De bestuurscommissie over de bijzondere school der eerste klasse, die in 1850 benoemd werd door de kerkeraad van de Afgescheiden Gemeente, was statutair niet gebonden aan deze kerkeraad. Noch in het Reglement van deelneming noch in het Reglement van orde wordt gesproken over de kerkeraad. Integendeel, het bestuur over de school werd geheel zelfstandig uitgeoefend, zonder verantwoording af te leggen aan de kerkeraad. Dit was deels een gevolg van de Onderwijswet van 1806, die bepaalde dat op een school uitgaande van een kerk alleen leden van die kerk kinderen mochten plaatsen. Omdat de kerkeraad de school ook open wilde stellen voor kinderen van andere gezindten, moest er een zelfstandige commissie met het bestuur belast worden. Bovendien zou een statutaire band juist de leden van andere kerken afschrikken. Een afgescheiden meerderheid in de commissie achtte de kerkeraad voldoende. Dat dit een misrekening zou blijken te zijn, is al uiteengezet. Ook was de commissie geen verantwoording schuldig aan de onderekenaars van het Reglement van deelneming. Ieder die tot aankoop van een schoolgebouw bijdroeg was medeëigenaar, máár het beheer lag geheel in handen van het bestuur, dat naar eigen goeddunken kon handelen. Op de aanstelling van bestuursleden hadden zij ook geen invloed, omdat de commissie haar eigen vacatures opvulde. * 

In 1859 kwam aan deze zelfstandigheid een eind. De Afgescheiden Gemeente nam de school in eigendom over en benoemde een nieuwe bestuurscommissie. Zij moest de school besturen en beheren volgens een door de kerkeraad opgemaakt en door de bestuursleden ondertekend Reglement. Bestuursleden en personeel zouden door de kerkeraad benoemd en zonodig ontslagen worden. Elk jaar moest een begroting ingediend worden ter vaststelling door de kerkeraad. Bovendien moest het bestuur elk jaar rekening en verantwoording afleggen over het gevoerde financieel beleid. De kerkeraad had het recht het Reglement te wijzigen. Organisatorisch vormde het schoolbestuur nu een onderdeel van de Afgescheiden Gemeente, hoewel de bestuursleden geen lid van deze gemeente behoefden te zijn. * 

In 1894 nam de door ouders, voogden en contribuanten opgerichte Vereniging voor Gereformeerd Schoolonderwijs het bestuur van de school, met alle daaraan verbonden rechten en verplichtingen, over van de commissie, die ontbonden werd. Hoewel er nu sprake was van een zelfstandige organisatie, werd de band tussen de school en de kerkeraad niet geheel verbroken. De Gereformeerde Kerk A kreeg statutair het recht om er op toe te zien of het onderwijs gegeven werd in overeenstemming met de Heilige Schrift naar de verklaring van de Gereformeerde Kerken in Nederland, vervat in de drie Formulieren van Eenigheid. Drie van de negen bestuursleden zouden benoemd worden door de kerkeraad. Bovendien hield deze het schoolgebouw in eigendom. In de loop der jaren werd de band losser gemaakt. In 1906 kocht de vereniging het schoolgebouw en in 1908 verviel de statutaire bepaling dat drie bestuursleden door de kerkeraad benoemd werden. *  Er was sinds 1894 sprake van een vereniging in moderne zin. Niet het bestuur maar de ledenvergadering was het hoogste orgaan, die in laatste instantie besliste over het doen en laten van het bestuur.

Het bestuur kende de functies van voorzitter, secretaris en penningmeester, ieder met de normale taken. In 1909 werd het aantal penningmeesters uitgebreid. De financiële administratie van beide scholen werd gebracht onder afzonderlijke penningmeesters, één voor het LO en één voor het MULO. Hierboven kwam een algemene penningmeester, die de verenigingsfinanciën beheerde. *  In 1920 werd de financiële administratie opgedragen aan een bezoldigd administrateur. De penningmeester beperkte zich tot periodieke controle van zijn arbeid. *  Zijn benoeming was het gevolg van de groei van de administratieve arbeid die nodig was voor de verkrijging van de rijks- en gemeentelijke bijdragen. De nodige formulieren moesten ingevuld worden, vooral na de invoering van de Onderwijswet-De Visser in 1920, die de volkomen financiële gelijkstelling tussen openbaar en bijzonder onderwijs bracht. Omdat de vereniging voor een groot deel afhankelijk was van de overheidsbijdragen, werd de arbeid van de administrateur steeds belangrijker. Alle stukken met financiële betekenis moesten onder zijn beheer gebracht worden, omdat hij zijn opgaven moest kunnen verantwoorden. Zo ontwikkelde de administrateur zich ook tot beheerder van het archief. Ook een groot gedeelte van de correspondentie werd door hem afgewikkeld. Hij drukte in de loop der jaren zijn stempel steeds duidelijker op de administratie van de vereniging.

Een andere belangrijke organisatorische ontwikkeling was de instelling van schoolcommissies. In het Huishoudelijk Reglement van 1936 werd bepaald, dat aan iedere school een dergelijke commissie verbonden moest worden. Het Reglement voor de schoolcommissies regelde hun samenstelling en werkwijze. Iedere commissie bestond uit vijf leden: de voorzitter en de vice-voorzitter benoemd door en uit het bestuur; de overige drie gekozen door de oudervergadering, behorend bij die school, uit de leden van de vereniging. Zij had tot taken: de behartiging van de belangen van de school, het onderhouden van contact met de ouders en het treffen van voorlopige beschikkingen met betrekking tot het onderwijs. Op deze wijze decentraliseerde het bestuur een gedeelte van zijn taken en kon het zich geheel richten op beleidsaangelegenheden. De dagelijkse leiding van de scholen lag in handen van de commissies. Naast voorzitter en secretaris fungeerde ook een penningmeester die belast was met de financiële administratie van de school; met name de inning van schoolgeld en contributies en het doen van uitgaven binnen het kader van de door het bestuur vastgestelde begroting. De schoolcommissies vormden eigen archieven die niet werden verenigd met het verenigingsarchief. * 

Bij de statutenwijziging van 1965 werd deze organisatiestructuur verder uitgewerkt. Het centraal bestuur werd belast met het algemeen beleid, met de coördinatie van de activiteiten van de schoolbesturen, met de benoeming, het ontslag en de schorsing van personeel en met het beheer van de verenigingseigendommen. Het centraal bestuur bestond uit de voorzitters van de schoolbesturen en minstens vier leden gekozen door de ledenvergadering. Het was verantwoording schuldig aan de leden vergadering.

Elke school werd bestuurd door een schoolbestuur gekozen door en uit de ouders van de schoolgaande kinderen. De bevoegdheden van de schoolbesturen waren uitgebreid, in vergelijking met 1936. Het schoolbestuur behartigde de meeste aangelegenheden die de school betroffen zelf. Bovendien adviseerde het centraal bestuur bij de opstelling van de begroting, bij eventuele verbouwingen en aanschaffingen en inzake personeelsaangelegenheden. De schoolbesturen, die verantwoording schuldig waren aan centraal bestuur en oudervergadering, waren dus sinds 1936 steeds belangrijker geworden in de organisatie van GSO. Zij hielden zich bezig met de praktische gang van zaken op de scholen. Het centraal bestuur beperkte zich tot coördinatie van het beleid. * 

Hoewel de vereniging voor CVO in 1894 was opgericht als een plaatselijke afdeling van een landelijke vereniging, was er geen strakke band tussen beide organisaties. De Zwolse afdeling stelde haar eigen Reglement vast. Alleen de artikelen 1. en 2. betreffende de grondslag en de taken van de vereniging grepen terug op het Reglement van de landelijke vereniging en mochten niet veranderd worden. Het bestuur werd gekozen door de ledenvergadering, aan wie het ook verantwoording schuldig was. *  In de praktijk al een zelfstandige vereniging sinds 1894 werd de Afdeling Zwolle van de Vereniging voor Christelijk Volksonderwijs in 1944 ook formeel zelfstandig. De naam werd gewijzigd in Vereniging voor Christelijk Volksonderwijs te Zwolle. * 
Dit hield verband met de opheffing van de landelijke vereniging door de Duitse bezetter. *  Erg ingrijpend voor het verenigingsleven was het niet. Bij de wijziging van de statuten in 1953 wist men niet eens, dat er in 1944 ook een statutenwijziging was geweest. * 

CVO ging in 1929 over tot de instelling van een administratief bureau. De administrateur kreeg tot taak de uitvoering van de door het bestuur opgedragen administratieve taken en de verzorging van de correspondentie. *  Ook hier een steeds verdere uitbreiding van de taken en betekenis van de administrateur in de organisatiestructuur van de vereniging.

Ook bij CVO zien we als gevolg van de uitbreiding van het aantal scholen en daardoor van de werkzaamheden van het bestuur, de instelling van commissies voor afzonderlijke scholen. Het Reglement voor de oudercommissies van 1940 bepaalde dat aan elke school een oudercommissie verbonden zou zijn, waarvan de leden benoemd werden door het bestuur. Zij had tot taken: de bevordering van het contact tussen de ouders en de school, de bevordering van de bloei van de school en de ondersteuning van de school bij de vervulling van haar taak. *  De bevoegdheden zijn minder vergaand dan bij GSO. Het bestuur van CVO bleef nauwer betrokken bij de dagelijkse gang van zaken op de afzonderlijke scholen dan het bestuur van GSO. In de statuten kwamen de schoolcommissies niet voor tot 1968. Toen werden, net als bij GSO, ingesteld een centraal bestuur en subbesturen per school. Hun taken en bevoegdheden waren ongeveer dezelfde als bij GSO. Het centraal bestuur van CVO had echter een grotere invloed op de schoolbesturen, doordat de voorzitters van de subbesturen benoemd werden door en bij voorkeur uit het centraal bestuur. Bovendien werd het gehele centraal bestuur gekozen door de ledenvergadering en niet voor een deel door de schoolbesturen, zoals bij GSO. De decentralisatie was bij CVO dus minder vergaand. * 

Hoewel de statuten waarin deze bestuursstructuren vastgelegd zijn, maar enkele jaren van kracht zijn geweest, kunnen ze niet als onbelangrijk gekwalificeerd worden. De voor GSO in 1965 en voor CVO in 1968 in de statuten vastgelegde gedecentraliseerde bestuursstructuur was niet iets nieuws, maar het eindpunt van een lange ontwikkeling. Kennis van de bestuursstructuur zoals deze tot ons komt in de statuten van 1965 resp. 1968 is niet alleen van belang voor de daaropvolgende periode, maar vooral ook voor het begrijpen van de periode die daaraan vooraf ging.