Het archief van de Vilsterenshuizen is in vroeger eeuwen waarschijnlijk beheerd, c.q. bewaard door de provisoren en later door één der bestuursleden. Gezien het feit dat weinig archivalia bewaard zijn gebleven uit de eerste periode kunnen we concluderen dat het merendeel der archiefstukken helaas verloren is gegaan. Zoals al geschetst berustte het toezicht bij het stadsbestuur. Omdat door de eeuwen heen het stadsbestuur vrij intensief betrokken is geweest bij het reilen en zeilen van de stichting en later zelfs bij de algehele besluitvorming, bestaat het vermoeden dat de archivalia ervan vermengd zijn geraakt met het stadsarchief. Dit vermoeden wordt nog versterkt doordat leden van de magistraat veelal in dezelfde periode fungeerden als provisoor van de Vilsterenshuizen. Vooral in de 18e eeuw gebeurde dit regelmatig. Waarschijnlijk heeft men rekeningen en andere stukken ter verantwoording of goedkeuring aangeboden aan het stadsbestuur, dat daarop gehandeld heeft als ware het zijn eigen archiefstukken. Als gevolg hiervan zijn er een aantal stukken waarvan nu niet meer met zekerheid is vast te stellen of het stukken zijn die behoren tot het stadsarchief, danwel tot het archief van de Vilsterenshuizen. Dit betreft uitsluitend enkele stukken van voor de 19e eeuw. Besloten is deze stukken in te delen bij het archief van de Vilsterenshuizen, waar ze ook zijn aangetroffen en tenminste een eeuw hebben berust. Naast bovengenoemde archiefbescheiden is er in 1972 een schenking gedaan door het toenmalige bestuur van de Vilsterenshuizen, waarbij drie meter archief van deze stichting is geschonken aan de gemeentelijke archiefdienst.

Deze schenking betrof de periode 1620-1968. In 1982 en 1983 kwam er nog een aanvulling op het archief van de Vilsterenshuizen betreffende de periode 1945-1976. Na de liquidatie in 1984 werd het archief nogmaals aangevuld met voornamelijk financiële bescheiden een correspondentie betreffende de periode 1959-1983. Voorts werd in januari 1984 de legger betreffende de periode 1628-1690 aan dit archief toegevoegd. Deze legger is door Mevrouw A.M. Kutsch Lojenga-Rietberg wonende te Overveen, geschonken aan de Gemeentelijke Archiefdienst Zwolle om hiermee het archief van de Vilsterenshuizen te completeren. De totale omvang van het archief omvat nu plusminus 5 meter. Er viel bij de in de gemeentelijke archiefbewaarplaats aanwezige archiefbescheiden een summiere chronologische ordening te ont-dekken. Vanaf de 19e eeuw waren de ingekomen en minuten van uitgaande stukken redelijk chronologisch opgeborgen. Bepaalde onderwerpen werden daarvan echter uitgezonderd. Deze werden waarschijnlijk gemakshalve apart opgeborgen. Dit geschiedde onder andere met de bestuursbenoemingen en de besluiten voor opname van proveniers. Binnen zo'n zaak werd weer chronologisch geordend. Dezelfde soort ordening werd aangetroffen bij de archiefgedeelten die onlangs door de secretaris en penningmeester van de stichting zijn overgedragen. Deze oude ordening is na enige kleine correcties derhalve gehandhaafd. Van de charters zijn regesten gemaakt, die als "regestenlijst" in de inventaris is opgenomen. Voorts zijn er lijsten opgesteld van "provisoren", "bestuurders" en "administrateurs". Deze lijsten zijn als bijlagen opgenomen in de inventaris. Voor dit archief zijn geen beperkende bepalingen voor wat betreft de openbaarheid gesteld, voor zover de privacy niet in het geding komt!