In 1899 werden met het archief van het Geneeskundig gesticht voor krankzinnigen en het Stads krankzinnig- en beterhuis aan het Gemeentearchief archiefstukken overgedragen van het Leproos-, arme gevangenen- en krankzinnighuis en het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk. Dat zich bij het archief van de eerstgenoemde instelling archiefstukken van de twee andere instellingen bevonden kan verklaard worden door het feit, dat het Geneeskundig gesticht voor krankzinnigen het gebouwencomplex betrokken had waar voorheen het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk gevestigd was en dat het gedeeltelijk de taak overnam van het Leproos-, arme gevangenen- en krankzinnighuis, waarbij het ook de fondsen van deze instelling toebedeeld kreeg. J.C. Overvoorde beschreef de archivalia van deze drie instellingen in 1900 in één doorlopend genummerde inventaris. Vermoedelijk is hij in verwarring gebracht door de naam Leproos-, arme gevangenen- en krankzinnighuis, want ten onrechte bracht hij in zijn inventaris meerdere beschrijvingen van stukken van deze instelling onder in afdeling I [archief van het Krankzinnig- en beterhuis, later Gesticht voor krankzinnigen].

Inmiddels heeft een herinventarisatie plaatsgevonden van het archief van het Geneeskundig gesticht voor krankzinnigen en het Stads krankzinnig- en beterhuis en het archief van het Heilige Geest- en Pesthuis ter Grote Kerk. Zo resteerde ter herinventarisatie dus het archief van het Leproos-, arme gevangenen- en krankzinnighuis. Het archief beslaat de periode 1534 - 1762. Helaas is er erg veel verloren gegaan, wat het verkrijgen van een juist beeld van de instelling en haar functioneren bemoeilijkt. Door het fragmentarisch karakter van het archief en de inventarisatie door J.C. Overvoorde was het niet mogelijk de oude orde van het archief vast te stellen. Door de hierboven reeds aangeduide gebrekkige indeling en het niet voldoen van de beschrijvingen aan de hedendaagse normen in de inventaris van J.C. Overvoorde was de nu verrichte herinventarisatie van het archief van het Leproos-, arme gevangenen- en krankzinnighuis alleszins gerechtvaardigd. Als bijlage op de inventaris is met behulp van de in de Archiefbibliotheek aanwezige Heerenboekjes. een lijst van regenten en rentmeesters opgenomen.