Bij Koninklijk Besluit werd aan de Hervormde Kerk in 1816 een Algemeen Reglement opgelegd. De oude gedecentraliseerde organisatie (d.w.z. van kerkeraad via classis en provinciale synode naar de generale of landelijke synode) werd vervangen door een gecentraliseerde (generale synode, provinciaal kerkbestuur, classis, ring en kerkeraad) waarin de meeste macht berustte bij de generale synode. Tezamen met een aantal immateriële zaken als de verruiming van de proponentsformule (waarmee aanstaande predikanten zich aan de kerk verbinden), invoering van de evangelische gezangen en een minder stringente toepassing van de Dire Formulieren van Enigheid (de Nederlandse Geloofsbelijdenis, de Heidelbergse Catechismus en de 5 artikelen tegen de Remonstranten) leidde dit volgens de rechtzinnige vleugel tot teveel vrijzinnigheid.

Het protest tegen deze zaken kwam vooral tot uiting in het organiseren van aparte bijeenkomsten, de conventikels. Tijdens deze bijeenkomsten werden o.a. preken gelezen van oude gereformeerde rechtzinnige predikanten. Dit liep uit op de Afscheiding van 1834 toen de rechtzinnige predikant van het Groningse Ulrum, ds. de Cock, in conflict kwam met de kerkelijke overheden, omdat hij een aantal kinderen van rechtzinnige ouders uit een naburige gemeente doopte. Hij scheidde zich met het overgrote deel van zijn gemeente op 14 oktober 1834 af van de Hervormde kerk. Al vrij snel volgden anderen hem. Ondertussen begon ds. De Cock overal in het land te preken en gemeenten te stichtten. In Overijssel stichtte hij o.a. de gemeenten van Genemuiden (1 juni 1835) en Kampen (4 juni 1835). Een aantal andere gemeenten werden in december van dat jaar gesticht. Ook de afgescheiden predikant van Hattem, Anthony Brummelkamp, preekte veel in Overijssel. Hij stichtte bijv. de gemeenten van Hasselt, Rouveen, Dalfsen en Ommen.

De Afgescheidenen stonden aan zware vervolgingen bloot. Enkele maatregelen die tegen hen genomen werden waren inkwartiering van soldaten, hoge boetes en gevangenisstraffen. Reeds in 1836 hielden de Afgescheidenen hun eerste landelijke vergadering. Een punt van bespreking waren de vervolgingen. Op deze vergadering werd de theologiestudent Albertus Christiaan van Raalte na een geslaagd examen toegelaten als predikant en een dag later trouwde hij met Johanna Christina de Moen en werd zodoende een zwager van Brummelkamp en ds. Simon van Velzen de leider van de Afscheiding in Friesland. Van Raalte werd predikant in provinciale dienst en woonde in Genemuiden van 1836-1839 en in Ommen van 1839-1844. Hij zou de leider van de Afscheiding worden in Overijssel.

Op 21 december 1835 vond in Overijssel de eerste provinciale kerkvergadering plaats van de gemeenten Jesu Christi zoals men zich in het begin noemde. Net als elders in het land bleven conflicten ook hier niet uit en er ontstond verdeeldheid over het punt of men de kerkorde die in 1837 op de landelijke synode te Utrecht aangenomen was moest aanvaarden. Deze kerkorde was een aanpassing van de kerkorde van Dordrecht 1618/1619 naar de toestand van dat moment. Een ander strijdpunt was of men erkenning door de overheid zou aanvragen of niet. Erkenning hield o.a. in dat men de naam gereformeerd niet in het openbaar mocht gebruiken. Vele gemeenten waren de zware vervolgingen moe en vroegen erkenning aan en zo ontstond de Christelijke Afgescheidene Kerk.

Enkele gemeenten wilden dit niet en stapten daarom uit het kerkverband. In 1844 organiseerden zij zich in de Gereformeerde Kerk onder het Kruis. In Overijssel waren er o.a. Kruisgemeenten in Zwolle (olv. de bekende oefenaar en latere predikant W.W. Smitt), Kampen, Hasselt, Zwartsluis, Borne en Rijssen. Ze waren in Overijssel georganiseerd in de classis van Overijssel.

Nog waren de problemen niet voorbij want in 1843 liepen de meningsverschillen zo hoog op dat de landelijke synode een mislukking werd. Het grote probleem was in hoeverre men zich aan de kerkregeling moest conformeren indien met het niet helemaal eens was met een bepaald punt. Er ontstond nu een grote versplintering onder de Afgescheidenen. De volgende synode, in 1846, bracht geen oplossing van de problemen, integendeel. Een van de punten waarover men het onderling niet eens kon worden was of het dragen van het ambtsgewaad verplicht gesteld moest worden of niet. Er ontstonden ernstige scheuringen in Gelderland en Overijssel zodat voor- en tegenstanders elk apart gingen vergaderen. Zodoende ontstonden er twee provinciale kerkvergaderingen van Overijssel en Gelderland. De voorstanders groepeerden zich rond ds. Postma en Wissink en bestonden uit de classes Hattem in Gelderland en Zwolle in Overijssel *  . Zij zouden de latere synodale richting vormen *  . De tegenstanders verenigden zich rond de personen van ds. Brummelkamp en ds. Van Raalte en bestonden uit de classes Ommen en Holten in Overijssel en de classes Arnhem en Varsseveld in Gelderland *  .

Beide groepen hielden zich bezig met het probleem van de opleiding van predikanten. Dit zou pas opgelost worden na de vereniging van beide groepen in 1853. De generale synode van 1854 besloot toen tot de oprichting van een theologische school in Kampen. Opvallend is dat men elkaar in deze periode bleef erkennen als gereformeerde broeders. Ze voelden zich slechts tijdelijk van elkaar verwijderd. Zo hielpen de predikanten van beide groepen elkaar bij het examineren van aanstaande predikanten! Desondanks bleek de hereniging nog een moeizaam proces *  .

Bij de hereniging in 1853 werden de classes opnieuw ingedeeld waarbij er drie classes ontstonden, Ommen, Holten en Zwolle *  . Voor de vereniging tot stand kwam was er echter al een andere diepingrijpende gebeurtenis voorgevallen. In september 1846 vertrok ds. Van Raalte met een groep volgelingen naar de staat Michigan in de Verenigde Staten. De volgende jaren zouden nog vele mensen de oversteek wagen. In enkele plaatsen vertrok soms wel de helft van de leden van de Christelijke Afgescheiden gemeente ter plaatse. De motieven voor deze landverhuizing waren: onvrijheid in godsdienstoefeningen en prediking, de belastingen waaraan moest worden meebetaald en het ontbreken van christelijk onderwijs zodat men niet aan de doopbelofte betreffende een christelijke opvoeding kon voldoen.

In 1869 vond er een vereniging plaats met de Gereformeerde Kerk onder het Kruis. Van de classis Overijssel *  van die kerk gingen de kerken van Avereest, Rouveen en Rijssen niet mee. Het nieuwe kerkgenootschap noemde zich Christelijke Gereformeerde Kerk. De Afscheiding was vooral een zaak voor het westelijk deel van Overijssel want in Twente waren maar weinig gemeenten van de Afgescheidenen en Kruisgezinden en dan nog voornamelijk in het westelijk deel (Rijssen, Nijverdal, Enter). Met de opkomst van de industrialisatie gaat ook de provinciale synode zich bezig houden met wat men noemt de inwendige of provinciale binnenlandse zending. De Kruisgezinden hadden reeds in 1861 te Borne en 1868 te Enschede een kerk gesticht.

Een tweede grote afsplitsing van de Hervormde Kerk, de Doleantie genaamd, vond plaats in 1886. In Overijssel gingen 18 kerken mee en in Drenthe maar 3. Ze vormden met elkaar de gecombineerde classis Overijssel-Drenthe,VNOOT>Zie bijlage IV voor de kerken van die classis. van de Nederduitsch Gereformeerde Kerk (dolerende). Ze namen deze naam aan omdat zij meenden dat ze de rechtmatige opvolgers waren van de oude Nederduitsch Gereformeerde Kerk zoals die bestond voor 1816. Het adjectief dolerende slaat op het feit dat zij zich onrechtmatig van kerkelijke goederen beroofd achtten. Deze kerk verenigde zich in 1892 met de Christelijke Gereformeerde Kerk onder de naam Gereformeerde Kerken in Nederland (GKN). Een aantal Christelijke Gereformeerde Kerken en delen van kerken gingen niet mee met de vereniging maar bleven voortbestaan als Christelijke Gereformeerde Kerk. In Overijssel gingen alle kerken met de vereniging mee.

De vereniging van de meerdere vergaderingen (generale en provinciale synode en classis) werd direkt doorgevoerd. De classicale indeling veranderde echter niet in Overijssel. De vereniging van de plaatselijke kerken werd aan die kerken zelf overgelaten. Als onderscheid droegen ze vaak nog jarenlang de toevoeging A (een kerk voortgekomen uit de Afscheiding) of B (een kerk voortgekomen uit de Doleantie).

In 1906 werd een reorganisatie doorgevoerd en werden de provinciale synodes van Friesland en Zuid-Holland in twee delen gesplitst. Sindsdien spreekt men van particuliere synode. Met de vereniging in 1892 waren de conflicten echter nog niet de wereld uit want in 1926 werd dr. Geelkerken afgezet na zijn weigering een uitspraak van de Generale Synode van Assen te aanvaarden. Uit dit conflict ontstonden de Gereformeerde Kerken in hersteld Verband die al in 1946 opgingen in de Hervormde Kerk. Een sinds 1905 sluimerend conflict over doop en wedergeboorte kwam in 1944 tot uitbarsting en staat bekend als de Vrijmaking. Onder leiding van de afgezette prof. K. Schilder verlieten velen de GKN. Dit leverde de Gereformeerde Kerken in Nederland Vrijgemaakt op (aanvankelijk gebruikte men de toevoeging "onderhoudende art. 31 van de Kerkorde"). De Vrijmaking heeft sterk om zich heen gegrepen in Overijssel.

In 1937 werd de classis Deventer gesplitst in een classis Deventer en een classis Almelo. De volgende splitsing van een classis gebeurde in 1940. Toen werd de classis Ommen gesplitst in een classis Ommen en een classis Hardenberg. Dit gebeurde omdat het aantal kerken te groot was geworden om goed te kunnen vergaderen in classicaal verband. Door de inpoldering van de Noordoostpolder groeide het aantal kerken in de classis Zwolle zodat in 1954 deze classis gesplitst werd in de classis Zwolle en de classis Emmeloord *  .