs van afscheiding is niet aanwezig.
Het tijdstip van de afscheiding is niet bekend. Het valt vóór 1207, omdat in dat jaar een pastoor van Vollenhove wordt genoemd. Aanleiding tot de afscheiding was het bouwen van een kasteel ter plaatse van het latere stadje Vollenhove door bisschop Godfried van Reenen in 1165. Bij een kasteel, zeker bij een bisschoppelijk kasteel, behoorde een slotkapel. De aanwezigheid van die kapel was voor de bewoners van de omliggende buurtschappen een groot gemak. Hun dagelijkse godsdienstplichten konden zij daar waarnemen en alleen voor de belangrijkste diensten waren zij nog aangewezen op de parochiekerk te Steenwijk.
Steenwijk lag ver verwijderd en de weg er heen liep door uitgestrekte moerassen. Dat bij de bewoners de wens opkwam om van de kapel een parochiekerk te maken, zodat zij niet meer naar Steenwijk hoefden te gaan, is verklaarbaar. De mogelijkheid hiertoe bestond, als men slechts zorgde voor een fonds, waaruit in het onderhoud van de pastoor kon worden voorzien. Dit fonds is gevormd en voor 1207 is de kapel tot parochiekerk verheven. In de vorming van het pastoriefonds heeft de bisschop ongetwijfeld een belangrijk aandeel gehad, daar hij het collatierecht (verlening van een kerkelijk ambt) van de pastorie bezat.

Het onderhoud van een parochiekerk kwam in het algemeen, voor zover het kerkvermogen niet toereikend was, ten laste van de parochie. De kerk werd daarom door de parochie beheerd, die voor het gewone dagelijkse beheer kerkrentmeesters benoemde. Tot de parochie Vollenhove behoorden Stad en Ambt Vollenhove, Blokzijl, Wanneperveen en Zwartsluis ten noorden van het Meppelerdiep en het Zwartewater. Rond 1300 is Wanneperveen afgescheiden, terwijl kort voor de hervorming Zwartsluis is afgescheiden van Wanneperveen. Door de vervening ontstond in 1665 de nieuwe gemeente Beulake, die gedeeltelijk tot Vollenhove en gedeeltelijk tot Wanneprveen behoorde. In 1777 is deze gemeente door het water verzwolgen en hield derhalve op te bestaan. In het archief zijn nog stukken bewaard gebleven van het verdronken dorp Beulake.

Om het kasteel en de kerk was op de gronden van de bisschoppelijke hof een nederzetting ontstaan die in 1354 stadsrecht ontving. De bewoners, tot dan toe onderworpen aan het gezag van de adel, hadden toen een eigen bestuur, eigen wetten en eigen rechtspleging. Het stadsgebied omvatte slechts een klein gedeelte van de parochie, zodat de adel elders haar macht behield.
Hierdoor was de parochie in twee delen gescheiden, de stad en het ambt; deze verdeling heeft nog lang voortgeleefd in de gemeenten Stad-Vollenhove en Ambt-Vollenhove.
De stad Vollenhove heeft gedaan weten te krijgen (op basis van de stadsrechten van 1354) dat één van de kerkmeesters door haar werd benoemd en dat de kerkmeesters ook aan haar rekenplichtig werden. Sedertdien werden de kerkelijke aangelegenheden van de parochie behartigd door de beide besturen, dat van de stad en dat van het ambt. Boven beide stond de drost. Deze drie bestuurscolleges samen noemde men later de Volle Stoel. Er is grote strijd geweest tussen de adel en de magistraat van Vollenhove over het beheer van de kerk.

In Vollenhove zijn 11 vicarieën geweest. De vicariegoederen werden gebruikt voor kerkelijke doeleinden (bijvoorbeeld voor de aanstaande priesters). In de Sint Nicolaaskerk waren de volgende vicarieën: H. Kruis, H. Katharina, H. Anna, H. Gregorius, O.L. Vrouwe ter Nood, H. Martinus en H. Johannes. In de O.L.V.-kapel waren vicarieën van H. Maagd Maria, H. Petrus en Paulus en H. Andreas en Thomas. Voorts was in de Heilige Geest-kapel nog een vicarie.

Omtrent de hervorming in Vollenhove is weinig bekend. In het laatst van 1580 of het begin van 1581 waren zowel de magistraat van de stad als de adel van het ambt in meerderheid gereformeerd. De pastoor en andere geestelijken vertrokken en een predikant kwam in hun plaats.

In Vollenhove, dat gereformeerd was, namen de adel en de magistraat het beheer van de geestelijke goederen op zich.
De Staten van Overijssel hadden besloten dat in de kleine gemeenten (waaronder Vollenhove) de pastorieën en vicariegoederen moesten worden geïnventariseerd en de inkomsten daarvan gebruikt moesten worden voor godsdienstige doeleinden.
Als een gemeente de Roomse gezindheid bleef aanhangen, kon worden volstaan met inventarisatie van de geestelijke goederen en bleef het bestuur in handen van pastoors en vicarissen. Als daarentegen een gemeente de gereformeerde gezindheid ging aanhangen, kwam het beheer van de geestelijke goederen in handen van de wereldlijke overheid. Predikanten waren vaak nog niet aanwezig en hadden bovendien vrijwel geen bestuurservaring.
In Vollenhove kwam het beheer van de geestelijke of eccleciastieke goederen in handen van magistraat en adel. Er werd één administratie gevoerd onder directie van de Volle Stoel. Het dagelijks bestuur van de ecclesiastieke goederen bestond uit twee vertegenwoordigers van de magistraat en twee vertegenwoordigers van de adel. Onder hun supervisie werkte de ontvanger/rentmeester.

De kloostergebouwen van Sint Janskamp en Clarenberg zijn rond 1580 grotendeels verwoest; de kloosterlingen waren ondertussen gevlucht. De Staten stelden Johannes van Elen aan als rentmeester voor het beheer van de beide kloostergoederen. Toen van lieverlee wat kloosterlingen terugkeerden, stelden de Staten het beheer van de kloostergoederen in handen van de rentmeester en de pater onder toezicht van de drost van Vollenhove. De inkomsten uit de kloostergoederen werden gebruikt voor het onderhoud van de kloosterlingen. Nadat de laatste kloosterlingen waren vertokken, werden de inkomsten uit de kloostergoederen gebruikt voor de bezoldiging van predikanten en schoolmeesters.
De adel kreeg het beheer van de Clarenbergse goederen in handen. De magistraat wilde echter medezeggenschap in het beheer net als bij de andere geestelijke goederen. Dit leidde tot conflicten. Tenslotte is het beheer onder de Volle Stoel geplaatst. Na de val van de Volle Stoel tijdens de Franse revolutie is het beheer overgegaan op de magistraat van Vollenhove. Administratief bleef het echter apart.

De Franse revolutie bracht zoals reeds werd opgemerkt de Volle Stoel ten val. Na diverse onderhandelingen is het beheer van de geestelijke goederen uiteindelijk overgegaan op de kerk. Een commissie van zeven personen, waarvan zes benoemd door de gereformeerden en één door de rooms-katholieken, nam het beheer in handen. De inkomsten van de goederen werden na aftrek van de lasten verdeeld naar zielental onder de gereformeerde en roomskatholieke kerkgenootschappen.

Na lange onderhandelingen tussen de gemeentebesturen van Stad en Ambt-Vollenhove en de Nederlands Hervormde gemeente werden de goederen in 1833 in beheer overgedragen aan de kerkvoogden van de Nederlands Hervormde gemeente, terwijl de Rooms-Katholieke gemeente een bedrag werd uitgekeerd gelijk aan de gekapitaliseerde gemiddelde jaarlijkse uitkering.

Het predikantstractement zou voortaan door de kerkvoogden worden betaald.
De Grote en Kleine kerk waren toegewezen aan de gereformeerden, de Heilige Geest-kapel aan de Roomskatholieken.