Het bestuursarchief van Minderbroeders alsmede missiearchieven en enkele gedeponeerde archieven van kloosters en huizen in Nederland bevinden zich bij het Utrechts Archief.
Waar een huis sterk verbonden was met een parochie o.i.d. is dat parochie-archief bij het plaatselijke (gemeente)archief gedeponeerd.

De persoonsarchieven (gesorteerd op sterfdatum) zijn nog wel op de Deken Roesstraat te vinden.

Voor documentatie over onder andere de geschiedenis van de Christelijke Gereformeerde Kerken kunt u terecht bij het Documentatiecentrum. Naast archiefstukken als notulen is er een groot veld van materiaal dat veel waarde heeft voor de geschiedenis.
Landelijke archieven:
Het archief van de generale synode en van de deputaatschappen wordt door de archivaris bewaard en beheerd.
Landelijke archieven:
De synodale archieven van voor 1980 bevinden zich in het Utrechts Archief te Utrecht.
De synodale archieven van na 1980 in de Archiefbewaarplaats Rotterdam. Informatie hierover kunt u verkrijgen via de archivaris.

Het team Archief en Bibliotheek van de Dienstenorganisatie Protestantse Kerk is bereid om mee te denken bij vragen over archiveren. Zij kunnen algemene informatie geven over de Richtlijnen voor kerkelijk archiefbeheer, over overheidsarchieven, over belang en nut van archiveren, over ontwikkelingen op het vakgebied, en de jaarlijkse conferentie voor archiefbeheerders en archiefconsulenten.
Het beheer van de archieven is een van de taken van het college van kerkrentmeesters, zo vermeldt de Kerkorde. Dit college benoemt een kerkelijk archiefbeheerder, die verantwoordelijk is voor het beheer van de kerkelijke papieren en documenten.
Contact team Archief en Bibliotheek: archiefenbibliotheek@pkn.nl, (030) 880 1880.
De oude bovenplaatselijke archieven van de Nederlandse Hervormde Kerk en van de Gereformeerde Kerken in Nederland kunnen worden geraadpleegd in Het Utrechts Archief (HUA).
De oude archieven van de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden worden in bewaring gegeven bij het Stadsarchief te Amsterdam. Momenteel wordt nog gewerkt aan o.a. de archieven van het Samen-op-Wegproces, het proces dat geleid heeft tot het ontstaan van de Protestantse Kerk in Nederland in 2004.