In 1945 werd in Protestants-Christelijke kringen in Zwolle en de Noord-Veluwe gesproken over de wenselijkheid en mogelijkheid om in Zwolle te komen tot de bouw van een ziekenhuis, dat een Protestants- Christelijke stempel zou dragen. De bekende Zwolse Ned-Herv. predikant Ds. C.D. van Noppen coördineerde de uitwerking van het bouwplan en nam in 1948 het initiatief tot de oprichting van een Stichting "Het Protestants Ziekenhuis" te Zwolle. De akte werd gepasseerd op 21 juni 1948 ten overstaan van notaris A.J. Tom te Zwolle. Het stichtingsbestuur bestond uit Ds. C.D. van Noppen (voorzitter), zenuwarts A.H.W. Boele (secretaris) en bankdirecteur D.J. van Schreven (penningmeester). Daarnaast telde het bestuur 21 leden, waaronder 10 Gereformeerde en Ned- Herv. predikanten uit Zwolle, Nunspeet, Lopikerkapel, Heerde, Kampen, Hattem, Dalfsen en Wezep. De overige leden van dat eerste stichtingsbestuur waren de Heerder fabrikant J.P. van Apeldoorn, de zenuwarts dr. J.P. Braat, de chirurg dr. J.C.P. Eeftinck Schattenkerk, de directeur van Sociale Zaken S. van der Linde, de kinderarts dr. G.J. van Lookeren Campagne, S. Noordhof, de advocaat mr. J.G. Nysingh, de arts H. Olland, de fabrikant M.J.C. Olland, de oogarts G.F. Rochat, de hoofddirecteur Provinciale Waterstaat Ir. P. Wolffensperger, de accountant drs. W. Zuurmond, allen te Zwolle én de gemeentesecretaris van Ommen E.J. Stoeten.

Het doel van de stichting werd vastgelegd in artikel 2: …. De oprichting en instandhouding van een ziekenhuis tot verzorging van zieken naar lichaam en ziel. Om dit doel te bereiken presenteerde het bestuur in 1948 een programma van eisen voor de bouw van een Protestants ziekenhuis in Zwolle. Hierin werd de noodzaak tot en behoefte aan een protestants ziekenhuis voor de Zwolse regio nader verwoordt. Er was onderzoek verricht naar de gevolgen van concentratie en specialisatie in het ziekenhuiswezen, die in toenemende mate zouden leiden tot het ontstaan van centrale, volledig geoutilleerde ziekenhuizen voor moderne specialistische onderzoek- en behandelmethoden in grote bevolkingscentra. Door het heersende gebrek aan bedruimte in het Gemeentelijk Sophia- ziekenhuis en het RK-Ziekenhuis "de Weezenlanden" werd de vestiging en ontplooiing van specialismen ernstig geremd. Er bestond dringend behoefte aan een maagdarmarts, een bacterioloog, een patholoog-anatoom, een orthopedist, een hersenchirurg en een reumatoloog. Ook de psychiatrische verpleging en verzorging van patiënten liet veel te wensen over. Voor een berekening van het aantal benodigde ziekenhuisbedden werd de hulp in geroepen van het Economisch Technologisch Instituut Overijssel (ETIO).

In haar rapport "Een prognose van de toekomstige behoefte aan ziekenhuiscapaciteit in de gemeente Zwolle (1948)" concludeerde het ETIO dat het aantal ziekenhuisbedden met 350 a 450 stuks moest worden uitgebreid. Daarnaast was gekeken naar de groei van het aantal inwoners en de geestelijke signatuur in de regio Zwolle. Op basis van de bevolkingscijfers uit 1930 en 1946 kwam men tot de conclusie dat de bevolkingsaanwas in de regio met 21 % was toegenomen. Van het totaal aantal inwoners in de regio bedroeg de verhouding protestant-katholiek: 8-2. Het merendeel van de inwoners was dus van protestantse huize. Volgens het stichtingsbestuur werd in bovengenoemd programma van eisen de noodzaak tot de bouw van een protestants ziekenhuis in voldoende mate aangetoond. Pogingen werden dan ook in het werk gesteld om de benodigde gelden bijeen te brengen. De bouwkosten werden volgens vooroorlogse maatstaven geraamd op 1 1/2 miljoen gulden, op te brengen uit giften, collectes en leningen. De bouw van het ziekenhuis werd opgedragen aan de Amsterdamse architect M. Duintjer, terwijl de oud- geneesheer-directeur van het Wilhelmina-Gasthuis te Amsterdam, W.F. Veldhuyzen, als medisch adviseur het bouwproces zou begeleiden.

Al snel bleek dat er geen ministeriële toestemming voor de bouw van een vrij groot ziekenhuis kon worden verleend. Dit had in hoofdzaak te maken met het aantal ziekenhuisbedden in andere gemeenten tengevolge van veroudering, vernietiging tijdens de oorlog en de bevolkingsgroei in industriecentra. Het werd daarnaast ook steeds duidelijker dat er rekening moest worden gehouden met de gemeentelijke plannen tot sanering en uitbreiding van het Sophia- en RK- ziekenhuis. Tot slot waren ook de kosten van het ziekenhuiscomplex veel te optimistisch geraamd. Een nieuwe berekening kwam uit op een bedrag van 11 miljoen, waarvan 7 miljoen door de stichting zelf moest worden opgebracht. Ondanks de inspanningen van de propagandist A.S. Jansen en tientallen plaatselijke comités kon dat onmogelijk worden gerealiseerd.

Vanaf 1953 vonden er serieuze gesprekken plaats tussen het stichtingsbestuur en het Gemeentebestuur van Zwolle over mogelijke vormen van samenwerking met het gemeentelijk Sophia-ziekenhuis. Het stichtingsbestuur werd bijgestaan door de Zwolse advocaat mr. J.P. Hogerzeil en de directeur van het Interkerkelijk Protestants Ziekenhuisbureau mr. Wesseldijk. Centraal stond daarbij de vraag op welke wijze de geestelijke verzorging functioneel in het geheel van het Sophia-ziekenhuis een plaats zou kunnen krijgen, terwijl tevens het aantal bedden aanzienlijk zou moeten worden uitgebreid. Een BenW-voorstel tot het oprichten van een "Stichting het Sophia- Ziekenhuis" werd op 5 september 1955 door de gemeenteraad van Zwolle met vrijwel algemene stemmen aanvaard. Deze nieuwe stichting zou voortaan het beheer en de exploitatie over het Sophia Ziekenhuis voeren.

Met ingang van 1 januari 1956 was het Sophia-Ziekenhuis geen strikt gemeentelijk ziekenhuis meer. In het bestuur van de nieuwe stichting waren de gemeente Zwolle en de Stichting "het Protestants Ziekenhuis" vertegenwoordigd. Op basis van de overeenkomst verklaarde de Stichting "het Protestants Ziekenhuis" af te zien van de bouw van een derde ziekenhuis in Zwolle, met een protestants-christelijk karakter. In plaats daarvan zou in het Sophia Ziekenhuis ruime aandacht worden geschonken aan de geestelijke verzorging van patiënten en personeel, echter wel rekening houdend met hun godsdienstige en levensbeschouwelijke verscheidenheid. In dat kader ontving de stichting de toestemming tot de bouw van een kapel. De gemeente Zwolle zegde toe dat de beddencapaciteit met ten minste 225 bedden zou worden uitgebreid. Op basis van een op 25 januari 1956 gesloten "samenwerkings- overeenkomst" zou de Stichting "het Protestants Ziekenhuis" een percentage van de dekking van de kosten van de predikantensalarissen op zich nemen.

In 1974 was deze kostenpost al opgelopen tot een schuld van ruim 64.000 gulden. De uit 1956 daterende financiële verplichting om 1/3 deel van de predikantensalarissen te betalen was veel te zwaar geworden. De stichting slaagde er niet meer in om van de deelnemende kerken en van particulieren voldoende financiële middelen te verwerven. Daarnaast was het stichtingsbestuur van mening, dat de geestelijke verzorging in ziekenhuizen landelijke erkenning had verworven en dat daarvoor voortaan wel een bedrag in de verpleegprijs kon worden opgenomen. Ook de onderhoudskosten voor de kerkruimte en het liturgisch stiltecentrum konden niet langer worden opgebracht. De gemeente Zwolle bood de helpende hand. Het Sophia-ziekenhuis was bereid voortaan de kosten voor de predikantensalarissen te dragen. In het bestuur en het takenpakket van de Stichting "het Protestants Ziekenhuis" traden met ingang van 1 januari 1976 grote veranderingen op. Voortaan hield de stichting zich enkel nog bezig met de benoeming van bestuursleden voor de stichting Sophia-Ziekenhuis, de Stichting "Zandhove" en het opstellen van bindende voordrachten voor de benoeming van ziekenhuispredikanten.

Het besluit tot opheffing van de stichting viel tijdens een bestuursvergadering op 25 november 1998. De belangrijkste taken konden niet langer worden uitgeoefend. Van de deelnemende kerken was schriftelijk toestemming tot ontbinding van de stichting ontvangen. De heren F.N. Ridderbos en E.M. Samsom werden belast met de afwikkeling van de liquidatie van de stichting. Besloten werd om de batige gelden te bestemmen voor de inrichting van de kerkzaal, het stilte-centrum en andere doelen van het pastorale werk in het ziekenhuis.