Zoals al in de geschiedenis van de dienst is beschreven, waren er vanaf 1924 2 diensten. Dit betekende dat men ook 2 archieven kreeg.
De taken die ontstonden door de werkzaamheden van de beide diensten zijn namelijk altijd strikt gescheiden gehouden. Alleen op personeels- en organisatorisch gebied liep het wel eens in elkaar over.
Hoewel de archieven bij afvoering naar de Departementale Archiefbewaarplaats van het Ministerie van Landbouw en Visserij te Leeuwarden in één dozenreeks werden geplaatst, was de dossierinventaris gescheiden.
Op het moment dat de Veterinaire Dienst opging in de nieuw gevormde Rijksdienst voor de keuring van Vee en Vlees, is het archiefgedeelte van de Veterinaire Inspectie Volksgezondheid uit de dozenreeks gehaald en samen met het afgesloten dynamische gedeelte van dit archief overgedragen aan de Veterinaire Inspectie Volksgezondheid voor de 3 noordelijke provinciën te Groningen.
Het dynamische deel van het archief van de Veterinaire Dienst is bij de overgang naar de R.V.V. afgesloten en afgevoerd naar de Departementale Archiefbewaarplaats van het Ministerie van Landbouw en Visserij in het Landbouwcentrum te Leeuwarden, met dien verstande dat lopende zaken zijn overgenomen door de R.V.V.

De ordening van het archief kan gesplitst worden in de periode van het rubrieken stelsel en de periode van het dossierstelsel. Het is niet duidelijk wanneer het één is opgehouden te bestaan en wanneer het andere is begonnen.
Zo zijn er tot 1916 zeer weinig afschriften van uitgaande stukken aangetroffen, vermoedelijk zijn deze er ook nooit geweest. Alle uitgaande brieven, maar ook rapporten, werden opgetekend in de kopieboeken.
De binnengekomen stukken werden ongehecht opgeborgen in omslagen. Gedeeltelijk werden zij naar onderwerp bij elkaar gevoegd, waarbij soms een register werd aangelegd waarop de onderwerpen van de gebundelde stukken werden vermeld. Dat men niet altijd stukken met eenzelfde onderwerp bij elkaar voegde moge blijken uit het feit dat er ook een hele serie ingekomen stukken van het ministerie werd aangetroffen (die overigens allemaal stukken bevatte die voor vernietiging in aanmerking kwamen). Bij het dossierstelsel werd gebruik gemaakt van de Landbouwcode. De stukken werden hierbij, gehecht en in omslagen opgeborgen.
Er zijn zeer regelmatig vernietigingen uitgevoerd volgens de voor deze dienst vastgestelde vernietigingslijst. *