Per 1 januari 2000 werden de waterschappen Hunze en Aa’s en Noorderzijlvest opgericht. Waterschap Hunze en Aa’s is ontstaan uit een fusie van de voormalige waterschappen Dollardzijlvest en Hunze en Aa en delen van het waterschap Eemszijlvest, de Dienst Zuiveringsbeheer van de provincie Groningen en het Zuiveringsschap Drenthe.
Bij de fusie zijn zowel de archieven van de waterschappen die volledig zijn opgegaan in het waterschap Hunze en Aa’s (Dollardzijlvest en Hunze en Aa) alsmede het archief van Eemszijlvest en alle voorgangers van deze waterschappen overgebracht naar de archiefbewaarplaats van het waterschap te Veendam. Het archief van de Dienst Zuiveringsbeheer is ondergebracht bij het algemeen archief van de Provincie Groningen en het archief van het Zuiveringsschap Drenthe is overgegaan naar de rechtsopvolger van het Zuiveringsschap het waterschap Reest en Wieden te Meppel.