De reformatie bracht de oude parochiekerk in het bezit der hervormden. Pastoor Bernardus Bernardi, die tot de nieuwe godsdienst was overgegaan, werd de eerste predikant.
In die tijd moesten de katholieken zich naar de omliggende plaatsen begeven om hun godsdienstplichten te kunnen vervullen. In 1606 werd deze plaats door Sasbout Vosmeer officieel aangewezen en Theodorus Hulsius tot pastoor van Edam en Purmerend benoemd.
Ongeveer in het jaar 1620 woonde er in de omtrek, waarschijnlijk te Jisp, een "zeylmaker" uit Amsterdam afkomstig, Dirk Pietersz. genaamd, die de katholieken aanbood een soort kerk te bouwen. Hij kocht hiervoor op de "Oevert" (dezelfde plaats, waar nu de kerk staat) een stuk grond en in minder dan een jaar was dit kerkhuis gereed. In deze tijd werd Franciscus Petri tot pastoor benoemd en werd Purmerend een vaste statie.

In 1700 werd door tussenkomst van Bartholomeus Cromhout, hoofd-ingeland van de Beemster, dit oude kerkhuis door een nieuwe kerk vervangen, gebouwd volgens het model van de Mozes en Aaron te Amsterdam.
Toen in 1725 de statie openkwam, maakte de magistraat van deze gelegenheid gebruik, om zelf een pastoor aan te stellen en benoemde als zodanig de oud-katholiek Gerardus Keerens. Door de onverzettelijke houding der parochianen en de boycot der boeren uit de omtrek, die hun producten nu in Edam aan de markt brachten, besloot de stadsregering, begin 1728, de pastoor weg te zenden.
19 juni 1855 werd de statie tot parochie verheven.
Wegens het toenemen van de katholieke bevolking-in de laatste 50 jaren was zij van 557 tot 702 communicanten aangegroeid -, besloot men een nieuwe kerk te bouwen. Deze kerk, ontworpen door architect Molken boer, en in 1855 gebouwd, werd een eeuw later afgebroken. Het tegenwoordige kerkgebouw verrees op dezelfde plaats en werd 4 okt. 1956 door mgr. J. P. Huibers geconsacreerd.
Ook van dit archief is het grootste gedeelte verloren gegaan. In het rijksarchief te Haarlem bevinden zich doop- en trouwboeken dd. 1671-1718; 1725-1812 en een register van overledenen dd. 1728-1805.