Het bestand beslaat 6,5 meter boeken, documentatie, een hoeveelheid persoonlijk archief en aantekeningen en digitale bestanden, waaronder databases met onderzoeksresultaten. De boeken zijn een selectie uit zijn enorme hoeveelheid boeken. Bij de familie is een overzicht aanwezig van al zijn boeken en de bestemmingen die deze na zijn overlijden hebben gekregen.
Huub van Heiningen heeft een oneindige hoeveelheid bronnen gelezen en geíndexeerd of samengevat. Hij is begonnen met onderzoek in het gebied van het land van Maas en Waal en het Rijk van Nijmegen. In het begin werkte hij van kopieën van archiefstukken en indexeerde hij de bronnen handmatig in alfabetische aantekeningenboekjes. Later verwerkte hij de gegevens digitaal in databases en tekstbestanden. vanaf het moment dat hij de beschikking had over een handscanner en later digitale fotografie, heeft hij een enorm aantal scans en foto's van archiefstukken gemaakt, die hij nu makkelijker thuis kon verwerken in digitale bestanden. Later is Tiel en Zandwijk zijn voornaamste onderzoeksgebied geworden.