De Nederlandse Protestantenbond (NPB) werd in juli 1870 te Utrecht opgericht als gevolg van een anti-confessionele beweging, die in Dokkum begon. Zij was een reactie op de in 1862 opgerichte Confessionele Vereeniging.
De voorzitter van de eerste algemene vergadering was prof. mr. C.W. Opzoomer. Het doel van de NPB was te strijden voor het vrijzinnig element in de Nederlandse Hervormde, Remonstrantse, Doopsgezinde en Lutherse Kerken. Vanaf het begin waren er twee stromingen. De ene zag de NPB als de vrijzinnige kerk van de toekomst, die de andere kerken overbodig zou maken. De andere beoogde een bestrijding van het confessionalisme, waardoor de kerken gezuiverd zouden worden. Vooral in gemeenten waar de orthodoxe prediking overheerste, werden afdelingen opgericht. Pas na de oorlog tussen Duitsland en Frankrijk (1870-1872) nam de bond een grote vlucht en in een groot aantal plaatsen werden afdelingen opgericht.
Op maandag 9 februari 1874 kwam op initiatief van mr. H. Machielsen, E.P. van Steenbergen en ds. J. van Loenen Martinet een achttiental personen in Odeon bijeen om in Zwolle een afdeling van de NPB op te richten. Er werd een concept-reglement opgesteld, dat ter goedkeuring aan het hoofdbestuur werd gezonden. Verder werd een bestuur gekozen, bestaande uit mr. H. Machielsen, E.P. van Steenbergen, S. van Deventer H.Azn. J.W. van Rees en J. van Loenen Martinet. Uit hun midden werd H. Machielsen tot voorzitter gekozen. J. van Loenen Martinet werd secretaris en E.P. van Steenbergen penningmeester.
De landelijke bond vierde op 29 oktober 1895 in Zwolle haar zilveren jubileum, omdat hier één van de bloeiendste afdelingen bestond. Honderden kinderen bezochten de zondagsscholen, die werden gehouden in de Brouwersschool en de Celeschool. Verder was er een jongeliedenkerk, die met name onder leiding van de hoofdonderwijzers H. Wuite en A.F. Eshuis veel belangstelling trok. In 1883 werd een koraalvereniging opgericht. Op 1 maart 1953 vierde dit het 70-jarig bestaan.

Op initiatief van de Zwolse afdeling kwam in 1894 een vereniging voor wijkverpleging tot stand. Zo kon mej. A. dekker als eerste wijkzuster in Zwolle aan de slag.
In 1969 trad het gehele bestuur af en werd een nieuw bestuur gekozen. Het dagelijks bestuur bestond toen uit ir. J. van Zijll, voorzitter, Z. Koeslag, secretaris, en mej. W.E. Kouwenaar, penningmeesteres. Verder maakten deel van het bestuur uit: H. Hannessen, administrateur van 'Ons Huis' (zie onder Huisvesting), A.W. Helmink, bouwkundig specialist, en H. Zwakenberg, algemeen adviseur. De situatie was verre van rooskleurig. Vele jaren waren er geen activiteiten ontwikkeld voor de leden. Als gevolg daarvan werden de ledenvergaderingen niet bezocht en liep het aantal leden sterk terug. Het voorgaande bestuur had plannen om de afdeling op te heffen en 'Ons Huis' te verkopen. Zover is het echter niet gekomen.
In het najaar van 1974 kwam in Zwolle een federatie van drie organisaties, die zich bewogen op het terrein van het vrijzinnig protestantisme tot stand, namelijk de Nederlandse Protestanten Bond afdeling Zwolle, de Vrijzinnig Christelijke Jeugd Centrale en de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden (VVH). Deze federatie, die de naam Vrijzinnig Protestantse Federatie (VPF) droeg, stelde zich te doel de totstandkoming en het onderhouden van een bundeling van vrijzinnige protestanten in Zwolle, zowel in georganiseerd verband als individueel, en het beleggen van gezamenlijke bijeenkomsten in vrijzinnig protestantse geest. De samenwerking was echter van korte duur. In juni 1977 besloot de VVH op haar jaarvergadering zich uit de VPF terug te trekken.

Begin 1884 stelde het bestuur een commissie in om een plan te maken voor het realiseren van een eigen gebouw. Dat kwam er pas in 1897. Toen kocht men het pand Thorbeckegracht 11 van P. Menschaar. Het nieuwe onderkomen kreeg de naam 'Ons Huis' en werd gebruikt voor vergaderingen en lezingen. Het bestuur vond dat de administratie ervan apart van de gewone rekening gevoed moest worden. De eerste administrateur was H. van Gorkum, uit de uitgaven voor onderhoud, verwarming e.d. en de inkomsten uit verhuur van de zaal aan verenigingen of instellingen bijhield.

Toen de afdeling in 1979 werd opgeheven, kwam het gebouw in bezit van de landelijke Nederlandse Protestantenbond te Utrecht. Op 23 december 1981 ging het gehele vermogen van de afdeling Zwolle van de Nederlandse Protestantenbond in liquidatie naar de landelijke vereniging. In het najaar 1984 vestigde het algemeen secretariaat zich in het pand, dat werd omgedoopt in Thorbeckehuis.