Het familiearchief Heerkens berustte in de eerste helft van de vorige eeuw nagenoeg in dezelfde omvang, waarin het thans op het Rijksarchief in Overijssel aanwezig is, onder mr. Franciscus P.A. Heerkens en diens vrouw Maria Christina Rijsevelt op hun buiten Hofvliet. Heerkens had het archief voor zijn tijd zeer goed toegankelijk gemaakt door middel van een tweetal inventarissen (thans de nummers 1433 en 1434) en bewaarde het in de orde van die inventarissen in een loketkast op zijn werkkamer. Na zijn dood in 1865 moet het zijn vererfd op zijn zoon mr. J.N.J. Heerkens, die spoedig daarna eveneens overleed. Aangezien J.N.J. Heerkens geen mannelijke afstammelingen had, zal het archief kortere of langere tijd na zijn dood zijn gesplitst, waarbij het gedeelte, afkomstig van de vaderskant van de erflater, overging naar een van de nog levende leden van de familie Heerkens en aldus uiteindelijk in handen kwam van Theodorus E.F. Heerkens (1854-1909), de laatste van zijn familie in mannelijke lijn. Het andere gedeelte, afkomstig van de familie Rijsevelt, waaraan Theodorus Heerkens niet verwant was, bleef in het bezit van de afstammelingen van mr. J.N.J. Heerkens en is aldus tenslotte vererfd op de heer H.F. Heerkens Thijssen te Bloemendaal, die het in 1974 aan het Rijksarchief in Overijssel in bewaring gaf. Eveneens in dat jaar werd dankzij de bemiddeling van de heer Heerkens Thijssen nog een belangrijke aanvulling ten geschenke gekregen van de heer J.M. van Sonsbeeck te Heino. Deze aanvulling bestond uit archiefbescheiden afkomstig van de reeds meermalen genoemde Theodorus Heerkens en diens ouders, Lodewijk Heerkens en Anna van Sonsbeeck.

Inmiddels was het Rijksarchief toen reeds ruim zestig jaren in het bezit van het gedeelte, dat vererfd was op Theodorus E.F. Heerkens en dat deze nog had aangevuld met een aantal stukken, afkomstig van zijn ouders. Dit deel werd namelijk in het begin van deze eeuw in drie etappes aan het Rijksarchief in Overijssel geschonken. De beide eerste schenkingen werden gedaan door Theodorus E.F. Heerkens zelf in de jaren 1908 en 1909. Zij bestonden voornamelijk uit charters *  . In 1911, na zijn dood, schonk zijn moeder, mevrouw L.H. Heerkens -van Sonsbeeck het laatste gedeelte onder de voorwaarde, dat geen archivalia uit dit archief ooit aan een andere archiefinstelling blijvend zou worden afgestaan *  .

Met deze schenking was echter niet, zoals ten onrechte wordt vermeld in de Verslagen omtrent 's Rijks Oude Archieven over 1911 *  het familiearchief compleet aan het Rijksarchief in Overijssel overgedragen. Nog afgezien van het gedeelte, dat onder de afstammelingen van mr. J.N.J. Heerkens was gebleven en waarvan men op het Rijksarchief het bestaan niet eens vermoedde, laat een vergelijking met de inventaris van F.P.A. Heerkens zien, dat enkele belangrijke segmenten uit het van Th. Heerkens afkomstige deel van het archief zijn verdwenen.

De stukken, die ontbreken zijn in de eerste plaats die betreffende de familie van Sonsbeeck en de daaraan oudst verwante families, lopende over een periode van 1464 tot 1692. Vermoedelijk heeft mevrouw Heerkens-van Sonsbeeck deze stukken aan haar eigen familie geschonken. Voorts ontbreken een tiental charters, betrekking hebbend op de dominicaan Engelbert Wijer (1581-1640). In de inventaris van F.P.A. Heerkens vindt men hierover aangetekend, dat deze in 1902 door Theodorus E.F. Heerkens werden geschonken aan de paters Dominicanen te Zwolle. Ook de archivalia betreffende de geleerde Gerard Nicolaas Heerkens zijn op een enkele uitzondering na niet meer aanwezig. Een essentiële lacune vormt tenslotte het ontbreken van de genealogische aantekeningen van mr. F.P.A. Heerkens betreffende zijn eigen familie en de daaraan oudst verwante geslachten. F.P.A. Heerkens heeft twee flinke portefeuilles met genealogische aantekeningen nagelaten (thans de nummers 1458-1492), waarvoor hij de gegevens uiteraard in de eerste plaats geput heeft uit zijn eigen archief, maar die hij verder op tal van manieren, zoals bijvoorbeeld door het vervaardigen van uittreksels en afschriften van niet onder hem berustende archivalia, door het raadplegen van literatuur en door correspondentie met genealogen en andere geschiedbeoefenaars, heeft trachten aan te vullen. Het ligt voor de hand te veronderstellen, dat hij zich voor de geschiedenis van zijn eigen familie extra moeite zal hebben gegeven, zodat het des te meer te betreuren valt, dat nu juist dit gedeelte hier moet ontbreken. Niet aanwezig bleken tenslotte ook te zijn de aantekeningen over de familie Waeyer, waaruit de befaamde Zwolse aartspriester Arend Waeyer (1606-1692) stamde. Ook dit is een gemis, omdat over deze familie slechts weinig bekend is.

Anderzijds konden tijdens de inventarisatie een aantal afgedwaalde bescheiden, die bleken te zijn ondergedoken in enige collecties van het Rijksarchief, worden opgespoord en teruggeplaatst.