Toen in 1997 het eerste deel van het archief werd geïnventariseerd, is gebruik gemaakt van het door Den Teuling onderscheiden monistische model. Weliswaar bestond het overgrote deel van de archiefstukken uit boekhoudkundige stukken, maar er waren ook stukken van algemene aard, stukken betreffende de organisatie en stukken betreffende de produktie en verkoop, waardoor het model van Den Teuling kon worden toegepast. *  Er was door de ZOV geen plaatsingslijst van het archief gemaakt.

De harenmakerij maakte gebruik van de commerciële enkele boekhouding. Dit is de methode van boekhouden, die primair is gericht op het chronologisch vastleggen van de financiële feiten. Voor deze vastlegging wordt gebruik gemaakt van dagboeken. Is het aantal bedrijfshandelingen groot, dan kunnen de dagboeken worden gesplitst in bijvoorbeeld kasboeken, inkoopboeken en verkoopboeken. De gegevens uit de dagboeken worden vervolgens overgeboekt naar rekening-courantboeken, ook wel grootboeken genoemd. Aan het einde van het boekjaar wordt de balans opgemaakt.
Sinds 1838 was het volgens het Wetboek van Koophandel (artikel 8) wettelijk voorgeschreven om van financiële transacties verslag te doen in een dagboek. De commerciële enkele boekhouding verschilt in zoverre van de commerciële dubbele boekhouding, dat bij de commerciële enkele boekhouding niet tussentijds naar de ontwikkeling van de vermogensbestanddelen wordt gekeken. In de commerciële dubbele boekhouding gebeurt dit wel door de financiële feiten tweemaal te boeken: in een dagboek en in een journaal, van waaruit de posten vervolgens worden overgebracht naar een grootboek dat direct laat zien hoe het met het vermogen van een bedrijf staat. * 

De dagboeken van de harenmakerij Klaas Haremaker & Comp. bestaan uit onderbroken series inkoop- of schuldboeken (1737-1931) en verkoop- of debiteurenboeken (1670-1932). De dagboeken hebben een nummering gehad, die in een aantal gevallen is terug te vinden op de kaft of in de verwijzing naar een voorgaand boek. Het gaat onder andere om een serie A en volgende, een serie A no. 2 en volgende, een serie BIMO 1 en volgende en een serie A no. 3 en volgende. Vanaf 1737 zijn de debiteurenboeken gesplitst in de debiteurenboeken van de 'binnenmolens' (de molens in de Zaanstreek) en die van de 'buitenmolens' (de molens buiten de Zaanstreek) en de stinkerij.
De grootboeken of rekening-courantboeken beslaan de periode 1739 tot en met 1869. De jaarrekeningen van de harenmakerij en stinkerij zijn, met enkele onderbrekingen, vrij compleet te noemen (1724-1900).

In 2014 is het tweede deel van het archief geïnventariseerd (de inventarisnummers 120 tot en met 198). Voor de beschrijving van de stukken is gebruik gemaakt van de inventarislijst, die Dirck Meurs uit Amsterdam in 2005 had opgesteld. Meurs was een nakomeling van een Haremaker en had bij zijn onderzoek naar de familie Haremaker een inventaris gemaakt van 'het archief Gerrit Haremaker'.

In 2018 is de inventaris van het archief herzien en voorzien van deze inleiding. Hierbij zijn de inventarisnummers 199 en 200 toegevoegd: een jaarrekening over 1727-1728 en een aparte jaarrekening over de stinkerij (1724-1728). Beide jaarrekeningen zaten in het 'pak' met jaarrekeningen over de periode 1724-1856 en waren nog niet beschreven. Inventarisnummer 27 (de jaarrekening over 1783-1784) ontbrak. Mogelijk heeft deze jaarrekening niet bestaan en daarom is dit inventarisnummer uit de inventaris verwijderd. Inventarisnummer 81A is gewijzigd in inventarisnummer 201.
Bij de herziening van 2018 zijn een aantal keuzes uit 2014 gehandhaafd. De ingekomen brieven en stukken uit de jaren 1888 tot en met 1926 bijvoorbeeld zijn apart beschreven en niet samengevoegd tot één inventarisnummer, zoals bij de ingekomen stukken en minuten van uitgaande stukken van de periode 1780 tot en met 1859 (de inventarisnummers 1 tot en met 4 en 192). Hetzelfde geldt voor de jaarrekeningen. Tot en met 1856 zijn deze apart beschreven, terwijl ze voor de periode 1859 tot en met 1900 in één omslag zijn ondergebracht (inventarisnummer 132).

In 2019 is in de Handleiding voor de gebruiker een verwijzing opgenomen naar de lijsten met de namen van klanten en leveranties (bibliotheek van het gemeentearchief Zaanstad, brochurenummer 14.538).