Het archief van de firma D. en Joh. Boot is niet compleet bewaard gebleven. Zo ontbreken de beleidsstukken van de directie, de stukken betreffende de bouw van de werven, de jaarrekeningen en balansen en administratieve gegevens over de motorenfabriek, die ook deel van de N.V. uitmaakte. Veel zal zijn vernietigd en wellicht zijn ook stukken bij particulieren terecht gekomen.
Na het faillisement van Boot werden met name de stukken die betrekking hadden op de bouw van de schepen en de registratie van werknemers aangeboden aan de Historische Vereniging Alphen aan den Rijn. Gebrek aan ruimte bij die vereniging leidde er toe dat uiteindelijk het Maritiem Museum Rotterdam in het bezit van de archiefstukken kwam. Omdat dit museum geen archiefbeherende instelling is, werd het archief van Boot in 20.. aangeboden aan Streekarchief Rijnlands Midden. De scheepstekeningen, die deel uitmaakten van het archief van de scheepswerven Boot, berusten niet bij Streekarchief Rijnlands Midden, maar zijn achtergebleven bij het Maritiem Museum Rotterdam.