De administratie van de scheepsboekhouding was net als die bij de reguliere hypothecaire en kadastrale boekhouding per arrondissement ingericht. In Overijssel waren dat de arrondissementen Zwolle, Deventer en Almelo. Aan 'het hoofdkantoor van bewaring der Scheepsbewijzen en algemeen kantoor der bewaring van de eigendomsbewijzen van zee- en andere schepen' te 's-Gravenhage moesten de Bewaarders wekelijks afschriften van het 'dagregister' alsmede van de in- en overgeschreven akten verzenden.

Ter onderscheiding van de administratie van de reguliere hypothecaire en kadastrale boekhouding vond die van de scheepsboekhouding plaats in aparte series registers en toegangen. Behalve dat leggers bij de scheepsboekhouding ontbraken, verschilden deze registers en de toegangen daarop haast niet van de registers en toegangen van de reguliere boekhouding. Zo waren er ook series 'Registers Hypotheken no. 1 t/m 4' doch met de toevoeging van de woorden 'Schepen en Vaartuigen'. Op deze registers bestonden in de periode 1838-1926 repertoria als de delen 'Algemeen Register no. 2 Schepen en Vaartuigen', met als de toegangen hierop de 'Alphabetische Naamwijzer no. 5 Schepen en Vaartuigen' en de 'Aphabetische Naamwijzer no. 6 Schepen en Vaartuigen'.

Voor wat het 'Register Hypotheken no. 4 Schepen en Vaartuigen' van het kantoor Deventer betreft, zij meegedeeld dat alleen de namen van de eigenaren, van eventuele schuldeisers en schuldenaren, en van de schepen zelf in de jaren 1838-circa 1870 dé registratiekenmerken bij de scheepsboekhouding waren. Dit ondanks het feit dat reeds vanaf 1838 sprake was van het aanbrengen van brandmerken op schepen en vaartuigen. Na 1870 werd vermelding van de brandmerken als een van de registratiekenmerken in de scheepsboekhouding steeds gangbaarder.

Van de akten die ter in- of overschrijving op het hypotheekkantoor werden aangeboden, werd eerst een aantekening gemaakt in het zg. 'dagregister' ('Register Hypotheken no. 1 Schepen en Vaartuigen'). In het 'dagregister' werd per dag en in volgorde van aanbieding van de akte genoteerd de naam van de aanbieder, een korte omschrijving van de inhoud en de verschuldigde leges. Bovendien werd in geval van eigendomsovergang de waarde van het betreffende schip of vaartuig vermeld en in geval van hypotheek de hoogte van het verschuldigde bedrag. Na registratie in het dagregister volgden de eigenlijke over- of inschrijving. Overgeschreven werden de akten van eigendomsovergang van schepen en vaartuigen, eventueel bezwaard met zakelijke rechten. Overschrijving van dit soort akten gebeurde in het zg. register van overschrijving ('Register Hypotheken no. 4 Schepen en Vaartuigen'). Uittreksels van hypotheekakten (borderellen) werden ingeschreven in het zg. register van inschrijving ('Registers Hypotheken no. 3 Schepen en Vaartuigen').

Op deze registers werden vervolgens toegangen gemaakt in de vorm van repertoria ('Algemeen Register Hypotheken no. 2 Schepen en Vaartuigen'). Dit zijn indices met korte analyses van de akten waarnaar zij verwijzen. De repertoria verwijzen met deel en nummer naar de registers en de akten. In de registers van over- en inschrijving staat telkens in de marge een verwijzing naar het deelnummer en daarbinnen het vak van het repertorium, de plaats dus waar de akte kort is samengevat. De registers en de repertoria verwijzen dus over en weer naar elkaar. De alfabetische naamwijzers bevatten verwijzingen naar delen van het 'Algemeen Register Hypotheken no. 2', waarin op haar beurt verwijzingen naar de registers van in- en overschrijvingen vermeld staan.

De herziening van het tweede boek van het Wetboek van Koophandel van 1838 in 1924 bracht wijziging en aanvulling van de inrichting van de scheepsboekhouding met zich mee. In 1927 werden de sinds 1838 lopende series 'Registers Hypotheken no. 3 en 4 Schepen en Vaartuigen' dan ook afgesloten en vernieuwd. Daarbij werd met de deelnummering van voorafaan begonnen. Tevens werd toen een nieuwe serie 'Registers Hypotheken no. 4 Schepen en Vaartuigen' naast de gebruikelijke registers van overschrijvingen ingevoerd. Het betreft hier de registers van 'verklaringen van eigendom en akten tot teboekstelling van schepen en vaartuigen'. Deze registers werden genoemd 'Registers Hypotheken no. 4 Schepen en Vaartuigen' met de toevoeging van de woorden dan wel afkorting 'Akten tot teboekstelling' c.q. 'A.T.T.' Bij sommige kantoren werden deze registers 'Verklaringen van Eigendom', afgekort 'V.v.E.' genoemd. Teboekstellen van schepen en vaartuigen hield in het op naam zetten van een schip door de eigenaar c.q. belanghebbende bij een van de bureau's Schepen en Vaartuigen. Verklaringen van eigendom hielden in dat de eigenaren dan wel belanghebbende verklaringen afgaven van het feit dat hij/zij de eigenaar waren van één of meerdere schepen en vaartuigen.

Op het 'Algemeen Register Hypotheken no. 2 Schepen en Vaartuigen'-in gebruik van 1838 tot en met 1926-fungeerden als nadere toegangen:
1) de 'Alphabetische naamwijzer no. 6 der verkrijgers en schuldenaren Schepen en Vaartuigen'. Dit is een alfabetische index op de achternamen van eigenaren en schuldenaren zoals die in het 'Algemeen Register' voorkomen.
2) de 'Alphabetische naamwijzer no. 5 Schepen en Vaartuigen'. Dit is een alfabetische index op de namen van schepen en vaartuigen zoals die in het 'Algemeen Register' voorkomen.

De eerstgenoemde naamwijzer kan zoals bij het kantoor Deventer in twee afzonderlijke delen voorkomen, te weten: een naamwijzer van de eigenaren c.q. verkrijgers en die van de schuldenaren.

Sinds 1927 is het losbladig kaartsysteem 'Algemeen Register Schepen en Vaartuigen' de toegang op de registers no. 1 t/m 4 Schepen en Vaartuigen. Het verschil met het in 1929 ingevoerde alfabetisch- lexicografische kaartsysteem 'Algemene Naamwijzer' bij de reguliere hypothecaire en kadastrale boekhouding is, dat het 'Algemeen Register Schepen en Vaartuigen' een alfa-numeriek kaartsysteem is. Dat alfa-numeriek kaartsysteem vormt een toegang op de op schepen en vaartuigen geslagen brandmerken (ook wel ijknummers genoemd). Het brandmerk of ijknummer bestaat uit een combinatie van cijfers en letters, dat voor elk schip uniek is. Naast een numeriek volgnummer komt de letter van één van de drie rubrieken Schepen, te weten Z (schepen voor de zeevaart), V (schepen voor de zeevisserij of kustvisserij) en B (=schepen voor de binnenvaart).

Daarop volgen de beginletter(s) van de plaats waar het desbetreffende kantoor der Hypotheken en van het Kadaster en de Scheepsbewijzen gevestigd was en tot slot het jaar van de teboekstelling c.q. branding. Bijvoorbeeld: 22 B ALM 1957. (Dit betreft hier het in 1957 gebrand woonschip (voor de binnenvaart!) 'De Karkiet' te Hengelo ten name van G. Bos, geregistreerd te Almelo onder het volgnummer 22 in de rubriek B). Op de kaart worden voorts genoteerd: de naam c.q. eventuele vroegere of latere namen van het schip, de namen van de eigenaars c.q. schuldenaren, gekozen domicilie, het aantal kubieke meters verplaatsing en verwijzingen naar het deelnummer en daarbinnen het volgnummer van de akte van in- en/of overschrijving in de 'Registers Hypotheken no. 3 Schepen en Vaartuigen' en/of 'Registers Hypotheken no. 4 Schepen en Vaartuigen'. Tevens worden gegevens inzake verhuring en beslaglegging genoteerd.

Op het alfanumerieke kaartsysteem 'Algemeen Register Schepen en Vaartuigen' zijn twee afzonderlijke alfabetische naamwijzers, ook weer in kaartsysteemvorm, te weten: één van de namen van de schepen en vaartuigen ('Register Hypotheken no. 6 Schepen en Vaartuigen') en één van de namen van de eigenaren ervan ('Register Hypotheken no. 5 Schepen en Vaartuigen'). Deze naamkaarten bevatten verwijzingen naar de nummers van het 'Algemeen Register Schepen en Vaartuigen'.

Ten aanzien van de Overijsselse scheepsboekhouding uit de periode 1927-1966 zijn voor zover bekend geen alfabetische naamwijzers aangelegd dan wel overgeleverd. Om informatie over schepen en vaartuigen te kunnen verkrijgen moet éérst het brandmerk bekend zijn. Doch omdat de scheepsboekhouding-tenminste in Overijssel-niet zo omvangrijk was, kunnen de benodigde gegevens vrijwel altijd ook zonder dit brandmerk uit het-wel overgeleverde-'Algemeen Register Schepen en Vaartuigen' eenvoudig achterhaald worden.

De 'Maatregel Schepen' van 1952. en haar opvolgers van 1982, 1990 en 1992 hebben voor zover na te gaan niet geleid tot wezenlijke veranderingen in de administratie van de scheepsboekhouding.

Zoals reeds hierboven aangegeven, is de bewaring van de scheepsboekhouding in de Overijsselse kantoren der Hypotheken, het Kadaster en de Scheepsbewijzen met ingang van 1 juli 1966 beëindigd. Sindsdien wordt deze verzorgd door het bureau Schepen en Vaartuigen van de KADOR, sinda 1994 Registratie voor Schepen van het Kadaster Groningen.

In 1994 is de scheepsboekhouding alsnog geautomatiseerd, waarmee afscheid genomen werd van het in 1927 geïntroduceerde alfanumerieke kaartsysteem en de bijbehorende registers.