In het jaar 1803 werd een kamer in de herberg van Gerrit Goudkade voor het houden van vergaderingen gehuurd. Het huren van een kamer in een herberg zien we ook nog in 1844. In dat jaar werd “het gemeentehuis” van H. Hulsebos en J.J. van der Bie, logementhouders te Boskoop, gehuurd. Daarnaast werd van de secretaris van Boskoop die tevens burgemeester was, een lokaal gehuurd, welke tot secretarie ingericht was en die tevens voor de bewaring van de archieven diende. Deze situatie treffen we ook nog in 1853 aan.
Toen het archief nog in een lokaal van de secretaris van Boskoop lag, zijn er twee archiefinventarissen vervaardigd. De eerste is in de jaren vijftig van de negentiende eeuw vervaardigd. Een professionele inventaris zoals wij die tegenwoordig kennen, is het niet. Het is slechts een lijst van allerhande stukken voorzien van nummers. Toch is de inventaris enigszins in rubrieken onderverdeeld. In eerste instantie is er onderscheid gemaakt in de plaats waar het archief berust. In tweede instantie is de documentatie zoals wetboeken en het archief van de gemeente Zuidwijk apart gezet. Hun aparte status wordt nog eens versterkt door het feit dat ze beide een eigen nummering hebben.
Uit de inventaris blijkt duidelijk dat het overgrote deel van het archief op de secretarie, dus in het door de gemeente gehuurde lokaal van de secretaris, berustte. Alleen de protocollen van de notarissen Veenendaal, Van Leeuwen en Van der Snoek, staatscouranten en de provinciale bladen en de ingekomen stukken van de voormalige gemeente Zuidwijk werden in het raadhuis bewaard.
De tweede inventaris is van de jaren zestig van de negentiende eeuw. Hierin zijn de stukken alfabetisch gerangschikt en is de vindplaats duidelijk aangegeven. Wat het laatste betreft wordt net als de vorige inventaris een onderscheid gemaakt in de grote kast, de secretarie en het raadhuis. Wederom blijkt dat het grootste deel van het archief op de secretarie bewaard werd.

Slechts een klein deel berustte in het raadhuis.
In de raadsvergadering van 23 november 1870 werd besloten uitvoering te geven aan het raadsbesluit om de oude school in te richten tot gemeentehuis en post- en telegraafkantoor. Het werk werd voor een bedrag van 4.458 gulden op 17 februari 1871 aan J. Alphenaar Wz., aannemer te Waddinxveen, gegund en hetzelfde jaar nog kon het gemeentehuis en post- en telegraafkantoor in gebruik genomen worden.
Volgens het bestek kwam er in het gemeentehuis een raadkamer, een kamer voor burgemeester en wethouders en een secretarie. Hieruit zou kunnen worden opgemaakt dat er een einde aan de huur van de secretarie kwam en dat de archieven naar de secretarie in het nieuwe gemeentehuis overgeplaatst werden.
In 1875 groeide bij het gemeentebestuur van Boskoop het verlangen het archief van voor 1813 op orde te brengen. Op 29 september 1875 schreef het bestuur aan Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland een brief met het verzoek een bekwaam persoon te sturen om dit werk te verrichten. Gedeputeerde Staten reageerden hierop met de mededeling dat zij de heer J.H. Hingman, commies-chartermeester bij het Rijksarchief in Den Haag, zouden sturen. Uiteindelijk gebeurde er helemaal niets want in het jaarverslag van 1880 schrijft de secretaris/burgemeester dat er “tot heden geen gevolg is gegeven”. Pas in april 1881 werd overgegaan tot de inventarisatie van het archief van voor 1813. De heer Hingman heeft “met de meeste zorg en acutaresse uitgezocht, gerangschikt en geïnventarisseerd, een klapper daarop gemaakt en voorzien van nette kartonnen omslagen, in de kasten geplaatst en opgeborgen in het archief”. De inventaris van Hingman is niet meer dan een genummerde lijst van archiefstukken. Een indeling in rubrieken ontbreekt in deze inventaris volledig.

Met het oog op de mogelijke afbraak van het oude gemeentehuis in verband met de verbreding van de Gouwe ontstonden bij het gemeentebestuur van Boskoop plannen om een nieuw gemeentehuis te bouwen. Op 7 september 1927 werd aan gemeentearchitect D.L. Landman de opdracht verstrekt een ontwerp te maken. Op 6 februari 1928 volgde het besluit van de gemeenteraad om op het voormalige sportterrein een nieuw gemeentehuis te bouwen. Op 2/4 juni 1928 werd de uitvoering van de werkzaamheden voor de som van 78.890 gulden aan de heren Scheer en Karreman, aannemers te Bodegraven, gegund. Op 4 september 1929 werd het nieuwe gemeentehuis officieel in gebruik genomen.
In het nieuwe gemeentehuis was een ruim brandvrij archiefvertrek geprojecteerd dat gedeeltelijk onder de grond lag. De inspecteur van de gemeente- en waterschapsarchieven in Zuid-Holland begaf zich naar Boskoop om het gemeentebestuur erop te wijzen dat een dergelijke bouwwijze het gevaar voor vocht zou doen toenemen. Uit een gesprek met de gemeentesecretaris en de gemeentearchitect bleek dat er geen andere ruimte was voor de berging van het archief zonder de bouwplannen te wijzigen. Secretaris en architect beloofden wel maatregelen te treffen om het gevaar voor vocht te bestrijden zoals waterdichte muren, vensters, centrale verwarming en zomerkachel naast het archiefvertrek zodat er van tijd tot tijd warme lucht kon worden toegelaten. In verband met deze maatregelen was er voor de archiefinspecteur geen reden om de bouwplannen af te keuren. Hij zag het als een belangrijke proef om op deze wijze het archief droog te houden. In dit verband is het interessant te vermelden dat door waterschade een belangrijk deel van het oud-archief onbruikbaar was geworden en vervolgens was weggegooid. Dat blijkt uit een aantekening van D.C. Stolk van 7 februari 1985. Dit verklaart waarom er zoveel archiefstukken – met name van de eerste helft van de negentiende eeuw – verdwenen zijn.

Vermoedelijk zijn deze stukken naar aanleiding van de lekkage in de kelder van het gemeentehuis in 1981 vernietigd.
De notitie van Stolk was geschreven naar aanleiding van het inspectiebezoek van R.M.E. Raaff aan het archief van de gemeente Boskoop op 1 november 1984. Tijdens dat bezoek contateerde hij meerdere gebreken aan de archiefbewaarplaats. Zo was er aan de verwarmingsbuis een aftapkraan bevestigd en was de doorvoering van de verwarmingsbuis niet brandvrij en waterdicht. De conclusie van de inspecteur luidde aldus dat de archiefbewaarplaats niet meer aan de eisen voldeed.
In 1993 werd bij de uitbreiding van het gemeentehuis een nieuwe archiefbewaarplaats gebouwd. Het plan hiervoor werd op 21 juni 1993 door Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland goedgekeurd. Een paar maanden later, op 30 september 1993, werd deze archiefbewaarplaats voor de bewaring van de op grond van artikel 5, eerste lid van de Archiefwet 1962 over te brengen archiefbescheiden, door de gemeenteraad van Boskoop aangewezen.
Tot slot moet er nog iets over de ordening van het archief worden gezegd. In 1912 werd het seriestelsel door het rubriekenstelsel vervangen. De stukken werden vanaf dat jaar alfabetisch op onderwerp geordend. Op 1 januari 1929 werd het registratuurstelsel ingevoerd. De stukken werden in dossiers volgens de code van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten geordend. Deze ordening wordt nog steeds toegepast.