De structuur van dekenaten in Nederland is al heel oud en stamt uit de begintijd van de kerstening van het gebied waar nu ons land bevindt, omstreeks de achtste eeuw na Chr. (NB. We hebben het hier over de zogenaamde tweede kerstening, de eerste kerstening vond in de Middeleeuwen plaats en behelsde het gebied ten zuiden en ten westen van de Donau en de Rijn).

Toen in 1581 het katholicisme verboden werd, ging de Kerk ondergronds. Van de weinige priesters die niet voor vervolgingen waren gevlucht, werd er een aantal tot deken of aartspriester benoemd. In de praktijk kwam dat erop neer dat één priester alle katholieken in zijn dekenaat moest bedienen, een welhaast ondoenlijke taak. Niet alleen omdat het te veel werk voor één man was, maar ook vanwege de pakkans door rond te reizen en dus levensgevaarlijk.

Het dekenaat kwam met het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in 1853 weer terug in Nederland. Omdat het aantal parochies in een rap tempo begon toe te nemen, nam daarmee ook het aantal dekenaten toe.