De stichting van de Hervormde gemeente Zaandam moeten we dateren op 1578, toen na de reformatie de eerste dominee werd benoemd. Als kerkgebouw werd toen de Oostzijderkerk gebruikt, een van oorsprong 14e-eeuwse kapel die in het jaar 1400 voor het eerst wordt vermeld. * 
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog was de kapel in 1576 zwaar beschadigd geraakt en na provisorisch herstel volgde een grondige herstelling en uitbreiding in 1592. Nieuwe uitbreidingen, verbouwingen en restauraties volgden in 1623, 1684-1685, 1850-1851 en 1984. Sinds 2004 is de Oostzijderkerk eigendom van de Stichting Beheer Oostzijderkerk Zaandam.
In 1640 werd aan de westzijde een tweede hervormde kerk in gebruik genomen voor een afgesplitst aantal kerkleden. De Westzijder- of Bullekerk van de Hervormde gemeente West-Zaandam werd in de periode 1671-1692 vergroot. Eind 19e eeuw was de kerk zo bouwvallig geworden dat sloop dreigde. Uiteindelijk werd toch voor restauratie gekozen. Eind jaren '60 van de 20e eeuw startte opnieuw een belangrijke restauratie, waarna de kerk in 1978 weer opnieuw in gebruik werd genomen. In 2018 is besloten de Westzijderkerk te verkopen aan de stichting Stadsherstel Zaandam, de feitelijke overdracht heeft in 2019 plaatsgevonden.
De Hervormde gemeenten Oost-Zaandam en West-Zaandam werden met ingang van 1 januari 1939 weer samengevoegd.
In 1957 werd in een nieuw gebouwde wijk in Zaandam-Zuid de Paaskerk in gebruik genomen. Verkoop van de kerk volgde in 2005 aan een Vrij Evangelische Gemeente.
Na enkele decennia "Samen op weg" met de plaatselijke Gereformeerde Kerk is de gemeente sinds 2005 opgegaan in de Protestantse Gemeente Zaandam. Sinds 2019 kerkt de gemeente uitsluitend in de Noorderkerk, van oudsher een Gereformeerde kerk. *