Van het archief van de Waterlands Doopsgezinden is uit de 17e en 18e eeuw weinig bewaard gebleven. Pas vanaf omstreeks 1850 is het archief redelijk compleet behouden. Het werd bewaard in een brandvrije kluis in de kerk. Uiterlijk in 1964 werd het overgebracht naar de Zuidervermaning en eind jaren ’60 geïnventariseerd door penningmeester van de gemeente en amateurhistoricus Nico J. Heermans (1937-1998).
Het archief van de Fries Doopsgezinden is daarentegen vrijwel compleet, vanaf ongeveer 1600. Ook dit werd in brandvrije kluis in de “kerkenkamer” (consistorie) bewaard. Eind 19e eeuw werd het geïnventariseerd door de secretaris van de kerkenraad, Evert Dekker Janszn (1826-1899), ook amateurhistoricus.
In 1926 werd er een nieuwe inventaris gemaakt door een zekere G. van Es.
Van oudsher bevond zich in de Zuidervermaning eveneens een uitgebreide collectie boeken, met name van theologen en 17e-eeuwse kaarten van Joan Blaeu, verzameld en geschonken door nazaten van kerkleden ten behoeve van de predikant (voorganger), zodat die zich kon bekwamen. Er bestond een handgeschreven inventaris op, in de 20e eeuw getranscribeerd door koster Joh. Kwist. In 1936 werd deze boekencollectie verkocht en door het veilinghuis Frederik Müller & Co te Amsterdam geveild. Een jaar later ging het gerucht dat meer archiefmateriaal was verkocht, maar dit bleek niet het geval te zijn.

Anno 1987 bevond het archiefmateriaal van de vroegere Waterlands Doopsgezinde gemeente nog in de Zuidervermaning, ondanks dat deze eigendom van de Stichting Oude Hollandse Kerken (SOHK) was. Vermoedelijk geldt dat voor al het archiefmateriaal. Nico J. Heermans (ook lid van de SOHK) beheerde het, samen met kerklid Fred Eerenberg. Hij heeft, evenals het archief van de Waterlands Doopsgezinde gemeente, dat van de Fries Doopsgezinde gemeente geïnventariseerd.

In februari 1988 besloot de Verenigde Doopsgezinde gemeente Westzaan het Westzaanse archiefmateriaal tot 1949 en enig materiaal van nadien, onder te brengen bij het Gemeentearchief Zaanstad.
Het meeste archiefmateriaal vanaf de fusie tussen beide gemeenten in 1949, is uiteindelijk (na fusie tot Doopsgezinde gemeente Koog-Zaandijk en Westzaan in 1998) in de Koger Vermaning gekomen en in 2011 als onderdeel van het archief van de Doopsgezinde gemeente Koog-Zaandijk (KA-0042) alsnog overgebracht naar het Gemeentearchief Zaanstad.
Hiernaast is sprake van drie aanvullingen:
Tot 1989 lagen archieven van enkele Zaanse Doopsgezinde Gemeenten (Wormerveer, Knollendam, Zaandam bij het Gemeentelijk Archief Amsterdam. In dat jaar werd dit materiaal naar het nieuwe Gemeentearchief Zaanstad overgebracht. Hierbij bleken zich enkele archiefstukken uit de periode 1797-1801 van de Fries Doopsgezinden te Westzaan te bevinden. Deze zijn in eerste instantie als inv.nrs 1AV1 en 2AV1 aan KA-0013 toegevoegd, maar bleken uiteindelijk bij de inventarisatie in 2017 een kopie te zijn van de reeds aanwezige inventarisnummers 1 en 2.
In 1991 gaf de heer Heermans nog een aanvulling van het archief over de periode 1929-1950, bestaande uit ingekomen rekeningen van de Waterlands Doopsgezinden.
In 2014 is een fotoalbum betreffende de Waterlands Doopsgezinde gemeente uit de 20e eeuw aan het gemeentearchief geschonken door een lid van de kerkelijke gemeente. *